cluster # 4301

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Schistosoma mansoni
cluster # 4301 cluster # 4301 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4301#0 length = 371 sequences # 1

consensus_4301#1 length = 325 sequences # 2

consensusID : consensus_4301#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 371
fasta sequence

                              [TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAACTAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAACAAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAATTAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTA]

[+] EMBL CD066756             [TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAACTAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAACAAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAATTAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTA]




>consensus_4301#0
TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAAC
TAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAAC
AAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAAT
TAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCA
TGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCAT
CACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTAT
TATAATTATTA

consensusID : consensus_4301#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 325
fasta sequence

                              [TTGCCGCTATCATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCAACACTACCTCCACTAAATG]

[+] EMBL CD066831             [TTGCCGCTATCATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCA                   ]
[-] EMBL CD112605             [          CATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGACAGTAGTGAAGTAACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAATCAACACTACCTCCACTAAATG]




>consensus_4301#1
TTGCCGCTATCATAATTGCATGAACTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTT
TTCATGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTA
GCATCACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACA
TTATTATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTA
ACAACAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGT
GAATCAACACTACCTCCACTAAATG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4301#0      TATAGTATTTATAGGAATTCTGTCAATATGATAAATGGTCAATATATTTTAATGATAAAC 60
consensus_4301#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4301#0      TAAATTCCATATCTCTTTTCAGTTCAAATTATTAAAATAAAAAAAATGATTCAAACCAAC 120
consensus_4301#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4301#0      AAGTTGCAATATAAATAAAAATGATAGTAATATTTAATGAAATTTTTTTAAACTAAAAAT 180
consensus_4301#1      -----------------------------------------------------TTGCCGC 7
                                                                           *      

consensus_4301#0      TAACACCCAACAATAAATACCTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCA 240
consensus_4301#1      TATCATAATTGCATGAA---CTGTTCTCCAAGAGATTACATTCTACAGGTGTATTTTTCA 64
                      ** **       ** **   ****************************************

consensus_4301#0      TGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCAT 300
consensus_4301#1      TGATAACACTTCTAGTTGTATAAATTGTAATTGGTTCATTTAATAGTGACGATTTAGCAT 124
                      ************************************************************

consensus_4301#0      CACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTAT 360
consensus_4301#1      CACATGGTTCGTTGTAAATTCCAGTAGGATTTATGTTATTCAAAGTATTATTAACATTAT 184
                      ************************************************************

consensus_4301#0      TATAATTATTA------------------------------------------------- 371
consensus_4301#1      TATAATTATTATTTAGTGATTTATTACATGGATCGAAGTTAGTCAGTAGTGAAGTAACAA 244
                      ***********                                                 

consensus_4301#0      ------------------------------------------------------------
consensus_4301#1      CAACACTGTCAGATATTTCATGATATTGTTGATTATGGTGCTGATGTTGACGATGTGAAT 304
                                                                                  

consensus_4301#0      ---------------------
consensus_4301#1      CAACACTACCTCCACTAAATG 325