cluster # 2848

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Schistosoma mansoni
cluster # 2848 cluster # 2848 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_2848#0 length = 544 sequences # 1

consensus_2848#1 length = 442 sequences # 1

consensusID : consensus_2848#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 544
fasta sequence

                              [GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCAACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTTTGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGAGTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGTTATG]

[+] EMBL CD095278             [GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCAACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTTTGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGAGTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGTTATG]




>consensus_2848#0
GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTTTGGCAGAGATGCTATTAATGTTGA
TATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTTTA
CAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTTGA
TTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATAAT
GTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTTCA
ACTATATGATCGAAGACGAGCATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACATTT
TGTAAGAAGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTATTGA
GTTGTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTGATACT
TANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGATTATGT
TATG

consensusID : consensus_2848#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 442
fasta sequence

                              [AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAAAGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG]

[+] EMBL CD155881             [AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAAAGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG]




>consensus_2848#1
AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTTGGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTAT
ATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTATTGAAAACAATATTCTTCGTTCATATATT
AGTGTTTTAATATGATAGGGATTTTTAAACATTTAAGTGAGAATAATAAATCAGTTTACG
AAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAAGCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGA
ACTGATGGTATAGAAAGTTTAAAAAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAG
AAAGTTTAATCAAATATAGGACTTTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAA
GCTCATACACGGAATTATACTTATAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGTTCCCCAA
AGAGTGGCGGNCNNNNTNTNTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2848#0      GTTTTCTAATCAGTTTTATGTTAGCCAATAATTTTT--TGGCAGAGATGCTATTAATGTT 58
consensus_2848#1      -----------------------------AACTTTAAATGACATACTTCACCTTAGATTT 31
                                                   ** ***   ** ** *  *    ***   **

consensus_2848#0      GATATTGCTTTTGTGATTTTCGCATGCGTTTGAGCTACGCTATAATCTGCAGTATTCGTT 118
consensus_2848#1      GGTCATCTTTTTGGATGATTAATTCGTATATATATAATTGCGGAACCTGCAGAAGACTTA 91
                      * *  *  *****     **     *  * *     *      ** ****** *  * * 

consensus_2848#0      TACAAAAATGCTGTATTTTCAATTTTTTTCCAGGCTTCTAGTTTTGATCCAAATAGTGTT 178
consensus_2848#1      TTGAAAA---CAATATTCTTCGTTCATATATTAGTGTTTTAATATGATAGGGATT-TTTA 147
                      *  ****   *  **** *   **  * *    *  * *   * ****    **  * * 

consensus_2848#0      GATTTGTACACAGGAGTAAGTTAAGTTACTGTACTGAAAATTTATTTACTTATGATTATA 238
consensus_2848#1      AACATTTAAGTGAGAATAA--TAAATCAGTTTACGAAGTCAGTTTCTGGACACAATAAAA 205
                       *  * **     ** ***  *** * * * ***  *     * * *    *  ** * *

consensus_2848#0      ATGTTATATACTTTCACATAAGTAAGTATAAGGGAATTTTAATAGTTTATACTCGATTTT 298
consensus_2848#1      GCGATTAATTTTGTTTACTCAACACACATTACGGAACT--GATGGTATAGAAAGTTTAAA 263
                        * *  **  * *    * *  *   ** * **** *   ** ** ** *     *   

consensus_2848#0      CAACTATATGATCGAAGACGAGC-ATTTAATAACCAAACGTATCCAATTAACAAGTCACA 357
consensus_2848#1      AAGATAAATTGTCTCAATCGAATTATTCAATGAATAGAAAGTTTAATCAAATATAGGACT 323
                       *  ** **  **  *  ***   *** *** *  * *    *  *   ** *    ** 

consensus_2848#0      TTTTGTAAGA-AGCACGTATTCCTTATTCTATTACTAACCACTAAACCTAAATATAATTA 416
consensus_2848#1      TTTCATAACATAATCCAAAGCAATTCAGTAAATACAAGCTCATACACGGAATTATACTTA 383
                      ***  *** * *   *  *    **     * *** * *   ** **  ** **** ***

consensus_2848#0      TTGAGTT-GTTTAAAAAATTTTCATATAGTCATTTTTGGGGAACTAGGTAGGCATGATTG 475
consensus_2848#1      TAGTCTAAGTATCAATCATGCCTACCTAGT--TCCCCAAAGAGT--GGCGGNCNNNNTNT 439
                      * *  *  ** * **  **    *  ****  *       **    **  * *    *  

consensus_2848#0      ATACTTANGACTATAGTATAATTCCGTGTATGAGCTTGTATTTACTGAATTGCTTTGGAT 535
consensus_2848#1      NTG--------------------------------------------------------- 442
                       *                                                          

consensus_2848#0      TATGTTATG 544
consensus_2848#1      ---------