cluster # 3074

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Schistosoma mansoni
cluster # 3074 cluster # 3074 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3074#0 length = 471 sequences # 1

consensus_3074#1 length = 403 sequences # 1

consensusID : consensus_3074#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 471
fasta sequence

                              [GTTCTTTAATCTCAGTCGCAGTAAGTGAGTATGGCAAGTTTCGTATAATTAAACAATTGGGACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAACAACCGCTTGATAATTTGGCTAGATAACAAATAATTATTTTTTTAAAAAGGCACATGAATAAATTGAAGCGTGTGCACAGAATATTTAGACAGATATGTAATATTTGAAGCAAGATTAAGGCAGTATACGGTTTAATTGTCTGATGTGAATATAATCAGAGTGGCAGTCTAGTGATTAAACCAAACGACGTTAAACCATTAGGTCCCAAACTCAAATTACACTTCATTTACTTTCGTTTGGGCAGTTGGTTAGTATCACTAATTCTCAGACAAGTGTGGATCAAAGCCAAGTAAGTTAATTTGCACTTGGTTGCCAAGTTGCATTACTATTGTCATAACTATTATTATTTG]

[+] EMBL CD147689             [GTTCTTTAATCTCAGTCGCAGTAAGTGAGTATGGCAAGTTTCGTATAATTAAACAATTGGGACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAACAACCGCTTGATAATTTGGCTAGATAACAAATAATTATTTTTTTAAAAAGGCACATGAATAAATTGAAGCGTGTGCACAGAATATTTAGACAGATATGTAATATTTGAAGCAAGATTAAGGCAGTATACGGTTTAATTGTCTGATGTGAATATAATCAGAGTGGCAGTCTAGTGATTAAACCAAACGACGTTAAACCATTAGGTCCCAAACTCAAATTACACTTCATTTACTTTCGTTTGGGCAGTTGGTTAGTATCACTAATTCTCAGACAAGTGTGGATCAAAGCCAAGTAAGTTAATTTGCACTTGGTTGCCAAGTTGCATTACTATTGTCATAACTATTATTATTTG]




>consensus_3074#0
GTTCTTTAATCTCAGTCGCAGTAAGTGAGTATGGCAAGTTTCGTATAATTAAACAATTGG
GACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAA
CAACCGCTTGATAATTTGGCTAGATAACAAATAATTATTTTTTTAAAAAGGCACATGAAT
AAATTGAAGCGTGTGCACAGAATATTTAGACAGATATGTAATATTTGAAGCAAGATTAAG
GCAGTATACGGTTTAATTGTCTGATGTGAATATAATCAGAGTGGCAGTCTAGTGATTAAA
CCAAACGACGTTAAACCATTAGGTCCCAAACTCAAATTACACTTCATTTACTTTCGTTTG
GGCAGTTGGTTAGTATCACTAATTCTCAGACAAGTGTGGATCAAAGCCAAGTAAGTTAAT
TTGCACTTGGTTGCCAAGTTGCATTACTATTGTCATAACTATTATTATTTG

consensusID : consensus_3074#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 403
fasta sequence

                              [TAAACATTGGCGACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAACAACCGCTTGATAATTTGGTTTAGTACCGTCAAACTCGATTGACTTTAAACGATTCACAGCATCTAAGTAATAGTCATTACTTGAAAAGTCTAAAAGCGCGTGCTTCGAACCAGCTGTATTACGCAAATTCAAATGAATAACTGATGGAAAAATATCCCTCAAAATGGTTTGGTTGACACTGCATGGTAGACTAGTAAGCAACAATTTTCGTGTTCCATGCGTTAGCCGGCCAAGCTTTTTATTCTTGGGATATTCCTTGTTAACGCTACAAGTTTGATTTAATTTGTCTAAATCGATATTAATTCCTGACAACTTTGCGGAAGGACAACCA]

[+] EMBL CD113794             [TAAACATTGGCGACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAACAACCGCTTGATAATTTGGTTTAGTACCGTCAAACTCGATTGACTTTAAACGATTCACAGCATCTAAGTAATAGTCATTACTTGAAAAGTCTAAAAGCGCGTGCTTCGAACCAGCTGTATTACGCAAATTCAAATGAATAACTGATGGAAAAATATCCCTCAAAATGGTTTGGTTGACACTGCATGGTAGACTAGTAAGCAACAATTTTCGTGTTCCATGCGTTAGCCGGCCAAGCTTTTTATTCTTGGGATATTCCTTGTTAACGCTACAAGTTTGATTTAATTTGTCTAAATCGATATTAATTCCTGACAACTTTGCGGAAGGACAACCA]




>consensus_3074#1
TAAACATTGGCGACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTC
TGTGTATCCAACAACCGCTTGATAATTTGGTTTAGTACCGTCAAACTCGATTGACTTTAA
ACGATTCACAGCATCTAAGTAATAGTCATTACTTGAAAAGTCTAAAAGCGCGTGCTTCGA
ACCAGCTGTATTACGCAAATTCAAATGAATAACTGATGGAAAAATATCCCTCAAAATGGT
TTGGTTGACACTGCATGGTAGACTAGTAAGCAACAATTTTCGTGTTCCATGCGTTAGCCG
GCCAAGCTTTTTATTCTTGGGATATTCCTTGTTAACGCTACAAGTTTGATTTAATTTGTC
TAAATCGATATTAATTCCTGACAACTTTGCGGAAGGACAACCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3074#0      GTTCTTTAATCTCAGTCGCAGTAAGTGAGTATGGCAAGTTTCGTATAATTAAACAATTGG 60
consensus_3074#1      -------------------------------------------------TAAACATTGGC 11
                                                                       ****** * * 

consensus_3074#0      GACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAA 120
consensus_3074#1      GACTATTAGTTACAAATTGTTTTGATAGATTAGACTGGACTGTATTTTCTGTGTATCCAA 71
                      ************************************************************

consensus_3074#0      CAACCGCTTGATAATTTGGCTAGATAACAAATAATT--ATTTTTTTAAAAAGGCACATGA 178
consensus_3074#1      CAACCGCTTGATAATTTGGTTTAGTACCGTCAAACTCGATTGACTTTAAACGATTCACAG 131
                      ******************* *   ** *    ** *  ***   ** *** *   **   

consensus_3074#0      A---TAAATTGAAGCGTGTGCACAGAATATTTAGACAGATATGTAATATTTGAAGCAAGA 235
consensus_3074#1      CATCTAAGTAATAGTCATTACTTGAAAAGTCTAAAAGCGCGTGC----TTCGAACCAGCT 187
                          *** *   **    * *    **  * ** *      **     ** *** **   

consensus_3074#0      TTAAGGCAGTATACGGTTTAATTGTCTGATGTGAATATAATCAGAGTGGCAGTCTAGTGA 295
consensus_3074#1      GTATTACGCAAATTCAAATGAATAACTGATGGAAAAATATCCCTCAAAATGGTTTGGT-- 245
                       **   *   *       * * *  ******  ** ***  *         ** * **  

consensus_3074#0      TTAAACCAAACGACGTTAAACCATTAGGTCCCAAACTCAAATTACACTTCATTTACTTTC 355
consensus_3074#1      TGACACTGCATGG---TAGACTAGTAAGCAACAATTT----TCGTGTTCCAT--GCGTTA 296
                      * * **   * *    ** ** * ** *   ***  *    *     * ***   * ** 

consensus_3074#0      GTTTGGGCAGTTGGTTAGTATCACTAATTCTCAGACAAGTGTGGATCAAAGCCAAGTAAG 415
consensus_3074#1      GCCGGCCAAGCTTTTTATTCTTGGGATATTCCTTGTTAACGCTA--CAAGTTTGATTTAA 354
                      *   *   ** *  *** * *    *  *  *     *  *     ***     * * * 

consensus_3074#0      TTAATTTGCACTTGGTTGCCAAGTTGCATTACTATTGTCATAACTATTATTATTTG 471
consensus_3074#1      TTTGTCTAAATC--GATATTAATTCCTGACAACTTTG-CGGAAGGACAACCA---- 403
                      **  * *  *    * *   ** *      *   *** *  **  *  *  *