cluster # 4870

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Schistosoma mansoni
cluster # 4870 cluster # 4870 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4870#0 length = 896 sequences # 2

consensus_4870#1 length = 620 sequences # 1

consensusID : consensus_4870#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 896
fasta sequence

                              [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAGGTTACTTAACTGAAGTACAATAAACTTCTTTTTGCTAGTGTATAACATATCGATGTTTGCAGATTGGTCTAATATCAAATGCGTCTGTTTGGACGTAGACTCTACGGTTTGTGAAGATGAAGGACTAGATGAAATAGCCAGTTACATTGGAGTTACTGACAGAGTCAAAAAAATAACAGATGAGGCTATGAATGGAGAATTGGACATTAATAAGGCATTAGAAGCCCGCTTATCAATAATGAATTTAAATGTAAAGAAGCTCACTGACTTTTTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAGGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCAAATATTCTTAATCAACCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAAT]

[+] EMBL SM30262              [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAGGTTACTTAACTGAAGTACAATAAACTTCTTTTTGCTAGTGTATAACATATCGATGTTTGCAGATTGGTCTAATATCAAATGCGTCTGTTTGGACGTAGACTCTACGGTTTGTGAAGATGAAGGACTAGATGAAATAGCCAGTTACATTGGAGTTACTGACAGAGTCAAAAAAATAACAGATGAGGCTATGAATGGAGAATTGGACATTAATAAGGCATTAGAAGCCCGCTTATCAATAATGAATTTAAATGTAAAGAAGCTCACTGACTTTTTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAGGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTAT                                                                                          ]
[-] EMBL CD076358             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAAGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCAAATATTCTTAATCAACCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAAT]




>consensus_4870#0
GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAGGTTACTTAACTGAAGTACAATAAACTTCTTT
TTGCTAGTGTATAACATATCGATGTTTGCAGATTGGTCTAATATCAAATGCGTCTGTTTG
GACGTAGACTCTACGGTTTGTGAAGATGAAGGACTAGATGAAATAGCCAGTTACATTGGA
GTTACTGACAGAGTCAAAAAAATAACAGATGAGGCTATGAATGGAGAATTGGACATTAAT
AAGGCATTAGAAGCCCGCTTATCAATAATGAATTTAAATGTAAAGAAGCTCACTGACTTT
TTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAA
GAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTA
GCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAAC
GAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCT
TTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGA
ATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTT
ATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAGGAATTAATT
AACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTAC
TTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCAAATATTCTTAATCAA
CCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAAT

consensusID : consensus_4870#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 620
fasta sequence

                              [CCGAGCCAAGATTCGGCACGAGGTTTTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAAGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCANATATTCTTAATCAACCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAA]

[+] EMBL CD082767             [CCGAGCCAAGATTCGGCACGAGGTTTTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAAGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCANATATTCTTAATCAACCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAA]




>consensus_4870#1
CCGAGCCAAGATTCGGCACGAGGTTTTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGT
TGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAAGAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGG
ATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTAGCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTA
CGCGAACAAGCTGATTTTTAATAACGAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACC
AACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCTTTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATAC
TCCAGTTATGATGATAGGTGATGGAATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGT
ATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTTATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTT
CTGTACATCTGTGGAAGAATTAATTAACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAA
TTATATGTTGTATATATGATTGTACTTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGG
ATGTAATGCANATATTCTTAATCAACCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTAC
TACAGTATTTTATATAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4870#0      GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAGGTTACTTAACTGAAGTACAATAAACTTCTTT 60
consensus_4870#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4870#0      TTGCTAGTGTATAACATATCGATGTTTGCAGATTGGTCTAATATCAAATGCGTCTGTTTG 120
consensus_4870#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4870#0      GACGTAGACTCTACGGTTTGTGAAGATGAAGGACTAGATGAAATAGCCAGTTACATTGGA 180
consensus_4870#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4870#0      GTTACTGACAGAGTCAAAAAAATAACAGATGAGGCTATGAATGGAGAATTGGACATTAAT 240
consensus_4870#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4870#0      AAGGCATTAGAAGCCCGCTTATCAATAATGAATTTAAATGTAAAGAAGCTCACTGACTTT 300
consensus_4870#1      -----------------------------------CCGAGCCAAGATTCGGCACGAGGTT 25
                                                             *  ****  *     **  **

consensus_4870#0      TTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAA 360
consensus_4870#1      TTAGACAACCATCCAGTTAGATTAACACCGGGTGTTGAAAATCTTGTTAATCAGTTCAAA 85
                      ************************************************************

consensus_4870#0      GAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTA 420
consensus_4870#1      GAAAATGGGATTGACGTTTATTTAGTAAGCGGCGGATTATATCCGTTAGTCAGTCGCGTA 145
                      ************************************************************

consensus_4870#0      GCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAAC 480
consensus_4870#1      GCCGAATTGCTCAATATTCCTGAAGAAAATGTTTACGCGAACAAGCTGATTTTTAATAAC 205
                      ************************************************************

consensus_4870#0      GAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCT 540
consensus_4870#1      GAAGGCACATATGTTGGATTGGATCATAATGCACCAACTAGTCGTTCTGATGGTAAAGCT 265
                      ************************************************************

consensus_4870#0      TTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGA 600
consensus_4870#1      TTAATCGTTAATGAATTACTGAATAAATTGCATACTCCAGTTATGATGATAGGTGATGGA 325
                      ************************************************************

consensus_4870#0      ATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTT 660
consensus_4870#1      ATGACAGATGCAAAAGCTTGTCCACCAGCTTCTGTATTTATCGGTTTCGGTGTCAATGTT 385
                      ************************************************************

consensus_4870#0      ATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAGGAATTAATT 720
consensus_4870#1      ATTCGTCCTAAAGTTAAAGCTATATCCGATTATTTCTGTACATCTGTGGAAGAATTAATT 445
                      ************************************************** *********

consensus_4870#0      AACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTAC 780
consensus_4870#1      AACTTGTTGAAAAACCATAAAATGTTGCTATGAAATTATATGTTGTATATATGATTGTAC 505
                      ************************************************************

consensus_4870#0      TTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCAAATATTCTTAATCAA 840
consensus_4870#1      TTTAAATAAATTAATATTTCCCGTATTATATGTGGATGTAATGCANATATTCTTAATCAA 565
                      ********************************************* **************

consensus_4870#0      CCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAAT 896
consensus_4870#1      CCATTCCTAAACGCTGTTCATCTAATATGTTCTACTACAGTATTTTATATAAAAA- 620
                      *******************************************************