cluster # 4469

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Schistosoma mansoni
cluster # 4469 cluster # 4469 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4469#0 length = 725 sequences # 2

consensus_4469#1 length = 651 sequences # 1

consensusID : consensus_4469#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 725
fasta sequence

                              [CGAGCCAANATTCGGCACGAGGGTGGCTGGGGAGTATATTGATGTGCAATTCGCAACATTCTTGGGAATTTCGACAATGGCTGCTGCCGGTCTAGGGAATCTTGTTTCTGATCTTTTTGGCATAGGGCTTGTCGGCTACGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCCATTGTCTGCATCCCAACTAGCCAGCAGTTCAGTTCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGATCGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTGAAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTCTTTACCCCTACAATAGCAATGTTTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGATCTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTTCTTATTGACCAGCTATTTAAAACAGCATCACAGCTCTGCAGAACAATTTTTCGTCTCAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATAAGCCACATGTTATAAATGCCTTTTG-AACACTCAAGCGCC-ATCTCACTACACCGTATG]

[+] EMBL CD080222             [CGAGCCAANATTCGGCACGAGGGTGGCTGGGGAGTATATTGATGTGCAATTCGCAACATTCTTGGGAATTTCGACAATGGCTGCTGCCGGTCTAGGGAATCTTGTTTCTGATCTTTTTGGCATAGGGCTTGTCGGCTACGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCCATTGTCTGCATCCCAACTAGCCAGCAGTTCAGTTCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGATCGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTGAAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTCTTTACCCCTACAATAGCAATGTTTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGATCTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTTCTTATTGACCAGCTATTTAAAACAGCATCACAGCTCTGCAGAACAATTTTTCGTCTCAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATAAGCCACATGTTATAAATGCCTTTTG AACACTCAAGCGCC ATCTCACTACACCGTATG]
[+] EMBL SMAA69207            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATAAGCCACATGTTATAAATGCCTTTTGAAACACTCAAGCGCCAATCT              ]




>consensus_4469#0
CGAGCCAANATTCGGCACGAGGGTGGCTGGGGAGTATATTGATGTGCAATTCGCAACATT
CTTGGGAATTTCGACAATGGCTGCTGCCGGTCTAGGGAATCTTGTTTCTGATCTTTTTGG
CATAGGGCTTGTCGGCTACGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCC
ATTGTCTGCATCCCAACTAGCCAGCAGTTCAGTTCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGAT
CGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTG
AAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTCTTTACCCCTACAAT
AGCAATGTTTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGAT
CTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTT
CTTATTGACCAGCTATTTAAAACAGCATCACAGCTCTGCAGAACAATTTTTCGTCTCAAG
ATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGAT
TTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGT
TTAAAATAAGCCACATGTTATAAATGCCTTTTGAACACTCAAGCGCCATCTCACTACACC
GTATG

consensusID : consensus_4469#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 651
fasta sequence

                              [CGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCCATTGTCTGCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGATCGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTGAAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGATCTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTTCTTATTGACCAGCTATTTAATTTTCGTCTCAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATACTCAAGCGCCAATCTCAACTACACCGTATGGTAAATGTGGTTTTCTAAATATATTANGATTACATAATGAACGTCCTAATAATCCTACATTTTTAGTTCATAATTTATTATTTTTAATTTCTATGTGAAATACCTAGTTNTGTCAAACATGTATTTTTATTAAACTCCAGCACTAAGAAATGTGTCGTTTAGTNNNNNNN]

[+] EMBL CD080967             [CGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCCATTGTCTGCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGATCGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTGAAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGATCTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTTCTTATTGACCAGCTATTTAATTTTCGTCTCAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATACTCAAGCGCCAATCTCAACTACACCGTATGGTAAATGTGGTTTTCTAAATATATTANGATTACATAATGAACGTCCTAATAATCCTACATTTTTAGTTCATAATTTATTATTTTTAATTTCTATGTGAAATACCTAGTTNTGTCAAACATGTATTTTTATTAAACTCCAGCACTAAGAAATGTGTCGTTTAGTNNNNNNN]




>consensus_4469#1
CGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCCATTGTCTGCGTTGGTCTA
TAGCAATAGGACGGATCGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTG
TTTTGTTCAGTTGGTGAAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGT
TTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGATCTTTATAAGT
CGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTTCTTATTGACC
AGCTATTTAATTTTCGTCTCAAGATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTT
TTCGTTTCATTATTTGGATCGATTTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATA
ATATTTTCCAACTGCTGAATTGTTTAAAATACTCAAGCGCCAATCTCAACTACACCGTAT
GGTAAATGTGGTTTTCTAAATATATTANGATTACATAATGAACGTCCTAATAATCCTACA
TTTTTAGTTCATAATTTATTATTTTTAATTTCTATGTGAAATACCTAGTTNTGTCAAACA
TGTATTTTTATTAAACTCCAGCACTAAGAAATGTGTCGTTTAGTNNNNNNN

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4469#0      CGAGCCAANATTCGGCACGAGGGTGGCTGGGGAGTATATTGATGTGCAATTCGCAACATT 60
consensus_4469#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4469#0      CTTGGGAATTTCGACAATGGCTGCTGCCGGTCTAGGGAATCTTGTTTCTGATCTTTTTGG 120
consensus_4469#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4469#0      CATAGGGCTTGTCGGCTACGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCC 180
consensus_4469#1      ------------------CGTTGAAAAGTTCATGGAAAAAATTGGTATTTCCGTTCCCCC 42
                                        ******************************************

consensus_4469#0      ATTGTCTGCATCCCAACTAGCCAGCAGTTCAGTTCGTTGGTCTATAGCAATAGGACGGAT 240
consensus_4469#1      ATTGTCTGC--------------------------GTTGGTCTATAGCAATAGGACGGAT 76
                      *********                          *************************

consensus_4469#0      CGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTG 300
consensus_4469#1      CGTTGGCATTACTATTGGTTGTCTTCTAGGTTTATTGCCTCTTGTTTTGTTCAGTTGGTG 136
                      ************************************************************

consensus_4469#0      AAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTTCTTTACCCCTACAAT 360
consensus_4469#1      AAAGCTAAGAAAATTAACCGAGGGATCAGTCCAACTTTTTGGGTT--------------- 181
                      *********************************************               

consensus_4469#0      AGCAATGTTTTTAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGAT 420
consensus_4469#1      -----------TAATTAACTGGATGTATCTTGATTTCTTCATTAGCATAAATCTACAGAT 230
                                 *************************************************

consensus_4469#0      CTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTT 480
consensus_4469#1      CTTTATAAGTCGTGACAGTAAATTTGTAACTCTAGTGCAAACGCATTGCAAAACTATTTT 290
                      ************************************************************

consensus_4469#0      CTTATTGACCAGCTATTTAAAACAGCATCACAGCTCTGCAGAACAATTTTTCGTCTCAAG 540
consensus_4469#1      CTTATTGACCAGCTATTTAA---------------------------TTTTCGTCTCAAG 323
                      ********************                           *************

consensus_4469#0      ATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGAT 600
consensus_4469#1      ATCAACATCATACCCAACATCTGATTTCGTATAATTTTTCGTTTCATTATTTGGATCGAT 383
                      ************************************************************

consensus_4469#0      TTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGT 660
consensus_4469#1      TTTTAACTTACCTAATCACATTACAAGTATGTGGATAATATTTTCCAACTGCTGAATTGT 443
                      ************************************************************

consensus_4469#0      TTAAAATA---AGCCACATGTTATAAATGCCTTTTGAACACTCAAGCGCCATCTCACTAC 717
consensus_4469#1      TTAAAATACTCAAGCGCCAATCTCAACTACACCGTATGGTAAATGTGGTTTTCTAAATAT 503
                      ********   *  * *   *   ** * *    *            *   *** * ** 

consensus_4469#0      ACCGTATG---------------------------------------------------- 725
consensus_4469#1      ATTANGATTACATAATGAACGTCCTAATAATCCTACATTTTTAGTTCATAATTTATTATT 563
                      *                                                           

consensus_4469#0      ------------------------------------------------------------
consensus_4469#1      TTTAATTTCTATGTGAAATACCTAGTTNTGTCAAACATGTATTTTTATTAAACTCCAGCA 623
                                                                                  

consensus_4469#0      ----------------------------
consensus_4469#1      CTAAGAAATGTGTCGTTTAGTNNNNNNN 651