|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_3967#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 1037 fasta sequence
[CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTTGCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTATCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTTTTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGTGGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGTGCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCATTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGACCAACTNTTATAGNNTGTAAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGTACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGATAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATTGCATTATTCATTGACAAACCACCTACTCTTAGGNTACTNANNTTGATGGCAANNNNGATGGATGCAAGTTGNNTTGGNTACACTTACCNTGACCTTTCTATTAACATG]
[+] EMBL CD079467 [CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTTGCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTATCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTTTTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGTGGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGTGCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCATTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGACCAACTNTTATAGNNTGTAAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGTACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGATAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATTGCATTATTCATTGACAAACCACCTACTCTTAGGNTACTNANNTTGATGGCAANNNNGATGGATGCAAGTTGNNTTGGNTACACTTACCNTGACCTTTCTATTAACATG]
consensusID : consensus_3967#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 682 fasta sequence
[TTTCCCTTCTCTAGTTTGTCAGTATCTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGACAAACTTTATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGTACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGATAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACTCTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACTTTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA]
[-] EMBL CD073739 [TTTCCCTTCTCTAGTTTGTCAGTATCTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGACAAACTTTATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGTACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGATAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACTCTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACTTTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_3967#0 CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTT 60
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 GCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTA 120
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 TCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTT 180
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 TTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGT 240
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 GGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGT 300
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 GCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCA 360
consensus_3967#1 ------------------------------------------------------------
consensus_3967#0 TTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTT 420
consensus_3967#1 ------------TTTCCCTTCTCTAGTTT-GTCAGTATCTTT-CGGACAAAGCTGTATTT 46
** ** *********** ************ *****************
consensus_3967#0 TTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATT 480
consensus_3967#1 TTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATT 106
************************************************************
consensus_3967#0 TTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTA 540
consensus_3967#1 TTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTA 166
************************************************************
consensus_3967#0 AAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTG 600
consensus_3967#1 AAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTG 226
************************************************************
consensus_3967#0 ATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTT 660
consensus_3967#1 ATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTT 286
************************************************************
consensus_3967#0 AGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAA 720
consensus_3967#1 AGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAA 346
************************** *********************************
consensus_3967#0 TATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGA 780
consensus_3967#1 TATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGA 406
************ ********************************** ***** ******
consensus_3967#0 CCAACTNTTATAGNNTGT-AAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGT 839
consensus_3967#1 CAAACTTT-ATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGT 465
* **** * *** *** ******** ************* * ******* *******
consensus_3967#0 ACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGA 899
consensus_3967#1 ACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGA 525
**** *** ******************* ** **** *** *************** **
consensus_3967#0 TAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATT-GCATTATT-CATTGACAAACCACCTA-CT 956
consensus_3967#1 TAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACT 585
******* ** ******************* ******** ************* *** **
consensus_3967#0 CTTAGGNT-ACTNANNTTG-ATGGCAANNNNGATGGATGC-AAGTTGNNTTGGNTACACT 1013
consensus_3967#1 CTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACT 645
****** * *** * *** ****** ***** ****** *** * ****
consensus_3967#0 T--ACCNTGAC-CTTTCTATTAACATG---------- 1037
consensus_3967#1 TTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA 682
* ** **** ******** * *
|
| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||