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Schistosoma mansoni
cluster # 3967 cluster # 3967       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_3967#0 length = 1037 sequences # 1  
consensus_3967#1 length = 682 sequences # 1  

consensusID : consensus_3967#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1037
fasta sequence
                              [CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTTGCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTATCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTTTTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGTGGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGTGCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCATTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGACCAACTNTTATAGNNTGTAAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGTACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGATAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATTGCATTATTCATTGACAAACCACCTACTCTTAGGNTACTNANNTTGATGGCAANNNNGATGGATGCAAGTTGNNTTGGNTACACTTACCNTGACCTTTCTATTAACATG]

[+] EMBL CD079467             [CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTTGCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTATCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTTTTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGTGGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGTGCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCATTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGACCAACTNTTATAGNNTGTAAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGTACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGATAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATTGCATTATTCATTGACAAACCACCTACTCTTAGGNTACTNANNTTGATGGCAANNNNGATGGATGCAAGTTGNNTTGGNTACACTTACCNTGACCTTTCTATTAACATG]


>consensus_3967#0 CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTT GCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTA TCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTT TTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGT GGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGT GCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCA TTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTT TTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATT TTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTA AAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTG ATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTT AGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAA TATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGA CCAACTNTTATAGNNTGTAAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGTA CGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGAT AATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATTGCATTATTCATTGACAAACCACCTACTCTTA GGNTACTNANNTTGATGGCAANNNNGATGGATGCAAGTTGNNTTGGNTACACTTACCNTG ACCTTTCTATTAACATG



consensusID : consensus_3967#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 682
fasta sequence
                              [TTTCCCTTCTCTAGTTTGTCAGTATCTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGACAAACTTTATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGTACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGATAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACTCTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACTTTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA]

[-] EMBL CD073739             [TTTCCCTTCTCTAGTTTGTCAGTATCTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGACAAACTTTATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGTACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGATAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACTCTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACTTTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA]


>consensus_3967#1 TTTCCCTTCTCTAGTTTGTCAGTATCTTTCGGACAAAGCTGTATTTTTCTCCTATACCTG TACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATTTTTTACCTATTAGA TTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTAAAATATATTGGTAT ACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTGATATGTTTGCCTAA CTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTTAGTTGTTTTGTATT ATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAATATTTCTTGATTTC TTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGACAAACTTTATAAGT TGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGTACGGTATTGTTATGT CAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGATAATAAGTTAGAGCT TTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACTCTTAGGGTTACTTAT TTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACTTTAACACTGACATTT TCTATTTAACTATGGATTATCA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3967#0      CANAATTTGGCACGAGGCGCATGTTGCTGACGGAGCCCAGGCGCTGATTATGATATTCTT 60
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      GCTGAACCAGTTTATCACCCTAGTAGTTCCAGTGGTGAAAAACAAACAACAACTCATGTA 120
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      TCTCATCAATCCCATGGAATTGATGGTATTTCTATGCCAACTAATAATCCTCGTATATTT 180
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      TTCGCTGGTGAACATACTTGTCGTTGTTATCCAGCTACTGTGCATGGTGCACTTTTAAGT 240
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      GGTCTACGTGAAGCCGCTCGTGTAGCTAATTATTACTTTCCAGGTCAAACACCTGTACGT 300
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      GCGTCAGGATTTAAATTAAATACTTCACAATCGACAAATCTACACTTCTAAATTATTGCA 360
consensus_3967#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3967#0      TTGTTTATTTATTTCCCTTTCTCTAGTTTTGTCAGTATCTTTTCGGACAAAGCTGTATTT 420
consensus_3967#1      ------------TTTCCCTTCTCTAGTTT-GTCAGTATCTTT-CGGACAAAGCTGTATTT 46
                                  ** ** *********** ************ *****************

consensus_3967#0      TTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATT 480
consensus_3967#1      TTCTCCTATACCTGTACTTGTTCAACTGACTGTAGATTAACTATCCCATAAATAATTATT 106
                      ************************************************************

consensus_3967#0      TTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTA 540
consensus_3967#1      TTTTACCTATTAGATTTTATTTATGTGTATTCATCCTTATGGAATATCTTTTTTCCTGTA 166
                      ************************************************************

consensus_3967#0      AAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTG 600
consensus_3967#1      AAATATATTGGTATACTACCTTTGTGTACAATTGTGTCATATATTCCAGTTTATGTGTTG 226
                      ************************************************************

consensus_3967#0      ATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTT 660
consensus_3967#1      ATATGTTTGCCTAACTTCTATTCGTTTTGTGCATTGTGTATGTTTGTATGGATCGAGTTT 286
                      ************************************************************

consensus_3967#0      AGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTNTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAA 720
consensus_3967#1      AGTTGTTTTGTATTATACGTGAAGTTTTGTCGGTTACTATCATTATTATTACCTTCTGAA 346
                      ************************** *********************************

consensus_3967#0      TATTTCTTGATTNCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTNTCATTNCGTAGA 780
consensus_3967#1      TATTTCTTGATTTCTTTTATTATGAATAATGCATTCATTACCCTGTTTTCATTTCGTAGA 406
                      ************ ********************************** ***** ******

consensus_3967#0      CCAACTNTTATAGNNTGT-AAATACGANTAATGACAAATGCTNGNTATTCAGNTTTGTGT 839
consensus_3967#1      CAAACTTT-ATAAGTTGTGAAATACGATAAATGACAAATGCTTGTTATTCAGTTTTGTGT 465
                      * **** * ***   *** ********  ************* * ******* *******

consensus_3967#0      ACGGNATTNGTATGTCAAACTTACCACTGNTTNGTAANCAGNTACATACAGCCATGTNGA 899
consensus_3967#1      ACGGTATTGTTATGTCAAACTTACCACTGGTTTGTAAACAGTTACATACAGCCATGTTGA 525
                      **** ***  ******************* ** **** *** *************** **

consensus_3967#0      TAATAAGNTANAGCTTTGCATTGAAATATT-GCATTATT-CATTGACAAACCACCTA-CT 956
consensus_3967#1      TAATAAGTTAGAGCTTTGCATTGAAATATTTGCATTATTTCATTGACAAACCAACTAACT 585
                      ******* ** ******************* ******** ************* *** **

consensus_3967#0      CTTAGGNT-ACTNANNTTG-ATGGCAANNNNGATGGATGC-AAGTTGNNTTGGNTACACT 1013
consensus_3967#1      CTTAGGGTTACTTATTTTGTATGGCATAGTGATGTGATGCGAAGTTGTTTTGTGTTCACT 645
                      ****** * *** *  *** ******         ***** ******  ***  * ****

consensus_3967#0      T--ACCNTGAC-CTTTCTATTAACATG---------- 1037
consensus_3967#1      TTAACACTGACATTTTCTATTTAACTATGGATTATCA 682
                      *  **  ****  ******** *  *           




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)