cluster # 2731

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Schistosoma mansoni
cluster # 2731 cluster # 2731 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_2731#0 length = 480 sequences # 1

consensus_2731#1 length = 410 sequences # 1

consensusID : consensus_2731#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 480
fasta sequence

                              [CATAAATATGCATCACTCTTCTATACCGTGATTGAAGTTGGTGTGTATTTATATGTATAGAATTTAGCTAAATAGTGTAAGGAAATAGGGTTCGACATTTCCAGCAACCGGCTAATTTATTCCTAATTGTAATCTCAGTCATGGACAACTAAATGTTTTAAACACTCTCAGGCTTCCACTGAATAAGTTTGTGGGATTTTATTGTGTCCTCATTATATCTGCCGGAATCTATATTTCTTACATCTTATAATGTGTAGTATATCCACAGCGCTAATCTTTTGTTCTTTCATTAGTCTAGTGTGATTTCATTTGAATTTATTCACATTAGTTTTGTGTAGATACTTCCTTATTGCTATGTCTAACTNTGAGTTTGATTTATTTAAAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAATGGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGTAAGTGGAGATTNTAACTATTCTGATAT]

[+] EMBL CD066904             [CATAAATATGCATCACTCTTCTATACCGTGATTGAAGTTGGTGTGTATTTATATGTATAGAATTTAGCTAAATAGTGTAAGGAAATAGGGTTCGACATTTCCAGCAACCGGCTAATTTATTCCTAATTGTAATCTCAGTCATGGACAACTAAATGTTTTAAACACTCTCAGGCTTCCACTGAATAAGTTTGTGGGATTTTATTGTGTCCTCATTATATCTGCCGGAATCTATATTTCTTACATCTTATAATGTGTAGTATATCCACAGCGCTAATCTTTTGTTCTTTCATTAGTCTAGTGTGATTTCATTTGAATTTATTCACATTAGTTTTGTGTAGATACTTCCTTATTGCTATGTCTAACTNTGAGTTTGATTTATTTAAAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAATGGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGTAAGTGGAGATTNTAACTATTCTGATAT]




>consensus_2731#0
CATAAATATGCATCACTCTTCTATACCGTGATTGAAGTTGGTGTGTATTTATATGTATAG
AATTTAGCTAAATAGTGTAAGGAAATAGGGTTCGACATTTCCAGCAACCGGCTAATTTAT
TCCTAATTGTAATCTCAGTCATGGACAACTAAATGTTTTAAACACTCTCAGGCTTCCACT
GAATAAGTTTGTGGGATTTTATTGTGTCCTCATTATATCTGCCGGAATCTATATTTCTTA
CATCTTATAATGTGTAGTATATCCACAGCGCTAATCTTTTGTTCTTTCATTAGTCTAGTG
TGATTTCATTTGAATTTATTCACATTAGTTTTGTGTAGATACTTCCTTATTGCTATGTCT
AACTNTGAGTTTGATTTATTTAAAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAATGGTAT
CACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGTAAGTGGAGATTNTAACTATTCTGATAT

consensusID : consensus_2731#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 410
fasta sequence

                              [CGAGGGTAACAAGTTGATGAAGGGAATGAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAATGGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGATCCCTATTGGAGTCCAGTAGATATACAACTTGCTTGTCATGCTATCGGTAAATTAGGACGTGATTATAAAGGTATCGCTGAGTGTTTATTAAATAAAACTCCAAGTATGGTAGCTACATTAATAGAAATGCATGGACAACACTTGAATTTGAATCAATTAGCATCAATGGCTCCAATTATCATACTTTAATAATATTTTTCCTACATACATTTATATAAATACTTTATTTATAAATAGTAAAAAAGAAAACGAGTTATCCAGTTTCTGTAAATGTTTTCCATGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCATTCCAG]

[+] EMBL CD084013             [CGAGGGTAACAAGTTGATGAAGGGAATGAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAATGGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGATCCCTATTGGAGTCCAGTAGATATACAACTTGCTTGTCATGCTATCGGTAAATTAGGACGTGATTATAAAGGTATCGCTGAGTGTTTATTAAATAAAACTCCAAGTATGGTAGCTACATTAATAGAAATGCATGGACAACACTTGAATTTGAATCAATTAGCATCAATGGCTCCAATTATCATACTTTAATAATATTTTTCCTACATACATTTATATAAATACTTTATTTATAAATAGTAAAAAAGAAAACGAGTTATCCAGTTTCTGTAAATGTTTTCCATGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCATTCCAG]




>consensus_2731#1
CGAGGGTAACAAGTTGATGAAGGGAATGAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTGAAT
GGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGATCCCTATTGGAGTCCAGTAGAT
ATACAACTTGCTTGTCATGCTATCGGTAAATTAGGACGTGATTATAAAGGTATCGCTGAG
TGTTTATTAAATAAAACTCCAAGTATGGTAGCTACATTAATAGAAATGCATGGACAACAC
TTGAATTTGAATCAATTAGCATCAATGGCTCCAATTATCATACTTTAATAATATTTTTCC
TACATACATTTATATAAATACTTTATTTATAAATAGTAAAAAAGAAAACGAGTTATCCAG
TTTCTGTAAATGTTTTCCATGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCATTCCAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2731#0      CATAAATATGCATCACTCTTCTATACCGTGATTGAAGTTGGTGTGTATTTATATGTATAG 60
consensus_2731#1      -----------------CGAGGGTAACAAGTTGATGAAGGGAATGAGCTTGCTCAACGAG 43
                                       *     ** *  * *       **  **   **        **

consensus_2731#0      AATTTAGCTAAATAGTGTAAGGAAATAGGGTTCGACATTTCCAGCAACCGGCTAATTTAT 120
consensus_2731#1      AA---ACTCAACTCCTGAATGGTATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTA--TTGA 98
                      **   *   ** *  ** * ** *  *       **     *    ** * ***  **  

consensus_2731#0      TCCTAATTGTAATCTCAGTCATGGACAACTAAATGTTTTAAACACTCTCAGGCTTCCACT 180
consensus_2731#1      TCCCTATTGGAGTCCAGTAGATATACAACT---TGCTTGTCATGCTATCGGTAAATTAGG 155
                      ***  **** * **      **  ******   ** **   *  ** ** *      *  

consensus_2731#0      GAATAAGTTTGTGGGATTTTATTGTGTCCTCATTATATCTGCCGGAATCTATATTTCTTA 240
consensus_2731#1      ACGTGATTATAAAGG-TATCGCTGAGTGTTTATTAAATAAAACTCCAAGTATGGTAGCTA 214
                         * * * *   ** * *   ** **  * **** **    *   *  ***  *   **

consensus_2731#0      CATCTTATAATGTGTAGTATATCCACAGCGCTAATCTTTTGTTCTTTCATTAGTCTAGTG 300
consensus_2731#1      CAT----TAATA-GAAATGCATGGACAACACTTGAATTTGAATCA---ATTAGCATCAAT 266
                      ***    ****  * * *  **  *** * **    ***   **    *****  *    

consensus_2731#0      TGATTTCATTTGAATTTATTCACATTAGTTTTGTGTAGATACTTCCTTATTGCTATGTCT 360
consensus_2731#1      GGCTCCAATTATCATACTTTAATAATA-TTTTTCCTACATACATTTATATAAATAC-TTT 324
                       * *   ***   **   ** * * ** ****   ** **** *   ***   **  * *

consensus_2731#0      AACTNTGAGTTTGATTTATTTAAAGCTTGCTCAACGAGAAACTCAACTCCTG--AATGGT 418
consensus_2731#1      ATTTATAAAT-------AGTAAAAA---AGAAAACGAGTTATCCAGTTTCTGTAAATGTT 374
                      *  * * * *       * * ***        ******  *  **  * ***  **** *

consensus_2731#0      ATCACTTCGTTACGACCTCCTTCACTGCCTATTGTAAGTGGAGATTNTAACTATTCTGAT 478
consensus_2731#1      TTCCATGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTC-ATTCCAG----------------------- 410
                       **  *   **          *   ** * ***  *                        

consensus_2731#0      AT 480
consensus_2731#1      --