cluster # 2621

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Schistosoma mansoni
cluster # 2621 cluster # 2621 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2621#0 length = 602 sequences # 1

consensus_2621#1 length = 335 sequences # 1

consensusID : consensus_2621#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 602
fasta sequence

                              [GTAAACAACAACTCACCATTGAAATTTCCGATTTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAATTCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACTGAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAATTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTTTCGATTGGGTAAGTTTTTTTGTTTAAAAAAGTTTTATACTATTGTTGTTTACTGGTAAATGTTCTCGTCGGCAGTTAATTTTGCTGGAGATGGAAACAAATTGACAAACAGTGTTTTAATATGCAACTAATCTGTTAAGAGTTAAGAAGTATGAAATTGCATTATTAGTCAAGATGTACAGAAAGATAAAAAATGAACATTAACTTTCTGACTAATCGATTTCAAATCACATCACTTAATGCTTATGGCTATCGTTTTGTGATTACCACGCTAATCATGGCTAGGACGTTTTCACTTTGTCACTCACCTTAGTTCAACGGTCAATTGCTG]

[+] EMBL CD090757             [GTAAACAACAACTCACCATTGAAATTTCCGATTTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAATTCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACTGAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAATTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTTTCGATTGGGTAAGTTTTTTTGTTTAAAAAAGTTTTATACTATTGTTGTTTACTGGTAAATGTTCTCGTCGGCAGTTAATTTTGCTGGAGATGGAAACAAATTGACAAACAGTGTTTTAATATGCAACTAATCTGTTAAGAGTTAAGAAGTATGAAATTGCATTATTAGTCAAGATGTACAGAAAGATAAAAAATGAACATTAACTTTCTGACTAATCGATTTCAAATCACATCACTTAATGCTTATGGCTATCGTTTTGTGATTACCACGCTAATCATGGCTAGGACGTTTTCACTTTGTCACTCACCTTAGTTCAACGGTCAATTGCTG]




>consensus_2621#0
GTAAACAACAACTCACCATTGAAATTTCCGATTTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCT
CTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAATTCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTG
TAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACTGAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTG
ATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAATTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAG
ATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTTTCGATTGGGTAAGTTTTTTTGTTTAAAA
AAGTTTTATACTATTGTTGTTTACTGGTAAATGTTCTCGTCGGCAGTTAATTTTGCTGGA
GATGGAAACAAATTGACAAACAGTGTTTTAATATGCAACTAATCTGTTAAGAGTTAAGAA
GTATGAAATTGCATTATTAGTCAAGATGTACAGAAAGATAAAAAATGAACATTAACTTTC
TGACTAATCGATTTCAAATCACATCACTTAATGCTTATGGCTATCGTTTTGTGATTACCA
CGCTAATCATGGCTAGGACGTTTTCACTTTGTCACTCACCTTAGTTCAACGGTCAATTGC
TG

consensusID : consensus_2621#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 335
fasta sequence

                              [AAATAAAGAATACAATATCGACTCTGGTAAACAACAACTCACCATTGAAAGTGTTCCGATTTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAATTCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACTGAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAATTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTTTCGATTGGATGTGTTCTGTTGGAATTGTTTACTGA]

[-] EMBL CD121923             [AAATAAAGAATACAATATCGACTCTGGTAAACAACAACTCACCATTGAAAGTGTTCCGATTTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAATTCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACTGAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAATTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTTTCGATTGGATGTGTTCTGTTGGAATTGTTTACTGA]




>consensus_2621#1
AAATAAAGAATACAATATCGACTCTGGTAAACAACAACTCACCATTGAAAGTGTTCCGAT
TTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAAT
TCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACT
GAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAA
TTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTT
TCGATTGGATGTGTTCTGTTGGAATTGTTTACTGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2621#0      --------------------------GTAAACAACAACTCACCATTGAAATT--TCCGAT 32
consensus_2621#1      AAATAAAGAATACAATATCGACTCTGGTAAACAACAACTCACCATTGAAAGTGTTCCGAT 60
                                                ************************ *  ******

consensus_2621#0      TTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAAT 92
consensus_2621#1      TTGAGTAGTAGTAATAATAATAACTTCTCTAAAAGTGAATCGTCTTATTTGATTGCGAAT 120
                      ************************************************************

consensus_2621#0      TCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACT 152
consensus_2621#1      TCCAGTGAACTATCTACTCAACTCAGTGTAACTTCATCGCCTTCGCTTATCTTAAACACT 180
                      ************************************************************

consensus_2621#0      GAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAA 212
consensus_2621#1      GAAGACTGTGATATACAAAATTCTACTGATGAAGTGATTGATTTGAAGCAACGAACAAAA 240
                      ************************************************************

consensus_2621#0      TTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTT 272
consensus_2621#1      TTTATGACATCAAATCTACTTGACTCAGATTGTCATTTAACACCAAGTATGGATTTATTT 300
                      ************************************************************

consensus_2621#0      TCGATTGGGTAAGTTTTTTTGTTTAAAAAAGTTTTATACTATTGTTGTTTACTGGTAAAT 332
consensus_2621#1      TCGATTGGATGTGTTCTGTTG-------GAATTGTTTACTGA------------------ 335
                      ******** *  *** * ***        * ** * ****                    

consensus_2621#0      GTTCTCGTCGGCAGTTAATTTTGCTGGAGATGGAAACAAATTGACAAACAGTGTTTTAAT 392
consensus_2621#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2621#0      ATGCAACTAATCTGTTAAGAGTTAAGAAGTATGAAATTGCATTATTAGTCAAGATGTACA 452
consensus_2621#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2621#0      GAAAGATAAAAAATGAACATTAACTTTCTGACTAATCGATTTCAAATCACATCACTTAAT 512
consensus_2621#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2621#0      GCTTATGGCTATCGTTTTGTGATTACCACGCTAATCATGGCTAGGACGTTTTCACTTTGT 572
consensus_2621#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2621#0      CACTCACCTTAGTTCAACGGTCAATTGCTG 602
consensus_2621#1      ------------------------------