cluster # 4513

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Schistosoma mansoni
cluster # 4513 cluster # 4513 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4513#0 length = 534 sequences # 1

consensus_4513#1 length = 382 sequences # 1
consensus_4513#2 length = 247 sequences # 1

consensusID : consensus_4513#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 534
fasta sequence

                              [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG]

[+] EMBL CD094990             [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG]




>consensus_4513#0
AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGAC
AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGT
TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT
GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG
TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC
AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG
TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGAC
TGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCT
GAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG

consensusID : consensus_4513#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 382
fasta sequence

                              [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA]

[+] EMBL CD120834             [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA]




>consensus_4513#1
ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTT
GAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGA
CTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTA
TTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGAT
AAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGA
CAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTG
TTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA

consensusID : consensus_4513#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 247
fasta sequence

                              [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN]

[+] EMBL CD122929             [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN]




>consensus_4513#2
TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTT
AGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGT
TGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA
TTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAAN
AAAATCN

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4513#0      AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGAC 60
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4513#0      AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGT 120
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4513#0      TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 180
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 24
                                                                                  

consensus_4513#0      GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 240
consensus_4513#2      ---------------------------TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 33
consensus_4513#1      GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 84
                                                 *********************************

consensus_4513#0      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 300
consensus_4513#2      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 93
consensus_4513#1      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 144
                      *********************** ************************************

consensus_4513#0      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 360
consensus_4513#2      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 153
consensus_4513#1      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 204
                      **********************************  ************************

consensus_4513#0      TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 414
consensus_4513#2      TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 207
consensus_4513#1      AGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTA 264
                       ** ***  **** *  ** ** *    *** ** *  * * *   * **   ** *   

consensus_4513#0      TGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGT 474
consensus_4513#2      TGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATA--AAANAAAATCN------------------ 247
consensus_4513#1      TGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTG 324
                      ** **  * *     ***  *      *    *     *                     

consensus_4513#0      TGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG 534
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA-- 382