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Schistosoma mansoni
cluster # 4114 cluster # 4114       Sequences # 3       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4114#0 length = 1008 sequences # 2  
consensus_4114#1 length = 775 sequences # 1  

consensusID : consensus_4114#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1008
fasta sequence
                              [GACAAATTATTAAAAAAAGTTTACAACCGTGGTCGTACTTTTCCTACTGACGTCCTAGCGTACATTGTGTTGTCGGTTGTTGAGGCTCTTGAGTATCTACATCAACTTGAAGTTATACATCGTGATGTAAAACCTTCAAACATGCTTGCAGATTGTCATGGCCGAGTTAAGGTTTGTGATTTTGGAATATCAGCCGATTTAGAAAATTCAATTGCGTTAACCAACATAGGGACAAGAGCTTATTTAGCTCCAGAGCGAATTAATACGCGAGAGAATGAAGGATTTTGTATTCGTTCAGATGTATGGTCACTTGGTCTAAGTGTACTCGAATTAGCAACTGGAAAACCTTGCTATCCTCAATCGCAAAATGTATTTCAGCAATTGGTCCAGGTTGTTCATGAACCATCACCACAATTGCCAGAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATTGATTCATGTCTTATGAAGAACAAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGACGCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAAAAATGTTAATGATTCATTATAANTATCCGTTGTTATTACTGANTATGATGATGTATTAACTTACTTANAAAGTAAGTACATGTATAAATNNTCTCAATCACATCATAAACATCANGTTATATGTAATANGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCTATATGTGATACATTTCCGTTTTTTTTAATTTCCCAATTNNGAAGAGATTTTCTTACTCCCTAATTNGGCTATCAANGATGAATACAAACCTATCTTTTGGACAAGCCTTGTTGGTTATTGCTTTATCTTGGCACCATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAACCCAATAGGNAAAAATTCCGGGAACGGGCTCGTAACATTAAAATCGGGGGATT]

[+] EMBL CD080026             [GACAAATTATTAAAAAAAGTTTACAACCGTGGTCGTACTTTTCCTACTGACGTCCTAGCGTACATTGTGTTGTCGGTTGTTGAGGCTCTTGAGTATCTACATCAACTTGAAGTTATACATCGTGATGTAAAACCTTCAAACATGCTTGCAGATTGTCATGGCCGAGTTAAGGTTTGTGATTTTGGAATATCAGCCGATTTAGAAAATTCAATTGCGTTAACCAACATAGGGACAAGAGCTTATTTAGCTCCAGAGCGAATTAATACGCGAGAGAATGAAGGATTTTGTATTCGTTCAGATGTATGGTCACTTGGTCTAAGTGTACTCGAATTAGCAACTGGAAAACCTTGCTATCCTCAATCGCAAAATGTATTTCAGCAATTGGTCCAGGTTGTTCATGAACCATCACCACAATTGCCAGAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATTGATTCATGTCTTATGAAGAACAAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGACGCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAAAAATGTTAATGATTCATTATAANTATCCGTTGTTATTACTGANTATGATGATGTATTAACTTACTTANAAAGTAAGTACATGTATAAATNNTCTCAATCACATCATAAACATCANGTTATATGTAATANGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCTATATGTGATACATTTCCGTTTTTTTTAATTTCCCAATTNNGAAGAGATTTTCTTACTCCCTAATTNGGCTATCAANGATGAATACAAACCTATCTTTTGGACAAGCCTTGTTGGTTATTGCTTTATCTTGGCACCATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAACCCAATAGGNAAAAATTCCGGGAACGGGCTCGTAACATTAAAATCGGGGGATT]
[-] EMBL CD165084             [                                                                                                             AAGTTATACATCGTGATGTAAAACCTTCAAACATGCTTGCAGATTGTCATGGCCGAGTTAAGGTTTGTGATTTTGGAATATCAGCCGATTTAGAAAATTCAATTGCGTTAACCAACATAGGGACAAGAGCTTATTTAGCTCCAGAGCGAATTAATACGCGAGAGAATGAAGGATTTTGTATTCGTTCAGAAGTATGGTCACTTGGTCTAAGTGTGCTCGAAATAGCAACTGGAAAACCTTGCTATCCTCAATCGCAAAATGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_4114#0 GACAAATTATTAAAAAAAGTTTACAACCGTGGTCGTACTTTTCCTACTGACGTCCTAGCG TACATTGTGTTGTCGGTTGTTGAGGCTCTTGAGTATCTACATCAACTTGAAGTTATACAT CGTGATGTAAAACCTTCAAACATGCTTGCAGATTGTCATGGCCGAGTTAAGGTTTGTGAT TTTGGAATATCAGCCGATTTAGAAAATTCAATTGCGTTAACCAACATAGGGACAAGAGCT TATTTAGCTCCAGAGCGAATTAATACGCGAGAGAATGAAGGATTTTGTATTCGTTCAGAT GTATGGTCACTTGGTCTAAGTGTACTCGAATTAGCAACTGGAAAACCTTGCTATCCTCAA TCGCAAAATGTATTTCAGCAATTGGTCCAGGTTGTTCATGAACCATCACCACAATTGCCA GAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATTGATTCATGTCTTATGAAGAAC AAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGAC GCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAA AAATGTTAATGATTCATTATAANTATCCGTTGTTATTACTGANTATGATGATGTATTAAC TTACTTANAAAGTAAGTACATGTATAAATNNTCTCAATCACATCATAAACATCANGTTAT ATGTAATANGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCT ATATGTGATACATTTCCGTTTTTTTTAATTTCCCAATTNNGAAGAGATTTTCTTACTCCC TAATTNGGCTATCAANGATGAATACAAACCTATCTTTTGGACAAGCCTTGTTGGTTATTG CTTTATCTTGGCACCATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAAACCCAA TAGGNAAAAATTCCGGGAACGGGCTCGTAACATTAAAATCGGGGGATT



consensusID : consensus_4114#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 775
fasta sequence
                              [GCCAGAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATGNATTCATGTCTTATGAAGAACAAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGACGCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAAAAATGTTAATGATTCATTATAATATCCGTTGTTATTACTGATAATGATGATGTATTAACTTACTTAAAAAGTAAGTACATGTATAAATTTTCTCAATCACATCATAAACATCAGGTTATATGTAATAGGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCTATATGTGATACATTCCGTTTTTTTAATTTCCAAATTTGAAGAGATTTTCTTACTCCTTATTTGTCTATCAGTGATGATTACAAACTAATCTTTTGGACAGCCTTGTTGTTATTGCTTTTATCTTGCCAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTCTCATATATGTATATAATTTCTGTCACTGTTCTCGTTTAACATTAAAATATCAGTGGTAATTTCATCTACCATGTAGTTTTGTCGTTTTATGTTGCTTTTAATTTTGTCTTCCCAATCTTGACTGTTCCTATAAATAATTGGTTTGACCACTACTAGTCAGTAATGATAAACAGATGAAGAAGACATTTTTAATATAGCCATTTTCATTTTCGCGGGATTTTAATAAATTTATTTT]

[-] EMBL CD074994             [GCCAGAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATGNATTCATGTCTTATGAAGAACAAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGACGCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAAAAATGTTAATGATTCATTATAATATCCGTTGTTATTACTGATAATGATGATGTATTAACTTACTTAAAAAGTAAGTACATGTATAAATTTTCTCAATCACATCATAAACATCAGGTTATATGTAATAGGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCTATATGTGATACATTCCGTTTTTTTAATTTCCAAATTTGAAGAGATTTTCTTACTCCTTATTTGTCTATCAGTGATGATTACAAACTAATCTTTTGGACAGCCTTGTTGTTATTGCTTTTATCTTGCCAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTCTCATATATGTATATAATTTCTGTCACTGTTCTCGTTTAACATTAAAATATCAGTGGTAATTTCATCTACCATGTAGTTTTGTCGTTTTATGTTGCTTTTAATTTTGTCTTCCCAATCTTGACTGTTCCTATAAATAATTGGTTTGACCACTACTAGTCAGTAATGATAAACAGATGAAGAAGACATTTTTAATATAGCCATTTTCATTTTCGCGGGATTTTAATAAATTTATTTT]


>consensus_4114#1 GCCAGAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATGNATTCATGTCTTATGAA GAACAAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGT TGACGCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAA TGAAAAATGTTAATGATTCATTATAATATCCGTTGTTATTACTGATAATGATGATGTATT AACTTACTTAAAAAGTAAGTACATGTATAAATTTTCTCAATCACATCATAAACATCAGGT TATATGTAATAGGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAA CCTATATGTGATACATTCCGTTTTTTTAATTTCCAAATTTGAAGAGATTTTCTTACTCCT TATTTGTCTATCAGTGATGATTACAAACTAATCTTTTGGACAGCCTTGTTGTTATTGCTT TTATCTTGCCAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTC TCATATATGTATATAATTTCTGTCACTGTTCTCGTTTAACATTAAAATATCAGTGGTAAT TTCATCTACCATGTAGTTTTGTCGTTTTATGTTGCTTTTAATTTTGTCTTCCCAATCTTG ACTGTTCCTATAAATAATTGGTTTGACCACTACTAGTCAGTAATGATAAACAGATGAAGA AGACATTTTTAATATAGCCATTTTCATTTTCGCGGGATTTTAATAAATTTATTTT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4114#0      GACAAATTATTAAAAAAAGTTTACAACCGTGGTCGTACTTTTCCTACTGACGTCCTAGCG 60
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      TACATTGTGTTGTCGGTTGTTGAGGCTCTTGAGTATCTACATCAACTTGAAGTTATACAT 120
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      CGTGATGTAAAACCTTCAAACATGCTTGCAGATTGTCATGGCCGAGTTAAGGTTTGTGAT 180
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      TTTGGAATATCAGCCGATTTAGAAAATTCAATTGCGTTAACCAACATAGGGACAAGAGCT 240
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      TATTTAGCTCCAGAGCGAATTAATACGCGAGAGAATGAAGGATTTTGTATTCGTTCAGAT 300
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      GTATGGTCACTTGGTCTAAGTGTACTCGAATTAGCAACTGGAAAACCTTGCTATCCTCAA 360
consensus_4114#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4114#0      TCGCAAAATGTATTTCAGCAATTGGTCCAGGTTGTTCATGAACCATCACCACAATTGCCA 420
consensus_4114#1      --------------------------------------------------------GCCA 4
                                                                              ****

consensus_4114#0      GAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATTGATTCATGTCTTATGAAGAAC 480
consensus_4114#1      GAATCAAGTTGTTATCCGAATTCACTACGTAAATTCATGNATTCATGTCTTATGAAGAAC 64
                      **************************************  ********************

consensus_4114#0      AAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGAC 540
consensus_4114#1      AAGGATGATAGACCGAATTATGTTCAACTATTGGAGTCAGAATTCTTATCAACTGTTGAC 124
                      ************************************************************

consensus_4114#0      GCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAA 600
consensus_4114#1      GCTAAAAGTGGTCAAGAATCATTTAGAATATTTTTAGCAGATTATCTTGATGATAATGAA 184
                      ************************************************************

consensus_4114#0      AAATGTTAATGATTCATTATAANTATCCGTTGTTATTACTGANTATGATGATGTATTAAC 660
consensus_4114#1      AAATGTTAATGATTCATTATAAT-ATCCGTTGTTATTACTGATAATGATGATGTATTAAC 243
                      **********************  ******************  ****************

consensus_4114#0      TTACTTANAAAGTAAGTACATGTATAAATNNTCTCAATCACATCATAAACATCANGTTAT 720
consensus_4114#1      TTACTTAAAAAGTAAGTACATGTATAAATTTTCTCAATCACATCATAAACATCAGGTTAT 303
                      ******* *********************  *********************** *****

consensus_4114#0      ATGTAATANGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCT 780
consensus_4114#1      ATGTAATAGGAATTACTTTTTCTCTGCCTGCTTTCATTAACAAAAATTGTTTACCAACCT 363
                      ******** ***************************************************

consensus_4114#0      ATATGTGATACATTTCCGTTTTTTTTAATTTCCCAATTNNGAAGAGATTTTCTTACTCCC 840
consensus_4114#1      ATATGTGATACATTCCG--TTTTTTTAATTTCCAAATTTG-AAGAGATTTTCTTACTCCT 420
                      ************** *   ************** ****   ****************** 

consensus_4114#0      TAATTNGGCTATCAANGATGAATACAAACCTATCTTTTGGACAAGCCTTGTTGGTTATTG 900
consensus_4114#1      TA-TTTGTCTATCAGTGATGATTACAAACTAATCTTTTGGACA-GCCTTGTTG-TTATTG 477
                      ** ** * ******  ***** *******  ************ ********* ******

consensus_4114#0      CTTT-ATCTTGGCACCATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TAAAA 954
consensus_4114#1      CTTTTATCTTGCCAGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAA 537
                      **** ****** ** ******                                  ** **

consensus_4114#0      ACCCAATAGGN----AAAAATTCCGGGAACGGGCTCGT--AACATTAAAATCGGGGGATT 1008
consensus_4114#1      TTCTCATATATGTATATAATTTCTGTCACTGTTCTCGTTTAACATTAAAATATCAGTGGT 597
                        *  ***       * ** *** *  *  *  *****  ***********    *   *

consensus_4114#0      ------------------------------------------------------------
consensus_4114#1      AATTTCATCTACCATGTAGTTTTGTCGTTTTATGTTGCTTTTAATTTTGTCTTCCCAATC 657
                                                                                  

consensus_4114#0      ------------------------------------------------------------
consensus_4114#1      TTGACTGTTCCTATAAATAATTGGTTTGACCACTACTAGTCAGTAATGATAAACAGATGA 717
                                                                                  

consensus_4114#0      ----------------------------------------------------------
consensus_4114#1      AGAAGACATTTTTAATATAGCCATTTTCATTTTCGCGGGATTTTAATAAATTTATTTT 775
                                                                                




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)