cluster # 4890

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Schistosoma mansoni
cluster # 4890 cluster # 4890 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4890#0 length = 280 sequences # 1

consensus_4890#1 length = 258 sequences # 2

consensusID : consensus_4890#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 280
fasta sequence

                              [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAATTATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCCACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCCCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC]

[+] EMBL SM1247320            [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAATTATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCCACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCCCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC]




>consensus_4890#0
AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAAT
TATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCC
ACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATA
AACTGTATTATTAATTGTTTATTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCC
CCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC

consensusID : consensus_4890#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 258
fasta sequence

                              [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAG--CCCCAAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCCC]

[+] EMBL SMLRAP038            [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAG  CCCCAAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCC ]
[+] EMBL BE519397             [ ATCACAGTATGAGACG CCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTYTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTA TTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGRAGGCCCCCAAATGT CYGGTACGGGCAAGAGTTAGGAGAGTTCCC]




>consensus_4890#1
AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATA
CTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGG
TATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTAT
TTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCCCCAAATGTCCTGGTACGGCCA
AGAGTTAGGAGAGTCCCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4890#0      AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAAT 60
consensus_4890#1      AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTT--GTAT--GAT 56
                      *********************************************** *  ****   **

consensus_4890#0      TATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCC 120
consensus_4890#1      TATAC--TTTGCTC--TTATAGTT-CATT--CCTTGATTTA---TTTTTCCTATCCTCA- 105
                      *****  *****    ******** ** *  * *******    **** *******    

consensus_4890#0      ACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATA 180
consensus_4890#1      --CTAGTT-AATGTTC--GGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTT-CACTGTTT-AATA 158
                        ****** ******   **************************** ******** ****

consensus_4890#0      AACTGTATTATTAATTGTTTATTTT-GTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGC 239
consensus_4890#1      AACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGC 218
                      ************************* **********************************

consensus_4890#0      CCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC 280
consensus_4890#1      CCC-AAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCCC 258
                      *** ****************  ****** ************