cluster # 5478

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Schistosoma mansoni
cluster # 5478 cluster # 5478 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5478#0 length = 532 sequences # 1

consensus_5478#1 length = 507 sequences # 2

consensusID : consensus_5478#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 532
fasta sequence

                              [TATCTGTCACCTATATTATTGGAACTGTTTCTACCACGTTGAATACAGAGCTTGATTTCCAGTTTATCACTTCACGTATAGCAGGTTAGTAATCGTTTATTATCCTACTCACTGTAATGTATTAGTGTTAATATTTTATGGAGGGTTCTATAAGGTTCATACTTAACCTTCTCATTGTTGTTGCTAACTATTGCGAATTTGTTCACGTTTATGTAGTCTTAACAGCATCCACGATCAGGTTTACATACAAAAGTGCAGCGTTTCATAAAATTTGTATCCATCTACCCACCACCTTCAGTGTGTTGTATAATCCCTCACTCACATAAGATCCCTGTTGGTAAAGTAAAGAATAGCTCGCTGCCAGACATCTGATACCGTCAATAATTAAGTTTGGATTCATGTTTATTATGAATTCTCAATGGTGTTTTCTTTCTCCAGTGATGCTGTGATTGTATTTTTCTGGTTACAGTCAAATACATACCTAGTACGAATCTAATTTTCACTTGTTTTCTAACACCATTTTTCAGCAAGA]

[+] EMBL CD069486             [TATCTGTCACCTATATTATTGGAACTGTTTCTACCACGTTGAATACAGAGCTTGATTTCCAGTTTATCACTTCACGTATAGCAGGTTAGTAATCGTTTATTATCCTACTCACTGTAATGTATTAGTGTTAATATTTTATGGAGGGTTCTATAAGGTTCATACTTAACCTTCTCATTGTTGTTGCTAACTATTGCGAATTTGTTCACGTTTATGTAGTCTTAACAGCATCCACGATCAGGTTTACATACAAAAGTGCAGCGTTTCATAAAATTTGTATCCATCTACCCACCACCTTCAGTGTGTTGTATAATCCCTCACTCACATAAGATCCCTGTTGGTAAAGTAAAGAATAGCTCGCTGCCAGACATCTGATACCGTCAATAATTAAGTTTGGATTCATGTTTATTATGAATTCTCAATGGTGTTTTCTTTCTCCAGTGATGCTGTGATTGTATTTTTCTGGTTACAGTCAAATACATACCTAGTACGAATCTAATTTTCACTTGTTTTCTAACACCATTTTTCAGCAAGA]




>consensus_5478#0
TATCTGTCACCTATATTATTGGAACTGTTTCTACCACGTTGAATACAGAGCTTGATTTCC
AGTTTATCACTTCACGTATAGCAGGTTAGTAATCGTTTATTATCCTACTCACTGTAATGT
ATTAGTGTTAATATTTTATGGAGGGTTCTATAAGGTTCATACTTAACCTTCTCATTGTTG
TTGCTAACTATTGCGAATTTGTTCACGTTTATGTAGTCTTAACAGCATCCACGATCAGGT
TTACATACAAAAGTGCAGCGTTTCATAAAATTTGTATCCATCTACCCACCACCTTCAGTG
TGTTGTATAATCCCTCACTCACATAAGATCCCTGTTGGTAAAGTAAAGAATAGCTCGCTG
CCAGACATCTGATACCGTCAATAATTAAGTTTGGATTCATGTTTATTATGAATTCTCAAT
GGTGTTTTCTTTCTCCAGTGATGCTGTGATTGTATTTTTCTGGTTACAGTCAAATACATA
CCTAGTACGAATCTAATTTTCACTTGTTTTCTAACACCATTTTTCAGCAAGA

consensusID : consensus_5478#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 507
fasta sequence

                              [AATGATCTGAACGATATGGACGATTACTAAGATTATACACGGCATAAGCATCTTGAAAACGTGTATCTAGCATATTTTGCATCTCTTCAATAGAATTCACGTTAGCAAGCACTTCAAATCCACTTTCAATGGGGAAAGATGTAACTGCTATACGTGAAGTGATAAACTGGAAATCAAGCTCTGTATCCAACGTGGTAGAAACAGTTCCAATAACTTTAGTTGATGCATCTCGTATATTACGAATTAAATTGCCAGCGCCTCCTTTAATCATACCAAGCATATTACTCATAGATTGATTGGATAATTGTTGATTACTTGAAATTTGATTGGCTGTAGATGATTGAGTTGTTATGACTACTGTTGATGATGATGATGATGACGATGATGATGTTGGTGGATTAAAACTAACTGTTGGATTTAATTTCTGTTGTGAGAGCATTGTTATAGGATTAGGTCTAGATGGTTTATTATATGACAGTTGTGGATTTGCTACAACATTATTTTCTG]

[+] EMBL CD119897             [AATGATCTGAACGATATGGACGATTACTAAGATTATACACGGCATAAGCATCTTGAAAACGTGTATCTAGCATATTTTGCATCTCTTCAATAGAATTCACGTTAGCAAGCACTTCAAATCCACTTTCAATGGGGAAAGATGTAACTGCTATACGTGAAGTGATAAACTGGAAATCAAGCTCTGTATCCAACGTGGTAGAAACAGTTCCAATAACTTTAGTTGATGCATCTCGTATATTACGAATTAAATTGCCAGCGCCTCCTTTAATCATACCAAGCATATTACTCATAGATTGATTGGATAATTGTTGATTACTTGAAATTTGATT                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD062679             [                                                                                                                                                                                                                                                                       TTAATCATACCAAGCATATTACTCATAGATTGATTGTATTATTGTTGATTACTTGAAATTTGATTGGCTGTAGATGATTGAGTTGTTATGACTACTGTTGATGATGATGATGATGACGATGATGATGTTGGTGGATTAAAACTAACTGTTGGATTTAATTTCTGTTGTGAGAGCATTGTTATAGGATTAGGTCTAGATGGTTTATTATATGACAGTTGTGGATTTGCTACAACATTATTTTCTG]




>consensus_5478#1
AATGATCTGAACGATATGGACGATTACTAAGATTATACACGGCATAAGCATCTTGAAAAC
GTGTATCTAGCATATTTTGCATCTCTTCAATAGAATTCACGTTAGCAAGCACTTCAAATC
CACTTTCAATGGGGAAAGATGTAACTGCTATACGTGAAGTGATAAACTGGAAATCAAGCT
CTGTATCCAACGTGGTAGAAACAGTTCCAATAACTTTAGTTGATGCATCTCGTATATTAC
GAATTAAATTGCCAGCGCCTCCTTTAATCATACCAAGCATATTACTCATAGATTGATTGG
ATAATTGTTGATTACTTGAAATTTGATTGGCTGTAGATGATTGAGTTGTTATGACTACTG
TTGATGATGATGATGATGACGATGATGATGTTGGTGGATTAAAACTAACTGTTGGATTTA
ATTTCTGTTGTGAGAGCATTGTTATAGGATTAGGTCTAGATGGTTTATTATATGACAGTT
GTGGATTTGCTACAACATTATTTTCTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5478#0      TATCTGTCACCTATATTATTGGAACTGTTTCTACCACGTTGAATACAGAGCTTGATTTCC 60
consensus_5478#1      ----AATGATCTGAACGATATGGACGATTACTA--AGATT--ATACACGGCATAAG---C 49
                            * * **  *  **  * **  ** ***  *  **  *****  ** * *    *

consensus_5478#0      AGTTTATCACTTCACGTATAGCAGGTTA-GTAATCGTTTATTATCCTACTCACTGTAATG 119
consensus_5478#1      ATCTTGAAAACGTGTATCTAGCATATTTTGCATCTCTTCAATAGAATTCACGTTAGCAAG 109
                      *  **   *       * *****  **  * *    ** * **   * * *  *   * *

consensus_5478#0      TA-TTAGTGTTAATATTTTATGGAGGGTTCTATAAGGTTCATACTTAACCTTCTCA--TT 176
consensus_5478#1      CACTTCAAATCCACTTTCAATGGGGAAAGATGTAACTGCTATACGTGAAGTGATAAACTG 169
                       * **    *  *  **  **** *     * ***     **** * *  *  * *  * 

consensus_5478#0      GTTGTTGCTAACTATTGCGAATTTGTTCAC----GTTTATGTAGTCTTAACAGCATCCAC 232
consensus_5478#1      GAAATCAAGCTCTGTATCCAACGTGGTAGAAACAGTTCCAATAACTTTAGTTG-ATGCAT 228
                      *   *      ** *  * **  ** *       ***    **   ***   * ** ** 

consensus_5478#0      GATCAGGTTTACATACAAAAGTGC-AGCGTTTCATAAAATTTGTATCCATCTACCCACCA 291
consensus_5478#1      CTCGTATATTACGAATTAAATTGCCAGCGCCTCCTTTAATC-ATACCAA---GCATATTA 284
                              ****  *  *** *** ****  ** *  ***   ** * *    *  *  *

consensus_5478#0      CCTTCAGTGTG-TTGTATAATCCCTCACTCACATAAGATCCCTGTTGGTAAAGTAAAGAA 350
consensus_5478#1      CTCATAGATTGATTGGATAATTGTTGATT-ACTTGAAATTTGATTGGCTGTAG--ATGAT 341
                      *    **  ** *** *****   * * * ** * * **     * * *  **  * ** 

consensus_5478#0      TAGCTCGCTGCCAG-ACATCTGATACCGTCAATAATTAAGTTTGGATTCATGTTTATTAT 409
consensus_5478#1      TGAGTTGTTATGACTACTGTTGATGATGATGATGATGACGATGATGATGTTGGTGGATTA 401
                      *   * * *   *  **   ****   *   ** ** * * *     *  ** *   *  

consensus_5478#0      GAATTCTCAATGGTGTTTTCTTTCTCCAGTGATGCTGTGATTGTATTTTTCTGGTTACA- 468
consensus_5478#1      AAACTAACTGTTGGATTTAATTTCTGTTGTGAGAGCATTGTTATAGGATTAGGTCTAGAT 461
                       ** *  *  * *  ***  *****   ****     *  ** **   **  *  ** * 

consensus_5478#0      -GTCAAATACATACCTAGTACGAATCTAATTTTCACTTGTTTTCTAACACCATTTTTCAG 527
consensus_5478#1      GGTTTATTATATGACAGTTGTGGATTTGCTACAACATTATTTTCTG-------------- 507
                       **  * ** **  *   *  * ** *  *      ** ******               

consensus_5478#0      CAAGA 532
consensus_5478#1      -----