cluster # 486

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Schistosoma mansoni
cluster # 486 cluster # 486 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_486#0 length = 471 sequences # 1

consensus_486#1 length = 183 sequences # 1

consensusID : consensus_486#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 471
fasta sequence

                              [TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG]

[+] EMBL CD146682             [TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG]




>consensus_486#0
TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGG
TCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGT
GTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGC
TGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTC
TGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCA
TGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTC
GTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTG
TCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG

consensusID : consensus_486#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 183
fasta sequence

                              [GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA]

[-] EMBL CD145900             [GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA]




>consensus_486#1
GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA
GTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAA
GATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTG
TCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_486#0      TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGG 60
consensus_486#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_486#0      TCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGT 120
consensus_486#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_486#0      GTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGC 180
consensus_486#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_486#0      TGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTC 240
consensus_486#1      -----------------------GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTC 37
                                            ****        * * *********************

consensus_486#0      TGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCA 300
consensus_486#1      TGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCA 97
                     ************************************************************

consensus_486#0      TGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTC 360
consensus_486#1      TGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTC 157
                     ************************************************************

consensus_486#0      GTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTG 420
consensus_486#1      GTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA---------------------------------- 183
                     **************************                                  

consensus_486#0      TCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG 471
consensus_486#1      ---------------------------------------------------