cluster # 4771

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Schistosoma mansoni
cluster # 4771 cluster # 4771 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4771#0 length = 546 sequences # 1

consensus_4771#1 length = 543 sequences # 2

consensusID : consensus_4771#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 546
fasta sequence

                              [CTACTGGATGGCTTTCCAGTTGGTGGCTCTTTTTTCTGTTTCACATGTACCCTACGGCAGTTTTCTAATGCCTATTTAATTAAATTACCTATTTATTCTTTAATATTCTTTGTCTTTTTTGTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTATTATAGCATATACACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTACTTCACATATGCTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGCGTGTGAATGTGTGCTATATGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGGACCTATCTGCGAGTTTTATGTACGGTCTGATCGTACTATGTGCAACGAACGATGGTGGTATCTAACGAAGTCCACAACTCATGTGTACGCATCTATTATATACTATGCACCTGGACGCGTCTGCATCCAAATTGATGGTCGCACAAGGACTGGAACCCACTACTGTTCCATACAGATGACATCCCGTTATACACTTATCTACTGAGGGC]

[+] EMBL CD091914             [CTACTGGATGGCTTTCCAGTTGGTGGCTCTTTTTTCTGTTTCACATGTACCCTACGGCAGTTTTCTAATGCCTATTTAATTAAATTACCTATTTATTCTTTAATATTCTTTGTCTTTTTTGTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTATTATAGCATATACACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTACTTCACATATGCTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGCGTGTGAATGTGTGCTATATGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGGACCTATCTGCGAGTTTTATGTACGGTCTGATCGTACTATGTGCAACGAACGATGGTGGTATCTAACGAAGTCCACAACTCATGTGTACGCATCTATTATATACTATGCACCTGGACGCGTCTGCATCCAAATTGATGGTCGCACAAGGACTGGAACCCACTACTGTTCCATACAGATGACATCCCGTTATACACTTATCTACTGAGGGC]




>consensus_4771#0
CTACTGGATGGCTTTCCAGTTGGTGGCTCTTTTTTCTGTTTCACATGTACCCTACGGCAG
TTTTCTAATGCCTATTTAATTAAATTACCTATTTATTCTTTAATATTCTTTGTCTTTTTT
GTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTATTATAGCATATA
CACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTACTTCACATATG
CTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGCGTGTGAATGTGTGCTATA
TGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGGACCTATCTGCGAGTTTTATGTAC
GGTCTGATCGTACTATGTGCAACGAACGATGGTGGTATCTAACGAAGTCCACAACTCATG
TGTACGCATCTATTATATACTATGCACCTGGACGCGTCTGCATCCAAATTGATGGTCGCA
CAAGGACTGGAACCCACTACTGTTCCATACAGATGACATCCCGTTATACACTTATCTACT
GAGGGC

consensusID : consensus_4771#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 543
fasta sequence

                              [CTAGTGGATGGCTTTCCAGTTGTTGGTTCTTTTTTCTGTTTCACATCTACCCTACGGCGTTTTCTAATGTCTATTTAATTTAATTACCTATTTATTCTTTAATTTTCTTTGTCTTTTTTGTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTGTTCTCGCATATACACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTAGTTCACATATGCTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGTGTGTGTATGTGTGCGAGATGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGTACCTATCTGCGAGTTTTATGTACGGTCTGATCGTACTATGTGCAGTGAGGGATGGTGGTAGTAGTGAAGTCCAAAACTCATGTTTCGTTCTATTAGATACTAGTCAACTGGACGTGTCTGCATCGTAGTTGATGTTTGTCCAAGGACTCGAACCCACTACTGTTCGATTCAAATGACATCGCGTTATACACTTAGCTACTGAGTCCA]

[+] EMBL CD091881             [CTAGTGGATGGCTTTCCAGTTGTTGGTTCTTTTTTCTGTTTCACATCTACCCTACGGCGTTTTCTAATGTCTATTTAATTTAATTACCTATTTATTCTTTAATTTTCTTTGTCTTTTTTGTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTGTTCTCGCATATACACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTAGTTCACATATGCTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGTGTGTGTATGTGTGCGAGATGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGTACCTATCTGCGAGTTTTATGTACGGTCTGATCGTACTATGTGCAGTGAGGGATGGTGGTAGTAGTGAAGTCCAAAACTCATGTTTCGTTCTATTAGATACTAGTCAACTGGACGTGTCTGCATCGTAGTTGATGTTTGTCCAAGGACTCGAACCCACTACTGTTCGATTCAAATGACATCGCGTTATACACTTAGCTACTGAGTCC ]
[-] EMBL CD091845             [ TAGTGGATGGCTTTCCAGTTGTTGGTTCTTTTTTCTGTTTCACATCTACCCTACGGCGTTTTCTAATGTCTATTTAATTTAATTACCTATTTATTCTTTAATTTTCTTTGTCTTTTTTGTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTATTCTCGCATATACACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTAGTTCACATATGCTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGTGTGTGTATGTGTGCGAGATGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGTACCTATCTGCGAGTTTTATGTACGGTCTGATCGTACTATGTGCAGTGAAGGATGGTGGTAGTAGTGAAGTCCAAAACTCATGTTTCGTTCTATTAGATACTAGTCAACTGGACGTGTCTGCATCGTAGTTGATGTTTGTCCAAGGACTCGAACCCACTACTGTTCGATTCAAATGACATCGCGTTATACACTTAGCTACTGAGTCCA]




>consensus_4771#1
CTAGTGGATGGCTTTCCAGTTGTTGGTTCTTTTTTCTGTTTCACATCTACCCTACGGCGT
TTTCTAATGTCTATTTAATTTAATTACCTATTTATTCTTTAATTTTCTTTGTCTTTTTTG
TCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTGTTCTCGCATATAC
ACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTAGTTCACATATGC
TTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGTGTGTGTATGTGTGCGAGAT
GGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGTACCTATCTGCGAGTTTTATGTACG
GTCTGATCGTACTATGTGCAGTGAGGGATGGTGGTAGTAGTGAAGTCCAAAACTCATGTT
TCGTTCTATTAGATACTAGTCAACTGGACGTGTCTGCATCGTAGTTGATGTTTGTCCAAG
GACTCGAACCCACTACTGTTCGATTCAAATGACATCGCGTTATACACTTAGCTACTGAGT
CCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4771#0      CTACTGGATGGCTTTCCAGTTGGTGGCTCTTTTTTCTGTTTCACATGTACCCTACGGCAG 60
consensus_4771#1      CTAGTGGATGGCTTTCCAGTTGTTGGTTCTTTTTTCTGTTTCACATCTACCCTACGGC-G 59
                      *** ****************** *** ******************* *********** *

consensus_4771#0      TTTTCTAATGCCTATTTAATTAAATTACCTATTTATTCTTTAATATTCTTTGTCTTTTTT 120
consensus_4771#1      TTTTCTAATGTCTATTTAATTTAATTACCTATTTATTCTTTAATTTTCTTTGTCTTTTTT 119
                      ********** ********** ********************** ***************

consensus_4771#0      GTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTATTATAGCATATA 180
consensus_4771#1      GTCTACTTATAAACTCACTTTTTTTTAATCCGCCCTCATTCTACTTTGTTCTCGCATATA 179
                      *********************************************** ** * *******

consensus_4771#0      CACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTACTTCACATATG 240
consensus_4771#1      CACACTTTTGTATAGACACATACATAGGCGTAAAAAAGCTCCTTTTTTAGTTCACATATG 239
                      ************************************************* **********

consensus_4771#0      CTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGCGTGTGAATGTGTGCTATA 300
consensus_4771#1      CTTTTTCACGTACTAAATGATTTTTTGTGTTATTCTATCTGTGTGTGTATGTGTGCGAGA 299
                      ***************************************** ***** ******** * *

consensus_4771#0      TGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGGACCTATCTGCGAGTTTTATGTAC 360
consensus_4771#1      TGGATTGTTTGTATTTCATCCATATTTTTTCTGTAGTACCTATCTGCGAGTTTTATGTAC 359
                      ************************************ ***********************

consensus_4771#0      GGTCTGATCGTACTATGTGCAACGAACGATGGTGGTATCTAACGAAGTCCACAACTCATG 420
consensus_4771#1      GGTCTGATCGTACTATGTGCAGTGAGGGATGGTGGTAG-TAGTGAAGTCCAAAACTCATG 418
                      *********************  **  **********  **  ******** ********

consensus_4771#0      TGTACGCATCTATTATATACTATGCACCTGGACGCGTCTGCATCCAAATTGATGGTCGCA 480
consensus_4771#1      TTT-CGT-TCTATTAGATACTAGTCAACTGGACGTGTCTGCATCGTAGTTGATGTTTGTC 476
                      * * **  ******* ******  ** ******* *********  * ****** * *  

consensus_4771#0      CAAGGACTGGAACCCACTACTGTTCCATACAGATGACATCCCGTTATACACTTATCTACT 540
consensus_4771#1      CAAGGACTCGAACCCACTACTGTTCGATTCAAATGACATCGCGTTATACACTTAGCTACT 536
                      ******** **************** ** ** ******** ************* *****

consensus_4771#0      GAGGGC- 546
consensus_4771#1      GAGTCCA 543
                      ***  *