Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 5487 cluster # 5487       Sequences # 3       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5487#0 length = 1003 sequences # 3  
consensusID : consensus_5487#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1003
fasta sequence 
                              [AGCCATATTCGGCACGACGTGAATAAAGCTCCCGTCATCTGGCCAGCAACTAAACGTACAGCGTTATGCTTTCGACCTAGATCGGGTCCTTTATTTAATGATTGTAATGCTAAAAATGGGAATCCTTTCAAAGAATTTTGGGATAAATTTAATGTCAGTTTCACAGGCTCTAGTTTCTATTTTCCTCTAAGTACAGATGATCCAAAAGAGGAGTGGGATCAGTTATTTCCTCCAGAAACTTACCCAGTTCTTGCATTCATTGGACCACCTTCGTCTTTCCCTGTTCGTCCTGAAAACCGTGTATTTCATCGTTATTTAGAGTGGAATAGTCATATTAATCTAGCCACTGAGGATTTTATAAATCGATGGTTAAATAAACCTGTAGTTGGAGTCCATTTACGGAATGGAGGGGATTTCTTAAATGCTTGCTCCCATTTAAAAAGTGGTTTACGTATCTTGTTCTCAAGCGCTCAGTGCCATGGTGATTTTAATGAACTGCCTCCTTACAAAGTAACAGAAGGTATGTGCATCCCCTCAAAAGAATTAGTTCTTCAAACAATTTCGTACGGTGTTCGTTTAATTAAAGCAAAAAGTATATATGTATCTACTGATAATGATCCTATGTTGTCATTAATTCGCCGTCACTTTAGTAATACAACTGTAAAACGTGTTGTGTGGGAACCTAATCGAAAACCTGAAGAAGATTTGGCATTGTTGGGGCGAATCGATTTAGCTATCCTCAATTGTGTGTCGACTTACTCTGCTGCGGTGAAACGTGAACGGGATGCGAAGAATTTACCCAGCATGTTTTTCCGATTAACNTATTG-AAATCAAAGAGGCTTGGAAGTATTGTNGC-ATT-CACAAGTAAAGCTACCAACTACTGGTGGGTC-AAACTGTACAAAAAATGAGTTCTTAGTGTATCATGAATATTTTAGTTTTTTTCTATTTCTTAGATTGGATTTATCGCTTGGTAACTTCATTATCACTATANAACTTGCATTTA]

[+] EMBL CD081593             [AGCCATATTCGGCACGACGTGAATAAAGCTCCCGTCATCTGGCCAGCAACTAAACGTACAGCGTTATGCTTTCGACCTAGATCGGGTCCTTTATTTAATGATTGTAATGCTAAAAATGGGAATCCTTTCAAAGAATTTTGGGATAAATTTAATGTCAGTTTCACAGGCTCTAGTTTCTATTTTCCTCTAAGTACAGATGATCCAAAAGAGGAGTGGGATCAGTTATTTCCTCCAGAAACTTACCCAGTTCTTGCATTCATTGGACCACCTTCGTCTTTCCCTGTTCGTCCTGAAAACCGTGTATTTCATCGTTATTTAGAGTGGAATAGTCATATTAATCTAGCCACTGAGGATTTTATAAATCGATGGTTAAATAAACCTGTAGTTGGAGTCCATTTACGGAATGGAGGGGATTTCTTAAATGCTTGCTCCCATTTAAAAAGTGGTTTACGTATCTTGTTCTCAAGCGCTCAGTGCCATGGTGATTTTAATGAACTGCCTCCTTACAAAGTAACAGAAGGTATGTGCATCCCCTCAAAAGAATTAGTTCTTCAAACAATTTCGTACGGTGTTCGTTTAATTAAAGCAAAAAGTATATATGTATCTACTGATAATGATCCTATGTTGTCATTAATTCGCCGTCACTTTAGTAATACAACTGTAAAACGTGTTGTGTGGGAACCTAATCGAAAACCTGAAGAAGATTTGGCATTGTTGGGGCGAATCGATTTAGCTATCCTCAATTGTGTGTCGACTTACTCTGCTGCGGTGAAACGTGAACGGGATGCGAAGAATTTACCCAGCATGTTTTTCCGATTAACNTATTG AAATCAAAGAGGCTTGGAAGTATTGTNGC ATT CACAAGTAAAGCTACCAACTACTGGTGGGTC AAACTGTACAAAAAATGAGTTCTTAGTGTATCATGAATATTTTAGTTTTTTTCTATTTCTTAGATTGGATTTATCGCTTGGTAACTTCATTATCACTATANAACTTGCATTT ]
[-] EMBL CD075417             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTTTATAAATCGATGGTTAAATAAACCTGTAGTTGGAGTCCATTTACGGAATGGAGGGGATTTCTTAAATGCTTGCTCCCATTTAAAAAGTGGTTTACGTATCTTGTTCTCAAGCGCTCAGTGCCATGGTGATTTTAATGAACTGCCTCCTTACAAAGTAACAGAAGGTATGTGCATCCCCTCAAAAGAATTAGTTCTTCAAACAATTTCGTACGGTGTTCGTTTAATTAAAGCAAAAAGTATATATGTATCTACTGATAATGATCCTATGTTGTCATTAATTCGCCGTCACTTTAGTAATACAACTGTAAAACGTGTTGTGTGGGAACCTAATCGAAAACCTGAAGAAGATTTGGCATTGTTGGGGCGAATCGATTTAGCTATCCTCAATTGTGTGTCGACTTACTCTGCTGCGGTGAAACGTGAACGGGATGCGAAGAATTTACCCAGCATGTTTTTCGGATTAAC TATTGAAAATCAAAGAGGCTTGGAAGTATTGT GCAATTCCACAAGTAAAGCTACCAACTACTGGT GGTCAAAACTGTACAAAAAATGAGTTCTTAGTGTATCATGAATATTTTAGTTTTTTTCTATTTCTTAGATTGTATTATTCGCTTGTTAACTTCATTATCACTATAAAACTTGCATTTA]
[+] EMBL CD180139             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTCTTAAATGCTTGCTCCCATTTAAAAAGTGGTTTACGTATCTTGTTCTCAAGCGCTCAGTGCCATGGTGATTTTAATGAACTGCCTCCTTACAAAGTAACAGAAGGTATGTGCATCCCCTCAAAAGAATTAGTTCTTCAAACAATTTCGTACGGTGTTCGTTTAATTAAAGCAGAAAGTATATATGTATCTACTGATAATGATCCTATGTTGTCATTAATTCGCCGTCACTTTAGTAATACAACTGTAAAACGTGTTGTGTGGGAACCTAATCGAAAACCTGAAGAAGATTTGGCATTGTTAGGGCGAATCGATTTAGCTATCCTCAATTGTGTGTCGACTTACTCTGCTGCGGTGATACGTGAACGGGATGCGAAGAATTTACCCAGTATGTTTTTTCGATTAACt                                                                                                                                                                                         ]




>consensus_5487#0
AGCCATATTCGGCACGACGTGAATAAAGCTCCCGTCATCTGGCCAGCAACTAAACGTACA
GCGTTATGCTTTCGACCTAGATCGGGTCCTTTATTTAATGATTGTAATGCTAAAAATGGG
AATCCTTTCAAAGAATTTTGGGATAAATTTAATGTCAGTTTCACAGGCTCTAGTTTCTAT
TTTCCTCTAAGTACAGATGATCCAAAAGAGGAGTGGGATCAGTTATTTCCTCCAGAAACT
TACCCAGTTCTTGCATTCATTGGACCACCTTCGTCTTTCCCTGTTCGTCCTGAAAACCGT
GTATTTCATCGTTATTTAGAGTGGAATAGTCATATTAATCTAGCCACTGAGGATTTTATA
AATCGATGGTTAAATAAACCTGTAGTTGGAGTCCATTTACGGAATGGAGGGGATTTCTTA
AATGCTTGCTCCCATTTAAAAAGTGGTTTACGTATCTTGTTCTCAAGCGCTCAGTGCCAT
GGTGATTTTAATGAACTGCCTCCTTACAAAGTAACAGAAGGTATGTGCATCCCCTCAAAA
GAATTAGTTCTTCAAACAATTTCGTACGGTGTTCGTTTAATTAAAGCAAAAAGTATATAT
GTATCTACTGATAATGATCCTATGTTGTCATTAATTCGCCGTCACTTTAGTAATACAACT
GTAAAACGTGTTGTGTGGGAACCTAATCGAAAACCTGAAGAAGATTTGGCATTGTTGGGG
CGAATCGATTTAGCTATCCTCAATTGTGTGTCGACTTACTCTGCTGCGGTGAAACGTGAA
CGGGATGCGAAGAATTTACCCAGCATGTTTTTCCGATTAACNTATTGAAATCAAAGAGGC
TTGGAAGTATTGTNGCATTCACAAGTAAAGCTACCAACTACTGGTGGGTCAAACTGTACA
AAAAATGAGTTCTTAGTGTATCATGAATATTTTAGTTTTTTTCTATTTCTTAGATTGGAT
TTATCGCTTGGTAACTTCATTATCACTATANAACTTGCATTTA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)