cluster # 5460

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Schistosoma mansoni
cluster # 5460 cluster # 5460 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5460#0 length = 618 sequences # 2

consensus_5460#1 length = 535 sequences # 1

consensusID : consensus_5460#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 618
fasta sequence

                              [GGTGATCATAAGTATTTGAAAAACACATGTACATCTATGTATTCATTCATATATACTTACTCTTTGTTTCTTTTCCTATAGGAATAAACATTACCTGTTCAATATATATACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTCAAACAAAAACAAACAAACAAACATTCTATTCTTCTATTTTATGATGGTATAAACAACTGTGACTGACTTTTTTTTTCATAAGTAATCTTCTCAGTATCATCCCTACAACAGAATTTCATTGGTGTAATCTTATTTAATGCAGTAAATCTCTTGTAATATTTGGGTACTTTATTATTATTATTATTAAGATGGATGAACATCCTAGTAATATTGCAGGAAAAAAAAGATATAACTAATGATTTTTAAACTTTTCTTATCACTNTTTTCTTGCACTGTAATTAATTTA]

[+] EMBL CD078637             [GGTGATCATAAGTATTTGAAAAACACATGTACATCTATGTATTCATTCATATATACTTACTCTTTGTTTCTTTTCCTATAGGAATAAACATTACCTGTTCAATATATATACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTCAAACAAAAACAAACAAACAAACATTCTATTCTTCTATTTTATGATGGTATAAACAACTGTGACTGACTTTTTTTTTCATAAGTAATCTTCTCAGTATCATCCCTACAACAGAATTTCATTGGTGTAATCTTATTTAATGCAGTAAATCTCTTGTAATATTTGGGTACTTTATTATTATTATTATTAAGATGGATGAACATCCTAGTAATATTGCAGGAAAAAAAAGATATAACTAATGATTTTTAAACTTTTCTTATCACTNTTTTCTTGCACTGTAATTAATTTA]
[-] EMBL CD196889             [                                                                                                                                         TTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTCAAACAAAAACAAACAAACAAACATTCTATTCTTCTATTTTATGATGGTATAAACAACTGTGACTGACTTTTTTTTTCATAAGTAATCTTCTCAGTATCATCCCTACAACAGAATTTCATTGGTGTAATCTTATTTAAT                                                                                                                                                    ]




>consensus_5460#0
GGTGATCATAAGTATTTGAAAAACACATGTACATCTATGTATTCATTCATATATACTTAC
TCTTTGTTTCTTTTCCTATAGGAATAAACATTACCTGTTCAATATATATACATCCTACCA
TATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTC
CAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAAC
TTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATT
CTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTCAAACAAAAACAAACAAACAAACATTCTA
TTCTTCTATTTTATGATGGTATAAACAACTGTGACTGACTTTTTTTTTCATAAGTAATCT
TCTCAGTATCATCCCTACAACAGAATTTCATTGGTGTAATCTTATTTAATGCAGTAAATC
TCTTGTAATATTTGGGTACTTTATTATTATTATTATTAAGATGGATGAACATCCTAGTAA
TATTGCAGGAAAAAAAAGATATAACTAATGATTTTTAAACTTTTCTTATCACTNTTTTCT
TGCACTGTAATTAATTTA

consensusID : consensus_5460#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 535
fasta sequence

                              [CGGGAATCCACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTTGTTTGTCTATTTGTTGATCAATTCTGTTCAGAAAATACAACTTTACACACACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAAATTCCCGA]

[+] EMBL CD062567             [CGGGAATCCACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTTGTTTGTCTATTTGTTGATCAATTCTGTTCAGAAAATACAACTTTACACACACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAAATTCCCGA]




>consensus_5460#1
CGGGAATCCACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTAT
TATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCA
CGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATT
ATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAACTTCCTCGTAG
TATTGTTACTTTTGTTTGTTTGTCTATTTGTTGATCAATTCTGTTCAGAAAATACAACTT
TACACACACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCATATTAACCATATTATTA
TTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTCCAATATGTTTATTCACG
TGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAACTTTTGTTCTCCAATTAT
GTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATTCTAAATTCCCGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5460#0      GGTGATCATAAGTATTTGAAAAACACATGTACATCTATGTATTCATTCATATATACTTAC 60
consensus_5460#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5460#0      TCTTTGTTTCTTTTCCTATAGGAATAAACATTACCTGTTCAATATATATACATCCTACCA 120
consensus_5460#1      --------------CGGGAATCCACACACACACACAAGAAAAGATAT-TACATCCTACCA 45
                                    *    *   * * ***    *     ** **** ************

consensus_5460#0      TATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTC 180
consensus_5460#1      TATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTC 105
                      ************************************************************

consensus_5460#0      CAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAAC 240
consensus_5460#1      CAATATGTTTATTCACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAAAATGAAC 165
                      ************************************************************

consensus_5460#0      TTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATT 300
consensus_5460#1      TTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATTTAATATT 225
                      ************************************************************

consensus_5460#0      CTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTCAAACAAAAACAAACAAACAAACATTCTA 360
consensus_5460#1      CTAACTTCCTCGTAGTATTGTTACTTTTGTTTGTTTGTCTATTTGTTGATCAA--TTCTG 283
                      *******************************         *       *  **  **** 

consensus_5460#0      TTC------TTCTATTTTATGATGGTATAAACA-ACTGTGACTGACTTT---TTTTTTCA 410
consensus_5460#1      TTCAGAAAATACAACTTTACACACACACACACACACAAGAAAAGATATTACATCCTACCA 343
                      ***      * * * ****       * * *** **    *  **  **   *  *  **

consensus_5460#0      TA--AGTAATCTTCTCAGTATCATCCCTACAACAGAATTTCATTGGTGTAATCTTATTTA 468
consensus_5460#1      TATTAACCATATTATTATTATTACCGTTATTATAATAATAAATGTTTACAATTATAATTC 403
                      **  *   ** ** * * *** * *  **  * *  * *  **   *  ***  ** ** 

consensus_5460#0      ATGCAGTAAATCTCTTGTAATATTTGGGTACTTTATTATTATT-ATTATTAAGATGGATG 527
consensus_5460#1      ---CAATATGTTTATT----CACGTGACCATTTCACTAACATCCATGATAGGAATAAAAA 456
                         ** **  * * **     *  **   * ** * **  **  ** **    **  *  

consensus_5460#0      AACATCCTAGTAATATTGCAGGAAAAAAAAGATATAACTAATGATTTTTA-AACTTTTCT 586
consensus_5460#1      AATGAACTTTTGTTCTCCAATTATGTATCATACATGTTTATTTCCTTTCATAAAACTATT 516
                      **    **  *  * *   *  *   *  * * **   ** *   *** * **   *  *

consensus_5460#0      TATCACTNTTTTCTTGCACTGTAATTAATTTA 618
consensus_5460#1      TAATATTCTAAATTCCCGA------------- 535
                      **  * * *    *  *