cluster # 5462

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Schistosoma mansoni
cluster # 5462 cluster # 5462 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5462#0 length = 367 sequences # 2

consensus_5462#1 length = 210 sequences # 1

consensusID : consensus_5462#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 367
fasta sequence

                              [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCA-GCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGGAAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAATACATTAGA]

[+] EMBL AI559066             [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCA GCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGGAAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAATACATTAGA]
[+] EMBL AI740268             [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGG AATAAATCGATTGCTTTAAAGGCTAATAACAGG TTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGAT GAAGGAAATAAATTGTTATTTGGTACAGTTGACTCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAGATGTGTCATGTT ACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACTACTATTTAATTTGAATACATTAa ]




>consensus_5462#0
ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCA
GCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCT
CCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCAGCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTC
TCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGGA
AGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCA
AATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAATA
CATTAGA

consensusID : consensus_5462#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 210
fasta sequence

                              [ACAAATCAACGTGNACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACTCCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTCGTCACCTTTAAAATTGAATGGGTGTTCAATAA]

[+] EMBL AI964711             [ACAAATCAACGTGNACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACTCCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTCGTCACCTTTAAAATTGAATGGGTGTTCAATAA]




>consensus_5462#1
ACAAATCAACGTGNACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCAGC
TATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACTCC
TGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTCGT
CACCTTTAAAATTGAATGGGTGTTCAATAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5462#0      ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCA 60
consensus_5462#1      ACAAATCAACGTGNA-CGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTC-A 58
                      ************* * ****************************************** *

consensus_5462#0      GCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCT 120
consensus_5462#1      GCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACT 118
                      ********************************************************* **

consensus_5462#0      CCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCAGCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTC 180
consensus_5462#1      CCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTC 178
                      ****** * ****** ********** ******* * * ****   ********* ****

consensus_5462#0      -TCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGG 239
consensus_5462#1      GTCACCTTTAAAATTGAAT-GGGTGTTCAATAA--------------------------- 210
                       *** ******** ***** ** * ** *****                           

consensus_5462#0      AAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTC 299
consensus_5462#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5462#0      AAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAAT 359
consensus_5462#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5462#0      ACATTAGA 367
consensus_5462#1      --------