cluster # 2469

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 2469 cluster # 2469 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2469#0 length = 411 sequences # 1

consensus_2469#1 length = 288 sequences # 1

consensusID : consensus_2469#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 411
fasta sequence

                              [TGAATGTAATCACTGTTAATGGTGGAAGTAATTCAATATTATATAAAGAATGTATAGGGGATAATTTATGATTTTTGATATGATTTAACAATAGACGACATGTTTGCATTCGTTGATGATTACGTTTCACTTGGGTATTCAATTTGTAATGGCCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAGGGTTTATATTACAGCGCCTTAATGAATCGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTAAATATTCTCCATTAAATTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAATTCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATTGATATTCAACAAAATTCCGTGGATCACTTTGTAAGTATGTTGTTAACCCTCGTACACCCATTATGATAATAACAA]

[+] EMBL CD066772             [TGAATGTAATCACTGTTAATGGTGGAAGTAATTCAATATTATATAAAGAATGTATAGGGGATAATTTATGATTTTTGATATGATTTAACAATAGACGACATGTTTGCATTCGTTGATGATTACGTTTCACTTGGGTATTCAATTTGTAATGGCCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAGGGTTTATATTACAGCGCCTTAATGAATCGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTAAATATTCTCCATTAAATTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAATTCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATTGATATTCAACAAAATTCCGTGGATCACTTTGTAAGTATGTTGTTAACCCTCGTACACCCATTATGATAATAACAA]




>consensus_2469#0
TGAATGTAATCACTGTTAATGGTGGAAGTAATTCAATATTATATAAAGAATGTATAGGGG
ATAATTTATGATTTTTGATATGATTTAACAATAGACGACATGTTTGCATTCGTTGATGAT
TACGTTTCACTTGGGTATTCAATTTGTAATGGCCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAG
GGTTTATATTACAGCGCCTTAATGAATCGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTA
AATATTCTCCATTAAATTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAAT
TCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATTGATATTCAACAAAATTCCGTGGAT
CACTTTGTAAGTATGTTGTTAACCCTCGTACACCCATTATGATAATAACAA

consensusID : consensus_2469#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 288
fasta sequence

                              [CGCACTTTACGATCATATTCTGTAATATAGTATGATAATTGATTCCATTTTTCTAAACCAATTAATTGATCGGGATAACGTAATGTGATCGTAGATTCAATGCGTCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAGGGTTTACATTACAGCGCCTTAATGAATTGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTAAATATTCTCCATTAACTTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAATTCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATT]

[+] EMBL CD065682             [CGCACTTTACGATCATATTCTGTAATATAGTATGATAATTGATTCCATTTTTCTAAACCAATTAATTGATCGGGATAACGTAATGTGATCGTAGATTCAATGCGTCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAGGGTTTACATTACAGCGCCTTAATGAATTGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTAAATATTCTCCATTAACTTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAATTCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATT]




>consensus_2469#1
CGCACTTTACGATCATATTCTGTAATATAGTATGATAATTGATTCCATTTTTCTAAACCA
ATTAATTGATCGGGATAACGTAATGTGATCGTAGATTCAATGCGTCATGACATCCATCTA
GAACAAAAATAGGGTTTACATTACAGCGCCTTAATGAATTGATAAAGCGACTAATGACTC
CACTGAATGCTAAATATTCTCCATTAACTTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGA
AGTTTAAAAAATTCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2469#0      TGAATGTAATCACTGTTAATGGTGGAAGTAATTCAATATTATATAAAGAATGTATAGGGG 60
consensus_2469#1      --------------------------CGCACTTTACGATCATAT------TCTGTA---- 24
                                                 * * ** *  ** ****      * * **    

consensus_2469#0      ATAATTTATGATTTTTGATATGATTTAACAATAGACGACATGTTTGCATTCGTTGATGAT 120
consensus_2469#1      ATATAGTATGATAATTGATTCCATTTTTC--TAAACCAATTAATTGATCGGGATAACG-T 81
                      ***   ******  *****   ****  *  ** ** *  *  ***     * * * * *

consensus_2469#0      TACGTTTCACTTGGGTATTCAATTTGTAATGGCCATGACATCCATCTAGAACAAAAATAG 180
consensus_2469#1      AATGT---GATCGTAGATTCAATGCGT------CATGACATCCATCTAGAACAAAAATAG 132
                       * **     * *   *******  **      ***************************

consensus_2469#0      GGTTTATATTACAGCGCCTTAATGAATCGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTA 240
consensus_2469#1      GGTTTACATTACAGCGCCTTAATGAATTGATAAAGCGACTAATGACTCCACTGAATGCTA 192
                      ****** ******************** ********************************

consensus_2469#0      AATATTCTCCATTAAATTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAAT 300
consensus_2469#1      AATATTCTCCATTAACTTGTGCATATAATCCAGAATCGAAATATAAGAAGTTTAAAAAAT 252
                      *************** ********************************************

consensus_2469#0      TCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATTGATATTCAACAAAATTCCGTGGAT 360
consensus_2469#1      TCAATCCATCAATAATAACAGTGGTATTATGTAATT------------------------ 288
                      ************************************                        

consensus_2469#0      CACTTTGTAAGTATGTTGTTAACCCTCGTACACCCATTATGATAATAACAA 411
consensus_2469#1      ---------------------------------------------------