cluster # 4783

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Schistosoma mansoni
cluster # 4783 cluster # 4783 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4783#0 length = 782 sequences # 2

consensus_4783#1 length = 558 sequences # 1

consensusID : consensus_4783#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 782
fasta sequence

                              [TATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGATTCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATATTCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTTGTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGAAATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACGTCAATATTTAGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTTAGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAATGAATCAATTTCAACACTGATATCTGGTAGTGAATGTACTGTTAAAGCAGGTTCCACAGGCGCTATGTTATTTATCTCGTCATTACAAACTGACGATGAGACTGATGGTGATGAAATAGCACATTGTCCTTCGTACGTAGAGAAGTTGTTGATAAAATCATTGATTTCACTAATTACATCTGGAATGATAACGATATCTAATGGTTGAACAGCAACATGTAAATGATCTTCTGGATATACGATACCACCATGTGAAGTATCATCAATTAGTGATAAATCCGACTGAGATACAGAAAAATAATCCGACGTTGCACCGGATTTAGAACATGTTCTTGTAAACACT]

[-] EMBL CD120581             [TATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGATTCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATATTCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTTGTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGAAATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACGTCAATATTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD117596             [                                                                                                                                                                                                                          CCATGAAATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCCGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACATCAGTATTTAGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTTAGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAATGAATCAATTTCAACACTGATATCTGGTAGTGAATGTACTGTTAAAGCAGGTTCCACAGGCGCTATGTTATTTATCTCGTCATTACAAACTGACGATGAGACTGATGGTGATGAAATAGCACATTGTCCTTCGTACGTAGAGAAGTTGTTGATAAAATCATTGATTTCACTAATTACATCTGGAATGATAACGATATCTAATGGTTGAACAGCAACATGTAAATGATCTTCTGGATATACGATACCACCATGTGAAGTATCATCAATTAGTGATAAATCCGACTGAGATACAGAAAAATAATCCGACGTTGCACCGGATTTAGAACATGTTCTTGTAAACACT]




>consensus_4783#0
TATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGATTCTTCAGTAATACAAA
TACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATATTCACTAAGATTAGTAG
ATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTTGTAGCAATTCTATGCA
TAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGAAATCCACTGTAGCAAA
ATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCTGTAATTTCTAC
CAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACGTCAATATTTAGATTTATAACAAAAG
GGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTTAGTATATTGGAATCGA
AATCTTGGTTATGATGAAATGAATCAATTTCAACACTGATATCTGGTAGTGAATGTACTG
TTAAAGCAGGTTCCACAGGCGCTATGTTATTTATCTCGTCATTACAAACTGACGATGAGA
CTGATGGTGATGAAATAGCACATTGTCCTTCGTACGTAGAGAAGTTGTTGATAAAATCAT
TGATTTCACTAATTACATCTGGAATGATAACGATATCTAATGGTTGAACAGCAACATGTA
AATGATCTTCTGGATATACGATACCACCATGTGAAGTATCATCAATTAGTGATAAATCCG
ACTGAGATACAGAAAAATAATCCGACGTTGCACCGGATTTAGAACATGTTCTTGTAAACA
CT

consensusID : consensus_4783#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 558
fasta sequence

                              [GAATAACTTNTGATATACATGGGTACATGAAACAAACTAATTGTTGAAGGACTACCTTTAATTNTGCGATGTGGATTATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGATTCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATATTCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTTGTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGAAATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACATCAGTATTTAGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTTAGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAAATCTAAACTTATCGAAAATCGGCCAGCAAAAATCAAACTATTT]

[-] EMBL CD170613             [GAATAACTTNTGATATACATGGGTACATGAAACAAACTAATTGTTGAAGGACTACCTTTAATTNTGCGATGTGGATTATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGATTCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATATTCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTTGTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGAAATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGAATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACATCAGTATTTAGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTTAGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAAATCTAAACTTATCGAAAATCGGCCAGCAAAAATCAAACTATTT]




>consensus_4783#1
GAATAACTTNTGATATACATGGGTACATGAAACAAACTAATTGTTGAAGGACTACCTTTA
ATTNTGCGATGTGGATTATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGAT
TCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATAT
TCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTT
GTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGA
AATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGA
ATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACATCAGTATTT
AGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTT
AGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAAATCTAAACTTATCGAAAATCGGCCA
GCAAAAATCAAACTATTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4783#0      ------------------------------------------------------------
consensus_4783#1      GAATAACTTNTGATATACATGGGTACATGAAACAAACTAATTGTTGAAGGACTACCTTTA 60
                                                                                  

consensus_4783#0      ----------------TATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGAT 44
consensus_4783#1      ATTNTGCGATGTGGATTATAGTTTGTTTTGTAAAGTACCGTCGGGATATTAACACATGAT 120
                                      ********************************************

consensus_4783#0      TCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATAT 104
consensus_4783#1      TCTTCAGTAATACAAATACTACTTGGTGAATTAAAGTGAATAGGTTTATTTTGAACATAT 180
                      ************************************************************

consensus_4783#0      TCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTT 164
consensus_4783#1      TCACTAAGATTAGTAGATTTCATAGTGGGATTGACAGTGATGGCTGCTGATAATGACCTT 240
                      ************************************************************

consensus_4783#0      GTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGA 224
consensus_4783#1      GTAGCAATTCTATGCATAAACATTTTGAATTCCCAAAACTTAGGTACAATTATACCATGA 300
                      ************************************************************

consensus_4783#0      AATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGA 284
consensus_4783#1      AATCCACTGTAGCAAAATTGAATTGTTTTGACAGCCTGATTCAAAATTTGAAAGTTTGGA 360
                      ************************************************************

consensus_4783#0      ATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACGTCAATATTT 344
consensus_4783#1      ATTCTGTAATTTCTACCAGATAAATAATTGGGTTCACGATCCCATTTAACATCAGTATTT 420
                      ************************************************** *** *****

consensus_4783#0      AGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTT 404
consensus_4783#1      AGATTTATAACAAAAGGGTTAGTGCTATTACATATCGCGTTAGTTGATGATGTTCCTTTT 480
                      ************************************************************

consensus_4783#0      AGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAATGAATCAATTTCAACACTGAT-ATC 463
consensus_4783#1      AGTATATTGGAATCGAAATCTTGGTTATGATGAAA--ATCTAAACTTATCGAAAATCGGC 538
                      ***********************************  *   **  * * *    **   *

consensus_4783#0      TGGTAGTGAATGTACTGTTAAAGCAGGTTCCACAGGCGCTATGTTATTTATCTCGTCATT 523
consensus_4783#1      CAGCAAAAATCAAACTATTT---------------------------------------- 558
                        * *   *    *** **                                         

consensus_4783#0      ACAAACTGACGATGAGACTGATGGTGATGAAATAGCACATTGTCCTTCGTACGTAGAGAA 583
consensus_4783#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4783#0      GTTGTTGATAAAATCATTGATTTCACTAATTACATCTGGAATGATAACGATATCTAATGG 643
consensus_4783#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4783#0      TTGAACAGCAACATGTAAATGATCTTCTGGATATACGATACCACCATGTGAAGTATCATC 703
consensus_4783#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4783#0      AATTAGTGATAAATCCGACTGAGATACAGAAAAATAATCCGACGTTGCACCGGATTTAGA 763
consensus_4783#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4783#0      ACATGTTCTTGTAAACACT 782
consensus_4783#1      -------------------