cluster # 3089

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Schistosoma mansoni
cluster # 3089 cluster # 3089 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_3089#0 length = 935 sequences # 1

consensus_3089#1 length = 536 sequences # 1

consensusID : consensus_3089#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 935
fasta sequence

                              [GAGCCATATTCGGCACGAGGAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACCATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTTTGGAAATGGTGAATTTTTACCTTCAGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATTGGCTTGCATCTTATAGAGATATTCATAAACTTATTAAACAAATTAATTATACAATTAGATCAACACATTATTTTCCAGATTATAATCATTTAGATTTTGTTTGGGGTTTAAATGCTGCCAAATTATTATATCCATTAATTTTAGAACAATTATCTAGAGTTTAATGATAATCAACTCCCCCTCCCCCTCCAAAAAAATGATATGATCTTCTATATGTAAATGCGTGTGTGTGGGTGTGCATGTGTGTGTGAATGCGTGTGGGTGCGTGCGTANTTGATACTGTTGGGATTGATTTCTATTCATTTGTTTCCGCATTGTTTTATACTCCTCACCAATATCATTTATTTCATATCGATAGTTGCTTATTATGATTTTCACTATTTTTTTTCTTTTGAAATTTATCTCTAACCAATTATTTGTAAAACAAAGTTTTTGTATGAGAAAAAATTTGAATAATTTTTTTTTAGTTAAATAT]

[+] EMBL CD081726             [GAGCCATATTCGGCACGAGGAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACCATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTTTGGAAATGGTGAATTTTTACCTTCAGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATTGGCTTGCATCTTATAGAGATATTCATAAACTTATTAAACAAATTAATTATACAATTAGATCAACACATTATTTTCCAGATTATAATCATTTAGATTTTGTTTGGGGTTTAAATGCTGCCAAATTATTATATCCATTAATTTTAGAACAATTATCTAGAGTTTAATGATAATCAACTCCCCCTCCCCCTCCAAAAAAATGATATGATCTTCTATATGTAAATGCGTGTGTGTGGGTGTGCATGTGTGTGTGAATGCGTGTGGGTGCGTGCGTANTTGATACTGTTGGGATTGATTTCTATTCATTTGTTTCCGCATTGTTTTATACTCCTCACCAATATCATTTATTTCATATCGATAGTTGCTTATTATGATTTTCACTATTTTTTTTCTTTTGAAATTTATCTCTAACCAATTATTTGTAAAACAAAGTTTTTGTATGAGAAAAAATTTGAATAATTTTTTTTTAGTTAAATAT]




>consensus_3089#0
GAGCCATATTCGGCACGAGGAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATA
CGTTATATTGCACCATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTTTGGAAATGGT
GAATTTTTACCTTCAGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACAT
CGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAAT
ACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAA
AATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGT
TTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCAT
CTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATTGGCTTGCATCTTATAGAGAT
ATTCATAAACTTATTAAACAAATTAATTATACAATTAGATCAACACATTATTTTCCAGAT
TATAATCATTTAGATTTTGTTTGGGGTTTAAATGCTGCCAAATTATTATATCCATTAATT
TTAGAACAATTATCTAGAGTTTAATGATAATCAACTCCCCCTCCCCCTCCAAAAAAATGA
TATGATCTTCTATATGTAAATGCGTGTGTGTGGGTGTGCATGTGTGTGTGAATGCGTGTG
GGTGCGTGCGTANTTGATACTGTTGGGATTGATTTCTATTCATTTGTTTCCGCATTGTTT
TATACTCCTCACCAATATCATTTATTTCATATCGATAGTTGCTTATTATGATTTTCACTA
TTTTTTTTCTTTTGAAATTTATCTCTAACCAATTATTTGTAAAACAAAGTTTTTGTATGA
GAAAAAATTTGAATAATTTTTTTTTAGTTAAATAT

consensusID : consensus_3089#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 536
fasta sequence

                              [GTTCTCAATCACACTGATGCTGAAAAACTGAGTTACATTGGTCATTCACAGGGCTGTCAAATTGCTTTGGCATGTTTTGATGAACATCCTATAATACAATCATTTATTGATTTATTCATCGCCTTAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACCATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATT]

[+] EMBL CD069037             [GTTCTCAATCACACTGATGCTGAAAAACTGAGTTACATTGGTCATTCACAGGGCTGTCAAATTGCTTTGGCATGTTTTGATGAACATCCTATAATACAATCATTTATTGATTTATTCATCGCCTTAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACCATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATT]




>consensus_3089#1
GTTCTCAATCACACTGATGCTGAAAAACTGAGTTACATTGGTCATTCACAGGGCTGTCAA
ATTGCTTTGGCATGTTTTGATGAACATCCTATAATACAATCATTTATTGATTTATTCATC
GCCTTAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACCA
TTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATT
CTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGTATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGG
ATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCGTCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGC
TGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTATTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCA
AAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTTACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATT
ATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTATTATCATTTATTATGGTGGTCAAGATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3089#0      ------------------------------------------------------------
consensus_3089#1      GTTCTCAATCACACTGATGCTGAAAAACTGAGTTACATTGGTCATTCACAGGGCTGTCAA 60
                                                                                  

consensus_3089#0      ----------------------------------------------GAGCCATATTCGGC 14
consensus_3089#1      ATTGCTTTGGCATGTTTTGATGAACATCCTATAATACAATCATTTATTGATTTATTCATC 120
                                                                      *   *****  *

consensus_3089#0      ACGAGGAGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACC 74
consensus_3089#1      GCCTT-AGCACCAGCTGCTTATCTTGGTTCAATTAAAAGTCCTATACGTTATATTGCACC 179
                       *    ******************************************************

consensus_3089#0      ATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGTTTGGAAATGGTGAATTTTTACCTTC 134
consensus_3089#1      ATTTGTAAAAACAGTTGAACCAGTTGTTGAATGGT------------------------- 214
                      ***********************************                         

consensus_3089#0      AGGTAAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGT 194
consensus_3089#1      ----AAAATTATGCAATTTTTAGCATTATTCTTATGCAAACCACATCGTATACCCTTTGT 270
                          ********************************************************

consensus_3089#0      ATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCG 254
consensus_3089#1      ATGTAGTAATATAATGTATTTACTTGCTGGATATGATTCTAAAAATACAAATGTGAGTCG 330
                      ************************************************************

consensus_3089#0      TCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTA 314
consensus_3089#1      TCTCCCAATTTATGTTGCACATACACCGGCTGGAACATCAGTCCAAAATATGGTACATTA 390
                      ************************************************************

consensus_3089#0      TTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTT 374
consensus_3089#1      TTGTCAAGGTATAGTTACTGATCGTTTTCAAAAATATGATTATGGTTTAATAAAGAATTT 450
                      ************************************************************

consensus_3089#0      ACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTAT 434
consensus_3089#1      ACAAATCTATAATCAATCTTATCCACCATTATATAATATATCTCATCTTAAATTACCTAT 510
                      ************************************************************

consensus_3089#0      TATCATTTATTATGGTGGTCAAGATTGGCTTGCATCTTATAGAGATATTCATAAACTTAT 494
consensus_3089#1      TATCATTTATTATGGTGGTCAAGATT---------------------------------- 536
                      **************************                                  

consensus_3089#0      TAAACAAATTAATTATACAATTAGATCAACACATTATTTTCCAGATTATAATCATTTAGA 554
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      TTTTGTTTGGGGTTTAAATGCTGCCAAATTATTATATCCATTAATTTTAGAACAATTATC 614
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      TAGAGTTTAATGATAATCAACTCCCCCTCCCCCTCCAAAAAAATGATATGATCTTCTATA 674
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      TGTAAATGCGTGTGTGTGGGTGTGCATGTGTGTGTGAATGCGTGTGGGTGCGTGCGTANT 734
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      TGATACTGTTGGGATTGATTTCTATTCATTTGTTTCCGCATTGTTTTATACTCCTCACCA 794
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      ATATCATTTATTTCATATCGATAGTTGCTTATTATGATTTTCACTATTTTTTTTCTTTTG 854
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      AAATTTATCTCTAACCAATTATTTGTAAAACAAAGTTTTTGTATGAGAAAAAATTTGAAT 914
consensus_3089#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3089#0      AATTTTTTTTTAGTTAAATAT 935
consensus_3089#1      ---------------------