Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 2848 cluster # 2848       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2848#0 length = 544 sequences # 1  
consensus_2848#1 length = 442 sequences # 1  

consensusID : consensus_2848#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 544
fasta sequence
                              [GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCAACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTTTGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGAGTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGTTATG]

[+] EMBL CD095278             [GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCAACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTTTGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGAGTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGTTATG]


>consensus_2848#0 GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGA TATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTA CAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGA TTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAAT GTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCA ACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTT TGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGA GTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACT TANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGT TATG



consensusID : consensus_2848#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 442
fasta sequence
                              [AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAAAGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG]

[+] EMBL CD155881             [AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAAAGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG]


>consensus_2848#1 AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTAT ATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATT AGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACG AAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGA ACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAG AAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAA GCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAA AGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2848#0      GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTT--TGGCAGAGATGCTATTAATGTT 58
consensus_2848#1      -----------------------------AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTT 31
                                                   ** ***   ** ** *  *    ***   **

consensus_2848#0      GATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTT 118
consensus_2848#1      GGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTA 91
                      * *  *  *****     **     *  * *     *      ** ****** *  * * 

consensus_2848#0      TACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTT 178
consensus_2848#1      TTGAAAA---CAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATT-TTTA 147
                      *  ****   *  **** *   **  * *    *  * *   * ****    **  * * 

consensus_2848#0      GATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATA 238
consensus_2848#1      AACATTTAAGTGAGAATAA--TAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAA 205
                       *  * **     ** ***  *** * * * ***  *     * * *    *  ** * *

consensus_2848#0      ATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTT 298
consensus_2848#1      GCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACT--GATGGTATAGAAAGTTTAAA 263
                        * *  **  * *    * *  *   ** * **** *   ** ** ** *     *   

consensus_2848#0      CAACTATATGATCGAAGACGAGC-ATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACA 357
consensus_2848#1      AAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACT 323
                       *  ** **  **  *  ***   *** *** *  * *    *  *   ** *    ** 

consensus_2848#0      TTTTGTAAGA-AGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTA 416
consensus_2848#1      TTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTA 383
                      ***  *** * *   *  *    **     * *** * *   ** **  ** **** ***

consensus_2848#0      TTGAGTT-GTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTG 475
consensus_2848#1      TAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGT--TCCCCAAAGAGT--GGCGGNCNNNNTNT 439
                      * *  *  ** * **  **    *  ****  *       **    **  * *    *  

consensus_2848#0      ATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGAT 535
consensus_2848#1      NTG--------------------------------------------------------- 442
                       *                                                          

consensus_2848#0      TATGTTATG 544
consensus_2848#1      ---------
                               




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)