cluster # 4370

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Schistosoma mansoni
cluster # 4370 cluster # 4370 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4370#0 length = 981 sequences # 2

consensus_4370#1 length = 334 sequences # 1

consensusID : consensus_4370#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 981
fasta sequence

                              [CAGCCANAATTCTGCACGAGGGATCGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTGTTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCAATATATTTTCCCAATTATGTCTATGTAGAAACGTTTTTGTATCATGGCTTTCGTGTTATGGCTAACAATACTATTAAGTTGTTCTAGGTGTTTGGAAACTATTAAATTGGGTTTCAGATCTAACCTATTACTTTACTTTGAGTTTGGAAAAATGCAGTCCACTTATCACGTATGTTATCTATCATTTTAGCATGTTTCTAAGCTTTTATCTAGTGGACATCGAGAAGACAAACTACCTTTATACTCGGAACCGCACATTCCCGAAGTTGCATATCACAGCTATAATTCTTTTGTACAGTTTCCTCCGATAGTTAAAAGTCGTATACTCAGGTGTTTTCGTTGTTGCTTAACTGTACATGCTAGATGTTATGGTGTACAAGATGAAATTGGATTTAAATATGAGTCTTCATCAGAACAAAAATATAATCTGAACTTGAAAAATTCTTGGTATTGTGATGCGTGTATGGCGAGTCCAAAACCCACATGCGTATTTTGTTATATGCGCGGAGGAGCAATTAAAGCATTAGCCAACATCAATAATACATTTACTGGACGACCTTACTGGGCACATTTAGTTTGTGCACTAATTACTCCAGGTTGCTATTTTAAAGATGTACCTAAACGATTGGCATTTATTTCTGAAGATACGATCAAGTCAGCTGTATCTTTAGCCATATTATATTCAAGCGAAAGTAATGAACGTGTGATTAATGAAATGCAAAATATCAGTTCCCCAAATCACGTATCTGAGGATATTCCTTTCAAATCTTCATGTCATTTACAAAGGAATTTGAAACTAATGCGCAAGAA]

[+] EMBL CD080797             [CAGCCANAATTCTGCACGAGGGATCGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTGTTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCAATATATTTTCCCAATTATGTCTATGTAGAAACGTTTTTGTATCATGGCTTTCGTGTTATGGCTAACAATACTATTAAGTTGTTCTAGGTGTTTGGAAACTATTAAATTGGGTTTCAGATCTAACCTATTACTTTACTTTGAGTTTGGAAAAATGCAGTCCACTTATCACGTATGTTATCTATCATTTTAGCATGTTTCTAAGCTTTTATCTAGTGGACATCGAGAAGACAAACTACCTTTATACTCGGAACCGCACATTCCCGAAGTTGCATATCACAGCTATAATTCTTTTGTACAGTTTCCTCCGATAGTTAAAAGTCGTATACTCAGGTGTTTTCGTTGTTGCTTAACTGTACATGCTAGATGTTATGGTGTACAAGATGAAATTGGATTTAAATATGAGTCTTCATCAGAACAAAAATATAATCTGAACTTGAAAAATTCTTGGTATTGTGATGCGTGTATGGCGAGTCCAAAACCCACATGCGTATTTTGTTATATGCGCGGAGGAGCAATTAAAGCATTAGCCAACATCAATAATACATTTACTGGACGACCTTACTGGGCACATTTAGTTTGTGCACTA                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL BG931710             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CGCGGAGGAGCAATTAAAGCATTAGCCAACATCAATAATACATTTACTGGACGACCTTACTGGGCACATTTAGTTTGTGCACTAATTACTCCAGGTTGCTATTTTAAAGATGTACCTAAACGATTGGCATTTATTTCTGAAGATACGATCAAGTCAGCTGTATCTTTAGCCATATTATATTCAAGCGAAAGTAATGAACGTGTGATTAATGAAATGCAAAATATCAGTTCCCCAAATCACGTATCTGAGGATATTCCTTTCAAATCTTCATGTCATTTACAAAGGAATTTGAAACTAATGCGCAAGAA]




>consensus_4370#0
CAGCCANAATTCTGCACGAGGGATCGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTG
TTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGC
ACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCAATATATTTT
CCCAATTATGTCTATGTAGAAACGTTTTTGTATCATGGCTTTCGTGTTATGGCTAACAAT
ACTATTAAGTTGTTCTAGGTGTTTGGAAACTATTAAATTGGGTTTCAGATCTAACCTATT
ACTTTACTTTGAGTTTGGAAAAATGCAGTCCACTTATCACGTATGTTATCTATCATTTTA
GCATGTTTCTAAGCTTTTATCTAGTGGACATCGAGAAGACAAACTACCTTTATACTCGGA
ACCGCACATTCCCGAAGTTGCATATCACAGCTATAATTCTTTTGTACAGTTTCCTCCGAT
AGTTAAAAGTCGTATACTCAGGTGTTTTCGTTGTTGCTTAACTGTACATGCTAGATGTTA
TGGTGTACAAGATGAAATTGGATTTAAATATGAGTCTTCATCAGAACAAAAATATAATCT
GAACTTGAAAAATTCTTGGTATTGTGATGCGTGTATGGCGAGTCCAAAACCCACATGCGT
ATTTTGTTATATGCGCGGAGGAGCAATTAAAGCATTAGCCAACATCAATAATACATTTAC
TGGACGACCTTACTGGGCACATTTAGTTTGTGCACTAATTACTCCAGGTTGCTATTTTAA
AGATGTACCTAAACGATTGGCATTTATTTCTGAAGATACGATCAAGTCAGCTGTATCTTT
AGCCATATTATATTCAAGCGAAAGTAATGAACGTGTGATTAATGAAATGCAAAATATCAG
TTCCCCAAATCACGTATCTGAGGATATTCCTTTCAAATCTTCATGTCATTTACAAAGGAA
TTTGAAACTAATGCGCAAGAA

consensusID : consensus_4370#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 334
fasta sequence

                              [TATTCCAAGCCAGCCCTTTGGGGGATGCACATGCAAAAAAGAAACTGATCAAAATTCGCTCACTAACATCAATAACAGGAGGATAATTTTGTTCTTAACTCTAAATAGCCGGTTTTTTGTTTATTATTAACGTAAAATACTTGAGGCCTTATCTAACTATTGACGTGTATCAACATTTTGTATTGATAGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTGTTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCA]

[-] EMBL CD186001             [TATTCCAAGCCAGCCCTTTGGGGGATGCACATGCAAAAAAGAAACTGATCAAAATTCGCTCACTAACATCAATAACAGGAGGATAATTTTGTTCTTAACTCTAAATAGCCGGTTTTTTGTTTATTATTAACGTAAAATACTTGAGGCCTTATCTAACTATTGACGTGTATCAACATTTTGTATTGATAGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTGTTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCA]




>consensus_4370#1
TATTCCAAGCCAGCCCTTTGGGGGATGCACATGCAAAAAAGAAACTGATCAAAATTCGCT
CACTAACATCAATAACAGGAGGATAATTTTGTTCTTAACTCTAAATAGCCGGTTTTTTGT
TTATTATTAACGTAAAATACTTGAGGCCTTATCTAACTATTGACGTGTATCAACATTTTG
TATTGATAGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTGTTAAGTTAATTCAAGAT
AACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGTAATAA
TCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4370#0      CAGCCANAATTCTGCACGAGGGATCGTTCCTAGTGTGTCTACTTTGACAGAGTAAATCTG 60
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      TTAAGTTAATTCAAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGC 120
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      ACTCACTTAGGTAATAATCTGGTCCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCAATAT--ATT 178
consensus_4370#1      ---------------------------------------------TATTCCAAGCCAGCC 15
                                                                   ***** *        

consensus_4370#0      TTCCCAATTATGTCTATGTAGAAACGTTTTTGTATCATGGCTTTCGTGTTATGGCTAACA 238
consensus_4370#1      CTTTGGGGGATGCACATGCAAAAAAGAAACTG-ATCAAAATTCGCTCACTAA---CATCA 71
                       *       ***   *** * *** *    ** ****    *  *    **     * **

consensus_4370#0      ATACTATTAAGTTGTTCTAGGTGTTTGGAAACTATTAAATTGGGTTTCAGATCTAACCTA 298
consensus_4370#1      ATAACAGGAGGATAATTTTGTTCTT--AACTCTAAATAGCCGGTTTTTTGTT------TA 123
                      ***  *  * * *  * * * * **   *  ***   *   ** ***  * *      **

consensus_4370#0      TTACTTTACTTTGAGTTTGGAAAAATGCAGTCCACTTATCACGTATGTTATC-TATCATT 357
consensus_4370#1      TTA-TTAACGTAAAATACTTGAGGCCTTATCTAACTATTGACGTGTATCAACATTTTGTA 182
                      *** ** ** *  * *     *      *    ***  * **** * * * * * *  * 

consensus_4370#0      TTAGCATGTTTCTAAGCTTTTATCTAGTGGACATCGAGAAGACAAACTACCTTTATACTC 417
consensus_4370#1      TTGATA-GTTCCTAGTGTGTCTACT--TTGACA--GAGTAAATCTGTTAAGTTAAT--TC 235
                      **   * *** ***   * *   **  * ****  *** * *     **  ** **  **

consensus_4370#0      GGAACCGCACATTCCCGAAGTTGCATATCACAGCTATAATTCTTTTGTACAGTTTCCTCC 477
consensus_4370#1      AAGATAACAATCTCTAATATTCTAGTGATTCGACTATACTTTTTGAGCACTCACTTAGGT 295
                         *   **   **    * *    *    *  ***** ** **  * **    *     

consensus_4370#0      GATAGTTAAAAGTCGTATACTCAGGTGTTTTCGTTGTTGCTTAACTGTACATGCTAGATG 537
consensus_4370#1      AATAATCTGGT-CCACTAACCCGTGTGTCTCAGCTATTCA-------------------- 334
                       *** *       *    ** *  **** *  * * **                      

consensus_4370#0      TTATGGTGTACAAGATGAAATTGGATTTAAATATGAGTCTTCATCAGAACAAAAATATAA 597
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      TCTGAACTTGAAAAATTCTTGGTATTGTGATGCGTGTATGGCGAGTCCAAAACCCACATG 657
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      CGTATTTTGTTATATGCGCGGAGGAGCAATTAAAGCATTAGCCAACATCAATAATACATT 717
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      TACTGGACGACCTTACTGGGCACATTTAGTTTGTGCACTAATTACTCCAGGTTGCTATTT 777
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      TAAAGATGTACCTAAACGATTGGCATTTATTTCTGAAGATACGATCAAGTCAGCTGTATC 837
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      TTTAGCCATATTATATTCAAGCGAAAGTAATGAACGTGTGATTAATGAAATGCAAAATAT 897
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      CAGTTCCCCAAATCACGTATCTGAGGATATTCCTTTCAAATCTTCATGTCATTTACAAAG 957
consensus_4370#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4370#0      GAATTTGAAACTAATGCGCAAGAA 981
consensus_4370#1      ------------------------