cluster # 5207

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Schistosoma mansoni
cluster # 5207 cluster # 5207 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5207#0 length = 575 sequences # 1

consensus_5207#1 length = 532 sequences # 2

consensusID : consensus_5207#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 575
fasta sequence

                              [TATTAACTTTATACGGATTATATTTTAAAAAAGGAAACTTTTGATTTAAGTTATGCGAATACGTCATCCAAGACTCGACAGTCCAATTCAATCACCATCAACAACGAATGAAATGAGAAAACATTTACTTAATTCATCACAGGGAACTTCTATCAAAATATCGGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAATGTGATTCAGCTGGTCCAAGTCCTTTGGCTATGTTGGCTCGTACTTGTCAAAATATTGGTAACATAATGGATTGTGGAAATTCTTCTAACAGATTTTTATCATCTAATTCAAATTCTATACGAAAACAATCAACTGTCAGTTCAATTCCCGTCACAAATGGTAGAATTGTCAGTAATAATAACAGTAATAATAGTAATACTACCAAATTAAATAAGCCTAAAGCAATGAATTTAAATGGAAGTATGTCATCGTCTTTTA]

[+] EMBL AI976853             [TATTAACTTTATACGGATTATATTTTAAAAAAGGAAACTTTTGATTTAAGTTATGCGAATACGTCATCCAAGACTCGACAGTCCAATTCAATCACCATCAACAACGAATGAAATGAGAAAACATTTACTTAATTCATCACAGGGAACTTCTATCAAAATATCGGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAATGTGATTCAGCTGGTCCAAGTCCTTTGGCTATGTTGGCTCGTACTTGTCAAAATATTGGTAACATAATGGATTGTGGAAATTCTTCTAACAGATTTTTATCATCTAATTCAAATTCTATACGAAAACAATCAACTGTCAGTTCAATTCCCGTCACAAATGGTAGAATTGTCAGTAATAATAACAGTAATAATAGTAATACTACCAAATTAAATAAGCCTAAAGCAATGAATTTAAATGGAAGTATGTCATCGTCTTTTA]




>consensus_5207#0
TATTAACTTTATACGGATTATATTTTAAAAAAGGAAACTTTTGATTTAAGTTATGCGAAT
ACGTCATCCAAGACTCGACAGTCCAATTCAATCACCATCAACAACGAATGAAATGAGAAA
ACATTTACTTAATTCATCACAGGGAACTTCTATCAAAATATCGGATTCACAACAATGTAA
ATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGG
TATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCC
ACAACTAATGACAAAATGTGATTCAGCTGGTCCAAGTCCTTTGGCTATGTTGGCTCGTAC
TTGTCAAAATATTGGTAACATAATGGATTGTGGAAATTCTTCTAACAGATTTTTATCATC
TAATTCAAATTCTATACGAAAACAATCAACTGTCAGTTCAATTCCCGTCACAAATGGTAG
AATTGTCAGTAATAATAACAGTAATAATAGTAATACTACCAAATTAAATAAGCCTAAAGC
AATGAATTTAAATGGAAGTATGTCATCGTCTTTTA

consensusID : consensus_5207#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 532
fasta sequence

                              [TGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAAGTAAGTTTGATAATTTTTAATATGTTCAATATATATTTTAGAATTAATCATCATAACACGATTAAGTGAAACTGTTAATTATAATCATACGATATTTGAGAATCAAAATAATCAATTTCTGTTTAACTCATGTAATTTAGTACAGCTGAGCACTAAACATATGATATGCTAATTAAAAATTTGTTTGCACCGTGATACTATCCAGGCGTTTAGGCGAAGTAAGTGGTTTCTTCAAAGATCGACTGCTAACACTCTCAACCCAGAGTTCGATTCCGCAACTCAATAGAATAATTTCAAGGGATGCCATTTGTTGGTATCTGATTAACAAATATTGGTACGTACACCATTTGTTCTCACAGAGTTTTGAATTTGGCAAAT]

[+] EMBL CD114906             [TGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAAGTAAGTTTGATAATTTTTAATATGTTCAATATATATTTTAGAATTAATCATCATAACACGATTAAGTGAAACTGTTAATTATAATCATACGATATTTGAGAATCAAAATAATCAATTTCTGTTTAACTCATGTAATTTAGTACAGCTGAGCACTAAACATATGATATGCTAATTAAAAATTTGTTTGCACCGTGATACTATCCAGGCGTTTAGGCGAAGTAAGTGGTTTCTTCAAAGATCGACTGCTAACACTCTCAACCCAGAGTTCGATTCCGCAACTCAATAGAATAATTTCAAGGGATGCCATTTGTTGGTATCTGATTAACAAATATTGGTACGTACACCATTTGTTCTCACAGAGTTTTGAATTTGGCAAAT]
[+] EMBL CD114926             [TGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCCCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAAGTAAGTTTGATAATTTTTAATATGTTCAATATATATTTTAGAATTAATCATCATAACACGATTAAGTGAAACTGTTAATTATAATCATACGATATTTGAGAATCAAAATAATCAATTTCTGTTTAACTCATGTAATTTAGTACAGCTGAGCACTAAACATATGATATGCTACTTAAAAATTTGTTTGCACCGTGATACTATCCAGGCGTTTAGGCGAAGTAAGTGGTTTCTTCAAAGATCGACTGCTAACACTCTCAACCCAGAGTTCGATTCCGCAACTCAATAGAATAATTTCAAGGGAAGCCATTTGTTGGTATCTGATTAACAAATATTGGTACATACACCA                                ]




>consensus_5207#1
TGATTCACAACAATGTAAATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCA
TGTATCATCTATTTCTGGTATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAA
TCCGGATTTCAATGATCCACAACTAATGACAAAAGTAAGTTTGATAATTTTTAATATGTT
CAATATATATTTTAGAATTAATCATCATAACACGATTAAGTGAAACTGTTAATTATAATC
ATACGATATTTGAGAATCAAAATAATCAATTTCTGTTTAACTCATGTAATTTAGTACAGC
TGAGCACTAAACATATGATATGCTAATTAAAAATTTGTTTGCACCGTGATACTATCCAGG
CGTTTAGGCGAAGTAAGTGGTTTCTTCAAAGATCGACTGCTAACACTCTCAACCCAGAGT
TCGATTCCGCAACTCAATAGAATAATTTCAAGGGATGCCATTTGTTGGTATCTGATTAAC
AAATATTGGTACGTACACCATTTGTTCTCACAGAGTTTTGAATTTGGCAAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5207#0      TATTAACTTTATACGGATTATATTTTAAAAAAGGAAACTTTTGATTTAAGTTATGCGAAT 60
consensus_5207#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5207#0      ACGTCATCCAAGACTCGACAGTCCAATTCAATCACCATCAACAACGAATGAAATGAGAAA 120
consensus_5207#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5207#0      ACATTTACTTAATTCATCACAGGGAACTTCTATCAAAATATCGGATTCACAACAATGTAA 180
consensus_5207#1      ------------------------------------------TGATTCACAACAATGTAA 18
                                                                 *****************

consensus_5207#0      ATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGG 240
consensus_5207#1      ATCAAGACAAAGTTCACCTCGTTTATCTTCAACCGATGGTCATGTATCATCTATTTCTGG 78
                      ************************************************************

consensus_5207#0      TATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCC 300
consensus_5207#1      TATGTCAGAATTATGTGATGATCCAACTAATACATATCTTAATCCGGATTTCAATGATCC 138
                      ************************************************************

consensus_5207#0      ACAACTAATGACAAAATGTGATTCAGCTGGTCCAAGTCCTTTGGCTATGTTGGCTCGTAC 360
consensus_5207#1      ACAACTAATGACAAAAGTAAGTTTGATAATTTTTAATATGTTCAATATATATTTTAGAAT 198
                      ****************     **       *   * *   **   *** *    * * * 

consensus_5207#0      TTGTCAAAATATTGGTAACATAATGGATTGTGGAAATTCTTCTAACAGATTTTTATCATC 420
consensus_5207#1      TAATCATCATAACACGATTAAGTGAAACTGTTAATTATAATCATACGATATTTGAGAATC 258
                      *  ***  ***     *  *      * ***  *   *  **  **    *** *  ***

consensus_5207#0      TAATT---CAAATTCTATACGAAAACAATCAACTGTCAGTTCAATTCCCGTCACAAATGG 477
consensus_5207#1      AAAATAATCAATTTCTGTTT-AACTCATGTAATT--TAGTACAGCTG--AGCACTAAACA 313
                       ** *   *** **** *   **  **   ** *   *** **  *     *** **   

consensus_5207#0      TAGAAT-TGTCAGTAATAATAACAGTAATAATAGTAATACTACCAAATTAAATAAGCCTA 536
consensus_5207#1      TATGATATGCTAATTA-AAAATTTGTTTGCACCGTGATACTATCCAGGCGTTTAGGCGAA 372
                      **  ** **  * * * ** *   **    *  ** ****** * *      ** **  *

consensus_5207#0      --AAGCAATGAATTTAAATGGAAGTATGTCATCGTCTTTTA------------------- 575
consensus_5207#1      GTAAGTGGTTTCTTCAAA-GATCGACTGCTAACACTCTCAACCCAGAGTTCGATTCCGCA 431
                        ***   *   ** *** *   *  **  * *    *  *                   

consensus_5207#0      ------------------------------------------------------------
consensus_5207#1      ACTCAATAGAATAATTTCAAGGGATGCCATTTGTTGGTATCTGATTAACAAATATTGGTA 491
                                                                                  

consensus_5207#0      -----------------------------------------
consensus_5207#1      CGTACACCATTTGTTCTCACAGAGTTTTGAATTTGGCAAAT 532