cluster # 454

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 454 cluster # 454 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_454#0 length = 651 sequences # 1

consensus_454#1 length = 616 sequences # 1

consensusID : consensus_454#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 651
fasta sequence

                              [ATAAAATTTTATTTATATTTGATACTATAATGAAATGAAAAATATTTTCACATAGAAACAAACCAAAGATATACAAAGATGATTATGATAAATGGTAATCATATAATAATAATTGATCATTCATTTCCTACCATATTAACTGGAAAAAGATTGCCCAAGACAAGGTTGGATAAAGAATGTTTGGTGGGCGGCTGATACTCCTCAACGAAGGGGGTAACAGCCGTCAGTAAGTAAGTAAGTATATTGCTTGACCTCACCTATAATAACTCAATATCGGATCGACATCTTTGTTTTAAATAATGACGACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCAGGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATTCTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATGATTGAATGCATAGTACTCGTAATGTACATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGGGTATCTATGTTCTCTTGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAATCAATTAATCGTTCAGTTGATAAACATGTATAAGCTATTGATAAACAAACT]

[+] EMBL CD074812             [ATAAAATTTTATTTATATTTGATACTATAATGAAATGAAAAATATTTTCACATAGAAACAAACCAAAGATATACAAAGATGATTATGATAAATGGTAATCATATAATAATAATTGATCATTCATTTCCTACCATATTAACTGGAAAAAGATTGCCCAAGACAAGGTTGGATAAAGAATGTTTGGTGGGCGGCTGATACTCCTCAACGAAGGGGGTAACAGCCGTCAGTAAGTAAGTAAGTATATTGCTTGACCTCACCTATAATAACTCAATATCGGATCGACATCTTTGTTTTAAATAATGACGACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCAGGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATTCTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATGATTGAATGCATAGTACTCGTAATGTACATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGGGTATCTATGTTCTCTTGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAATCAATTAATCGTTCAGTTGATAAACATGTATAAGCTATTGATAAACAAACT]




>consensus_454#0
ATAAAATTTTATTTATATTTGATACTATAATGAAATGAAAAATATTTTCACATAGAAACA
AACCAAAGATATACAAAGATGATTATGATAAATGGTAATCATATAATAATAATTGATCAT
TCATTTCCTACCATATTAACTGGAAAAAGATTGCCCAAGACAAGGTTGGATAAAGAATGT
TTGGTGGGCGGCTGATACTCCTCAACGAAGGGGGTAACAGCCGTCAGTAAGTAAGTAAGT
ATATTGCTTGACCTCACCTATAATAACTCAATATCGGATCGACATCTTTGTTTTAAATAA
TGACGACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCA
GGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATT
CTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATGATTGAATGCATAGT
ACTCGTAATGTACATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGGGTATCTATGTTCTCT
TGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAA
TCAATTAATCGTTCAGTTGATAAACATGTATAAGCTATTGATAAACAAACT

consensusID : consensus_454#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 616
fasta sequence

                              [TCGGATCGACATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCAGGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATTCTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATCATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGTGTATCTATGTTCTCTTGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAATCAATTAATCGTTCAGTTGATANNNNNNNNNNNNNNNNTGATAAACAAACTAATCGACCTCTTGGTTTAAGACAAACATTTTGTACAAGTTCATAAAGTGTTTCTTCTGGTACAACTGATAAATTATTACGTGAAAGATTTAATTCATATAAACCATGTAATGGACGCCATTGATGTACTAAATAATGAATATCTTCAGATGAAAGACAACAATCCTGTAAATTTAAATACTCCAATGGTTGACTTAATCCACCAAGTAAAGTTTTTAATTGTCCAGTTAAATGACATCTTGCTAGTCCAAGTCTTTGTAAATATC]

[-] EMBL CD080986             [TCGGATCGACATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCAGGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATTCTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATCATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGTGTATCTATGTTCTCTTGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAATCAATTAATCGTTCAGTTGATANNNNNNNNNNNNNNNNTGATAAACAAACTAATCGACCTCTTGGTTTAAGACAAACATTTTGTACAAGTTCATAAAGTGTTTCTTCTGGTACAACTGATAAATTATTACGTGAAAGATTTAATTCATATAAACCATGTAATGGACGCCATTGATGTACTAAATAATGAATATCTTCAGATGAAAGACAACAATCCTGTAAATTTAAATACTCCAATGGTTGACTTAATCCACCAAGTAAAGTTTTTAATTGTCCAGTTAAATGACATCTTGCTAGTCCAAGTCTTTGTAAATATC]




>consensus_454#1
TCGGATCGACATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTATGTATTAATTGATTATAACGTAAT
TCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCAGGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAAT
TTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATTCTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGAT
GGTGGTATAAATCATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGTGTATCTATGTTCTCT
TGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAA
TCAATTAATCGTTCAGTTGATANNNNNNNNNNNNNNNNTGATAAACAAACTAATCGACCT
CTTGGTTTAAGACAAACATTTTGTACAAGTTCATAAAGTGTTTCTTCTGGTACAACTGAT
AAATTATTACGTGAAAGATTTAATTCATATAAACCATGTAATGGACGCCATTGATGTACT
AAATAATGAATATCTTCAGATGAAAGACAACAATCCTGTAAATTTAAATACTCCAATGGT
TGACTTAATCCACCAAGTAAAGTTTTTAATTGTCCAGTTAAATGACATCTTGCTAGTCCA
AGTCTTTGTAAATATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_454#0      ATAAAATTTTATTTATATTTGATACTATAATGAAATGAAAAATATTTTCACATAGAAACA 60
consensus_454#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_454#0      AACCAAAGATATACAAAGATGATTATGATAAATGGTAATCATATAATAATAATTGATCAT 120
consensus_454#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_454#0      TCATTTCCTACCATATTAACTGGAAAAAGATTGCCCAAGACAAGGTTGGATAAAGAATGT 180
consensus_454#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_454#0      TTGGTGGGCGGCTGATACTCCTCAACGAAGGGGGTAACAGCCGTCAGTAAGTAAGTAAGT 240
consensus_454#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_454#0      ATATTGCTTGACCTCACCTATAATAACTCAATATCGGATCGACATCTTTGTTTTAAATAA 300
consensus_454#1      ---------------------------------TCGGATCGACATCTNNNNNNNNNNNNN 27
                                                      **************             

consensus_454#0      TGACGACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCA 360
consensus_454#1      NNNNNACTATGTATTAATTGATTATAACGTAATTCACGTTGTTGTTCTTCTGTATCACCA 87
                          *******************************************************

consensus_454#0      GGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATT 420
consensus_454#1      GGGAATGCATAAAATGCTGGAAATATATGTAATTTATATAATTTTGTTAAACGTGTTATT 147
                     ************************************************************

consensus_454#0      CTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAATGATTGAATGCATAGT 480
consensus_454#1      CTATATAATATACGATGTATTTGTAATTGAGATGGTGGTATAAAT--------------- 192
                     *********************************************               

consensus_454#0      ACTCGTAATGTACATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGGGTATCTATGTTCTCT 540
consensus_454#1      ------------CATGCTTTGTCCATCCATTTATTTGTATATTGTGTATCTATGTTCTCT 240
                                 ******************************** ***************

consensus_454#0      TGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAA 600
consensus_454#1      TGTTCATCGTTTTCATTTAAGCTATGTGAAGGATCCATTCCAGCCATTAAACTAAGTAAA 300
                     ************************************************************

consensus_454#0      TCAATTAATCGTTCAGTTGATAAACATGTATAAGCTATTGATAAACAAACT--------- 651
consensus_454#1      TCAATTAATCGTTCAGTTGATANNNNNNNNNNNNNNNNTGATAAACAAACTAATCGACCT 360
                     **********************                *************         

consensus_454#0      ------------------------------------------------------------
consensus_454#1      CTTGGTTTAAGACAAACATTTTGTACAAGTTCATAAAGTGTTTCTTCTGGTACAACTGAT 420
                                                                                 

consensus_454#0      ------------------------------------------------------------
consensus_454#1      AAATTATTACGTGAAAGATTTAATTCATATAAACCATGTAATGGACGCCATTGATGTACT 480
                                                                                 

consensus_454#0      ------------------------------------------------------------
consensus_454#1      AAATAATGAATATCTTCAGATGAAAGACAACAATCCTGTAAATTTAAATACTCCAATGGT 540
                                                                                 

consensus_454#0      ------------------------------------------------------------
consensus_454#1      TGACTTAATCCACCAAGTAAAGTTTTTAATTGTCCAGTTAAATGACATCTTGCTAGTCCA 600
                                                                                 

consensus_454#0      ----------------
consensus_454#1      AGTCTTTGTAAATATC 616