cluster # 4290

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Schistosoma mansoni
cluster # 4290 cluster # 4290 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4290#0 length = 449 sequences # 2

consensus_4290#1 length = 344 sequences # 1

consensusID : consensus_4290#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 449
fasta sequence

                              [TGGAAGGTGTTTTGTTTTACTTCAGAAGGATGTCTACAATCATCAAAATGTTGCTTCCTCAGGTAACACAGTCTGTAGTTCGATAAAACCTTGTTGCGTAATTTTATGGATTCATCAACATCACAACAGTTTTCACTGATACATTTTCCATTCTATACAGTTGACCAGTACCTAATTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTATACACTGCTTTCACATGGCCACGCGTATATAGCCTCTACCAGAAGAGTTC]

[+] EMBL CD178438             [TGGAAGGTGTTTTGTTTTACTTCAGAAGGATGTCTACAATCATCAAAATGTTGCTTCCTCAGGTAACACAGTCTGTAGTTCGATAAAACCTTGTTGCGTAATTTTATGGATTCATCAACATCACAACAGTTTTCACTGATACATTTTCCATTCTATACAGTTGACCAGTACCTAATTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTATACACTGCTTTCACATGGCCACGCGTATATAGCCTCTACCAGAAGAGTT ]
[-] EMBL CD178406             [                  tCTTCAGAAGGATGTCTACAATCATCAAAATGTTGCTTCCTCAGGTAACACAGTCTGTAGTTCGATAAAACCTTGTTGCGTAATTTTATGGATTCATCAACATCACAACAGTTTTCACTGATACATTTTCCATTCTATACAGTTGACCAGTACCTAATTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTATACACTGCTTTCACATGGCCACGCGTATATAGCCTCTACCAGAAGAGTTC]




>consensus_4290#0
TGGAAGGTGTTTTGTTTTACTTCAGAAGGATGTCTACAATCATCAAAATGTTGCTTCCTC
AGGTAACACAGTCTGTAGTTCGATAAAACCTTGTTGCGTAATTTTATGGATTCATCAACA
TCACAACAGTTTTCACTGATACATTTTCCATTCTATACAGTTGACCAGTACCTAATTACT
AGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATA
AAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTA
AACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATA
ACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTATACACTGCTTTCACATGGCCA
CGCGTATATAGCCTCTACCAGAAGAGTTC

consensusID : consensus_4290#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 344
fasta sequence

                              [GGGGTGGGATTGAGCTGTACTGCTTGAGGTTAAGCCAGAGGGTGGTGTCCGGCTCTCCTGTTAAACGAAATTGAGCTGTACTAATACATTTTACATTCTATACAGTTGACCAGTATCTAATTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTA]

[+] EMBL CD126938             [GGGGTGGGATTGAGCTGTACTGCTTGAGGTTAAGCCAGAGGGTGGTGTCCGGCTCTCCTGTTAAACGAAATTGAGCTGTACTAATACATTTTACATTCTATACAGTTGACCAGTATCTAATTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTA]




>consensus_4290#1
GGGGTGGGATTGAGCTGTACTGCTTGAGGTTAAGCCAGAGGGTGGTGTCCGGCTCTCCTG
TTAAACGAAATTGAGCTGTACTAATACATTTTACATTCTATACAGTTGACCAGTATCTAA
TTACTAGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACA
TTATAAAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAA
GAGTAAACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATC
GAATAACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4290#0      TGGAAGGTGTTTTGTTTTACTTCAGAAGGATGTCTACAATCATCAAAATGTTGCTTCCTC 60
consensus_4290#1      -------------------------------------------------GGGGTGGGATT 11
                                                                       *  *     * 

consensus_4290#0      AGGTAACACAGTCTGTAGTTCGATAAAACCTTGTTGCGTAATTTTATGGATTCATCAACA 120
consensus_4290#1      GAGCTGTACTGCTTGAGGTTAAGCCAGAGGGTGGTGTCCGGCTCTCCTG-TTAAACGAAA 70
                        *    ** *  **  ***     * *   ** **      * *   * ** * * * *

consensus_4290#0      TCACAACAGTTTTCACTGATACATTTTCCATTCTATACAGTTGACCAGTACCTAATTACT 180
consensus_4290#1      TTG-AGCTGT----ACTAATACATTTTACATTCTATACAGTTGACCAGTATCTAATTACT 125
                      *   * * **    *** ********* ********************** *********

consensus_4290#0      AGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATA 240
consensus_4290#1      AGAGGGAAACGTATCTATGTATGTAATAGTTTGCTCATGGACAGTATGGTTCACATTATA 185
                      ************************************************************

consensus_4290#0      AAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTA 300
consensus_4290#1      AAGTGTTCGATAACACAATGGTTTTTGAAGCGAAATGTACTGGGTTCGAGTACAAGAGTA 245
                      ************************************************************

consensus_4290#0      AACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATA 360
consensus_4290#1      AACATCCACTTTAAGATGCAGATACATCCAGTTGGCGAATCACCTTGAAATGATCGAATA 305
                      ************************************************************

consensus_4290#0      ACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTATACACTGCTTTCACATGGCCA 420
consensus_4290#1      ACTTTAACTATTTATTGTTACAGTGGTCTTCGTTGATTA--------------------- 344
                      ***************************************                     

consensus_4290#0      CGCGTATATAGCCTCTACCAGAAGAGTTC 449
consensus_4290#1      -----------------------------