cluster # 3934

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Schistosoma mansoni
cluster # 3934 cluster # 3934 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_3934#0 length = 1100 sequences # 1

consensus_3934#1 length = 640 sequences # 1

consensusID : consensus_3934#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1100
fasta sequence

                              [ATGGAATAATGTTATATTTATAAATAATTAAACAACTGAATTAATATCTAAATGATGTACAAACAATAATATCGTATCTCTGATTGCAGTACGTGTACTTTCATCCATACAGATAATATGACTACCATGATCATGCAAACAAATCAATGTATTTGGATTTGGAAATAAAATTACATCTTCGTTTTGTATGGAACCTGATTGTTTATTGGTATTATATACAGAAAATCGCGAATATACTTGACGTGCAGTGCTTGGATCAGCAAGATAAGCACCAGTAACACCACGTTCTGTTAACTTTCGTATCAACTCATGTGGGTTTATTCTGCTTGACTCATCACAACAACTAACTAATATACGATTTTCAGAACCTAACATATTGGATTTTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGTTTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCATAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTTTACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATANCATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGATTTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTNTGGTATTTTTCTCTTTTAATGGATCATTTGGNTCTATGCCTTCATTAGATTGNNTTAATTAATATNAATAGGTTAATATGATGAANTAATTTGTGGATAAATGAATTGNNTCTAACGGTGNTCGGNTAAATGATACATAANTGTGATGATTGAAAACCATGCAGTTTTGTAGAAATTGTTCGGTTNNCGAGGAATCTGACATCGATGCTATCTACTNTTTGGGGAGATAAGGGTATCGGGTCACCACCTCGGCGATTTGGCCNAGGCAATCCTTAGGNNGNTAATCAAATGCACCGTTTCGGGGAAGTTCGCCATCCAACACCGCAAGGAACGGGGAAAAGAAACTATTGGCTCCTTTCGACCGCCCTATTACCCGGGGGGGGTTCTCTTC]

[+] EMBL CD073676             [ATGGAATAATGTTATATTTATAAATAATTAAACAACTGAATTAATATCTAAATGATGTACAAACAATAATATCGTATCTCTGATTGCAGTACGTGTACTTTCATCCATACAGATAATATGACTACCATGATCATGCAAACAAATCAATGTATTTGGATTTGGAAATAAAATTACATCTTCGTTTTGTATGGAACCTGATTGTTTATTGGTATTATATACAGAAAATCGCGAATATACTTGACGTGCAGTGCTTGGATCAGCAAGATAAGCACCAGTAACACCACGTTCTGTTAACTTTCGTATCAACTCATGTGGGTTTATTCTGCTTGACTCATCACAACAACTAACTAATATACGATTTTCAGAACCTAACATATTGGATTTTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGTTTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCATAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTTTACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATANCATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGATTTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTNTGGTATTTTTCTCTTTTAATGGATCATTTGGNTCTATGCCTTCATTAGATTGNNTTAATTAATATNAATAGGTTAATATGATGAANTAATTTGTGGATAAATGAATTGNNTCTAACGGTGNTCGGNTAAATGATACATAANTGTGATGATTGAAAACCATGCAGTTTTGTAGAAATTGTTCGGTTNNCGAGGAATCTGACATCGATGCTATCTACTNTTTGGGGAGATAAGGGTATCGGGTCACCACCTCGGCGATTTGGCCNAGGCAATCCTTAGGNNGNTAATCAAATGCACCGTTTCGGGGAAGTTCGCCATCCAACACCGCAAGGAACGGGGAAAAGAAACTATTGGCTCCTTTCGACCGCCCTATTACCCGGGGGGGGTTCTCTTC]




>consensus_3934#0
ATGGAATAATGTTATATTTATAAATAATTAAACAACTGAATTAATATCTAAATGATGTAC
AAACAATAATATCGTATCTCTGATTGCAGTACGTGTACTTTCATCCATACAGATAATATG
ACTACCATGATCATGCAAACAAATCAATGTATTTGGATTTGGAAATAAAATTACATCTTC
GTTTTGTATGGAACCTGATTGTTTATTGGTATTATATACAGAAAATCGCGAATATACTTG
ACGTGCAGTGCTTGGATCAGCAAGATAAGCACCAGTAACACCACGTTCTGTTAACTTTCG
TATCAACTCATGTGGGTTTATTCTGCTTGACTCATCACAACAACTAACTAATATACGATT
TTCAGAACCTAACATATTGGATTTTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGTT
TAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCAT
AGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTTT
ACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATANC
ATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGATT
TCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTNTGGTATTTTTC
TCTTTTAATGGATCATTTGGNTCTATGCCTTCATTAGATTGNNTTAATTAATATNAATAG
GTTAATATGATGAANTAATTTGTGGATAAATGAATTGNNTCTAACGGTGNTCGGNTAAAT
GATACATAANTGTGATGATTGAAAACCATGCAGTTTTGTAGAAATTGTTCGGTTNNCGAG
GAATCTGACATCGATGCTATCTACTNTTTGGGGAGATAAGGGTATCGGGTCACCACCTCG
GCGATTTGGCCNAGGCAATCCTTAGGNNGNTAATCAAATGCACCGTTTCGGGGAAGTTCG
CCATCCAACACCGCAAGGAACGGGGAAAAGAAACTATTGGCTCCTTTCGACCGCCCTATT
ACCCGGGGGGGGTTCTCTTC

consensusID : consensus_3934#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 640
fasta sequence

                              [TAACTAATANTACGATTTTCAGAACCTAACATATTGGATTNTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGTTTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCATAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTTTACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATACATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGATTTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTTTGTTATTTTTCTCTTTTAATGGATCATTTGGTTCTATGCCTTCATTAGATTGTTTTAATTTAATATAAATAGGTTTAATATGATGAATTAATTTTGTGGATAAATGAATTTGTTCTAAACGTGTTTCGGGTAATTGAATACATAATTGTTGATGATATGATATACCATGCAGTTTTGTTAGAAATTGTTCCGGTTTCGTAGTGATACTTGACCAATCGAATGGCTTATCATAAACTTCTTGGGAAGTATTAGTGCTAGTCGTGGTTCACCACAAC]

[-] EMBL CD079403             [TAACTAATANTACGATTTTCAGAACCTAACATATTGGATTNTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGTTTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCATAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTTTACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATACATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGATTTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTTTGTTATTTTTCTCTTTTAATGGATCATTTGGTTCTATGCCTTCATTAGATTGTTTTAATTTAATATAAATAGGTTTAATATGATGAATTAATTTTGTGGATAAATGAATTTGTTCTAAACGTGTTTCGGGTAATTGAATACATAATTGTTGATGATATGATATACCATGCAGTTTTGTTAGAAATTGTTCCGGTTTCGTAGTGATACTTGACCAATCGAATGGCTTATCATAAACTTCTTGGGAAGTATTAGTGCTAGTCGTGGTTCACCACAAC]




>consensus_3934#1
TAACTAATANTACGATTTTCAGAACCTAACATATTGGATTNTAATATAGACTCTTTAGAT
TGATCACTAGCGTTGTTTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTT
GTAGTTGGAGGAGTCATAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGT
TCTAGCTTCTCATGTTTACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCA
TTGACTAATGCAATACATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGA
TTCATTTGTAATGATTTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATT
CTCTTTGTTATTTTTCTCTTTTAATGGATCATTTGGTTCTATGCCTTCATTAGATTGTTT
TAATTTAATATAAATAGGTTTAATATGATGAATTAATTTTGTGGATAAATGAATTTGTTC
TAAACGTGTTTCGGGTAATTGAATACATAATTGTTGATGATATGATATACCATGCAGTTT
TGTTAGAAATTGTTCCGGTTTCGTAGTGATACTTGACCAATCGAATGGCTTATCATAAAC
TTCTTGGGAAGTATTAGTGCTAGTCGTGGTTCACCACAAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3934#0      ATGGAATAATGTTATATTTATAAATAATTAAACAACTGAATTAATATCTAAATGATGTAC 60
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      AAACAATAATATCGTATCTCTGATTGCAGTACGTGTACTTTCATCCATACAGATAATATG 120
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      ACTACCATGATCATGCAAACAAATCAATGTATTTGGATTTGGAAATAAAATTACATCTTC 180
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      GTTTTGTATGGAACCTGATTGTTTATTGGTATTATATACAGAAAATCGCGAATATACTTG 240
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      ACGTGCAGTGCTTGGATCAGCAAGATAAGCACCAGTAACACCACGTTCTGTTAACTTTCG 300
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      TATCAACTCATGTGGGTTTATTCTGCTTGACTCATCACAACAACTAACTAATAT-ACGAT 359
consensus_3934#1      --------------------------------------------TAACTAATANTACGAT 16
                                                                  *********  *****

consensus_3934#0      TTTCAGAACCTAACATATTGGATTTTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGT 419
consensus_3934#1      TTTCAGAACCTAACATATTGGATTNTAATATAGACTCTTTAGATTGATCACTAGCGTTGT 76
                      ************************ ***********************************

consensus_3934#0      TTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCA 479
consensus_3934#1      TTAACGAGTTTGCTGTTGTTGTGGCCGGTGTGGAAGTGTTCGTTGTAGTTGGAGGAGTCA 136
                      ************************************************************

consensus_3934#0      TAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTT 539
consensus_3934#1      TAGGTCGCATAACGGAATCTTCAACAGGTTGAATTATATCTGGTTCTAGCTTCTCATGTT 196
                      ************************************************************

consensus_3934#0      TACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATAN 599
consensus_3934#1      TACCAATCAACCAGTGTTTACCATCTCTAGTAGCTAACATTCCATTGACTAATGCAATAC 256
                      *********************************************************** 

consensus_3934#0      CATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGAT 659
consensus_3934#1      -ATTTTCGTTTTTTCTCAATTACTTCATCATTATTATTTATTTGATTCATTTGTAATGAT 315
                       ***********************************************************

consensus_3934#0      TTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTNTGGTATTTTT 719
consensus_3934#1      TTCAAGTCTATTTTTTTCATTATTCTTCTCTTTATTATCATTATTCTCTTTGTTATTTTT 375
                      ************************************************* ** *******

consensus_3934#0      CTCTTTTAATGGATCATTTGGNTCTATGCCTTCATTAGATTGNNTTAATT-AATATNAAT 778
consensus_3934#1      CTCTTTTAATGGATCATTTGGTTCTATGCCTTCATTAGATTGTTTTAATTTAATATAAAT 435
                      ********************* ********************  ****** ***** ***

consensus_3934#0      AGGTT-AATATGATGAANTAATTT-GTGGATAAATGAATTGNNTCTAACGGTGNT-CGGN 835
consensus_3934#1      AGGTTTAATATGATGAATTAATTTTGTGGATAAATGAATTTGTTCTAAACGTGTTTCGGG 495
                      ***** *********** ****** ***************   *****  *** * *** 

consensus_3934#0      TAAATGA-TACATAANTGT-GATGAT-TGAAA-ACCATGCAGTTTTGT-AGAAATTGTTC 890
consensus_3934#1      TAATTGAATACATAATTGTTGATGATATGATATACCATGCAGTTTTGTTAGAAATTGTTC 555
                      *** *** ******* *** ****** *** * *************** ***********

consensus_3934#0      GGTTNNCGAGGAATCTGACATCGATGCTATCTACTNTTTGGGGAGATAAGGGTATCGGGT 950
consensus_3934#1      CGGTTTCGTAG----TGATACTTGACCAATCGAATGGCTTATC--ATAAACTTCTTGGGA 609
                       * *  **  *    *** *      * *** * *   *      ****   * * *** 

consensus_3934#0      CACCACCTCGGCGATTTGGCCNAGGCAATCCTTAGGNNGNTAATCAAATGCACCGTTTCG 1010
consensus_3934#1      AGTA---TTAGTG--CTAGTCGTGGT--TCACCACAAC---------------------- 640
                             *  * *   * * *  **   **   *                          

consensus_3934#0      GGGAAGTTCGCCATCCAACACCGCAAGGAACGGGGAAAAGAAACTATTGGCTCCTTTCGA 1070
consensus_3934#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3934#0      CCGCCCTATTACCCGGGGGGGGTTCTCTTC 1100
consensus_3934#1      ------------------------------