cluster # 5491

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Schistosoma mansoni
cluster # 5491 cluster # 5491 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5491#0 length = 621 sequences # 2

consensus_5491#1 length = 610 sequences # 1

consensusID : consensus_5491#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 621
fasta sequence

                              [GAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGTAACTC-AGCTTAACTATTGCTGTACTGGTAAGTTTACATGAAATATTAAAAGTGGGTTTTGTGGAGATATTTTTAACTATATAAAGTTACATGAAATAATTTGATTAATGCATTTAATATTATTCTATTTAAAACGTTTTGTAAATTTGTGAAATATTCATATTGTGACAATTAAAGCTTGGTCTACTGATTGAGGATCGATGAAAAAAACCACAGTAGTTTCGTTTTAAGCATGAAATCTATATTGTAGAAAAGGAGGTTAAACTGTTTTGTAGGTGTCATGTGTGACGATCTTCAGACCTCACCTAATTTTATCAATCGTGATATACGTACATTTCATACTCTTCGATACTTATATACAAATTGTAAATAATAGAAGATCAGTACCATCTTATTTCGAGATTATTCGGAAAATTACAATAAATATAACACTTATTCTCAGCATCCATTAGTTGTTGCTCTACGGATGGTTGTTTCGCTTTCCTGGTATCGAGTCAATGCATTTTTAGAATTAGTCAAATGCTCTGAATTGTCAGAGTAACTATTGAAGATATTAGCTGTTCTTAGCTCTGGTTGCTTTATGAN]

[+] EMBL CD129851             [GAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGTAACTC AGCTTAACTATTGCTGTACTGGTAAGTTTACATGAAATATTAAAAGTGGGTTTTGTGGAGATATTTTTAACTATATAAAGTTACATGAAATAATTTGATTAATGCATTTAATATTATTCTATTTAAAACGTTTTGTAAATTTGTGAAATATTCATATTGTGACAATTAAAGCTTGGTCTACTGATTGAGGATCGATGAAAAAAACCACAGTAGTTTCGTTTTAAGCATGAAATCTATATTGTAGAAAAGGAGGTTAAACTGTTTTGTAGGTGTCATGTGTGACGATCTTCAGACCTCACCTAATTTTATCAATCGTGATATACGTACATTTCATACTCTTCGATACTTATATACAAATTGTAAATAATAGAAGATCAGTACCATCTTATTTCGAGATTATTCGGAAAATTACAATAAATATAACACTTATTCTCAGCATCCATTAGTTGTTGCTCTACGGATGGTTGTTTCGCTTTCCTGGTATCGAGTCAATGCATTTTTAGAATTAGTCAAATGCTCTGAATTGTCAGAGTAACTATTGAAGATATTAGCTGTTCTTAGCTCTGGTTGCTTTATGAN]
[+] EMBL CD129869             [GAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGCAACTCAAGCTTAACTATTGCTGTACTGGTAAGTTTACATGAAATATTAAAAGTGGGTTTTGTGGAGATATTTTTAACTACATAAAATTACATGAAATAATTTGATTAATGCATTTAATATTATTCTATTTAAAACGTTTTGTAAATTTGTGAAATATTCATATTGTGACAATTAAAGCTTGGTCTACTGATTGAGGATCGATGAAAAAAACCACAGTAGTTTCGTTTTAAGCATGAAATCTATATTGTAGAAAAGGAGGTTAAACTGTTTTGTAGGTGTCATGTGTGACGATCTTCAGACCTCACCTAATTTTATCAATCGTGATATACTTACATTTCATACTCTTCGATACTTATATACAAATTGTAAATAATAGAAGATCAGTACCATCTTATTTCGAGATTATTCGGAAAATTACAATAAATATAACACTTATTCTCAGCATCCATTAGTTGTTGCTCTACGGATGGTTGTTTCGCTTTCCTGGTATCGAGTCAATGCATTTT                                                                               ]




>consensus_5491#0
GAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGTAACTCAGCTTAACTATTGCTGTA
CTGGTAAGTTTACATGAAATATTAAAAGTGGGTTTTGTGGAGATATTTTTAACTATATAA
AGTTACATGAAATAATTTGATTAATGCATTTAATATTATTCTATTTAAAACGTTTTGTAA
ATTTGTGAAATATTCATATTGTGACAATTAAAGCTTGGTCTACTGATTGAGGATCGATGA
AAAAAACCACAGTAGTTTCGTTTTAAGCATGAAATCTATATTGTAGAAAAGGAGGTTAAA
CTGTTTTGTAGGTGTCATGTGTGACGATCTTCAGACCTCACCTAATTTTATCAATCGTGA
TATACGTACATTTCATACTCTTCGATACTTATATACAAATTGTAAATAATAGAAGATCAG
TACCATCTTATTTCGAGATTATTCGGAAAATTACAATAAATATAACACTTATTCTCAGCA
TCCATTAGTTGTTGCTCTACGGATGGTTGTTTCGCTTTCCTGGTATCGAGTCAATGCATT
TTTAGAATTAGTCAAATGCTCTGAATTGTCAGAGTAACTATTGAAGATATTAGCTGTTCT
TAGCTCTGGTTGCTTTATGAN

consensusID : consensus_5491#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 610
fasta sequence

                              [ATTAATCGCCCACGATTTGAGTCAAATTATACAAGCAATTTATTGTCATCAGACAATAATACAACACAACAACAACTGATTCGTTCATCAAATGATCGTCAGATAACAACTAATACGATATCAGAGATGAATCAAAGCCAACAATCATGTCAACAGTTCCCTAAACGTCATGCAATTTTAAGTGCAACAGATAGTTTGCGTTCACGTTCTATTGATGAATGCATGCCAAGTGGTAGTATTAACTCAAACACTGAACAACGATCAGGTAATGTTTTGAGTCAAACCAGAGACGAAACAGTCGATAGTCGGATTATGAATGGAACTGAGTTCGATGATGCCAGTGAGGATAAAAATCAAATTAATCATCAGGAACAGTTATTACCTAACCCCATTCAAACTGAACAAAAGACATCGACCGGAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGCAACTCAAGCTTTAACTATTGCTGTACTGACGACTTTGGTACGTTATACCACTGACGAGAACGAGTCAAGAGTACTATATGAATTTTTAGCAGATGCTTCTATGGTTTTTCCTCGAGTATTTCCTGTCATACATAGTTTATTGGATTCAAAAATTA]

[+] EMBL CD088883             [ATTAATCGCCCACGATTTGAGTCAAATTATACAAGCAATTTATTGTCATCAGACAATAATACAACACAACAACAACTGATTCGTTCATCAAATGATCGTCAGATAACAACTAATACGATATCAGAGATGAATCAAAGCCAACAATCATGTCAACAGTTCCCTAAACGTCATGCAATTTTAAGTGCAACAGATAGTTTGCGTTCACGTTCTATTGATGAATGCATGCCAAGTGGTAGTATTAACTCAAACACTGAACAACGATCAGGTAATGTTTTGAGTCAAACCAGAGACGAAACAGTCGATAGTCGGATTATGAATGGAACTGAGTTCGATGATGCCAGTGAGGATAAAAATCAAATTAATCATCAGGAACAGTTATTACCTAACCCCATTCAAACTGAACAAAAGACATCGACCGGAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGCAACTCAAGCTTTAACTATTGCTGTACTGACGACTTTGGTACGTTATACCACTGACGAGAACGAGTCAAGAGTACTATATGAATTTTTAGCAGATGCTTCTATGGTTTTTCCTCGAGTATTTCCTGTCATACATAGTTTATTGGATTCAAAAATTA]




>consensus_5491#1
ATTAATCGCCCACGATTTGAGTCAAATTATACAAGCAATTTATTGTCATCAGACAATAAT
ACAACACAACAACAACTGATTCGTTCATCAAATGATCGTCAGATAACAACTAATACGATA
TCAGAGATGAATCAAAGCCAACAATCATGTCAACAGTTCCCTAAACGTCATGCAATTTTA
AGTGCAACAGATAGTTTGCGTTCACGTTCTATTGATGAATGCATGCCAAGTGGTAGTATT
AACTCAAACACTGAACAACGATCAGGTAATGTTTTGAGTCAAACCAGAGACGAAACAGTC
GATAGTCGGATTATGAATGGAACTGAGTTCGATGATGCCAGTGAGGATAAAAATCAAATT
AATCATCAGGAACAGTTATTACCTAACCCCATTCAAACTGAACAAAAGACATCGACCGGA
GTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGCAACTCAAGCTTTAACTATTGCTGTA
CTGACGACTTTGGTACGTTATACCACTGACGAGAACGAGTCAAGAGTACTATATGAATTT
TTAGCAGATGCTTCTATGGTTTTTCCTCGAGTATTTCCTGTCATACATAGTTTATTGGAT
TCAAAAATTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5491#0      GAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGTAACTCAGCTTAACTATTGCTGTA 60
consensus_5491#1      --------ATTAATC-GCCCACGATTTGAGTCAAATTA-TACAAGCAATTTATTGTCAT- 49
                               ** ***     *   **  ** * ** **   **    *  *****   * 

consensus_5491#0      CTGGTAAGTTTACATGAAATATTAAAAGTGGGTTTTGTGGAGATATTTTTAACTATATAA 120
consensus_5491#1      CAGACAA--TAATACAACACAACAACAACTGATTC-GTTCATCAAATGATCGTCAGATAA 106
                      * *  **  * * *  * * *  ** *   * **  **  *   * *  *    * ****

consensus_5491#0      AGTTACATGAAATAATTTGATTAATGCATTTAATATTATTCT-ATTTAAAACGTTTTGTA 179
consensus_5491#1      ---CAACTAATACGATATCAGAGATGAATCAAAGCCAACAATCATGTCAACAGTTCCCTA 163
                          *  * * *  ** * *   *** **  **    *   * ** * **  ***   **

consensus_5491#0      AAT-TTGTGAAATATTCATATTGTGACAATTAAAGCTTG-GTCTACTGATTGAGGATCGA 237
consensus_5491#1      AACGTCATGCAATTTTAAG--TGCAACAGATA--GTTTGCGTTCACGTTCTATTGATGAA 219
                      **  *  ** *** ** *   **  ***  **  * *** **  **    *   ***  *

consensus_5491#0      TGAAAAAAACCACAGTAGTTTCGTTTTAAGCATGAAAT--CTATATTGTAGAAAAGGAGG 295
consensus_5491#1      TGCATGCCAA-GTGGTAGTATTAACTCAAACACTGAACAACGATCAGGTAATGTTTTGAG 278
                      ** *    *     ***** *    * ** **   **   * **   ***         *

consensus_5491#0      TTAAACT-GTTTTGTAGGTGTCATGTGT--GACGATCTTCAGACCTCACCT-AATTTTAT 351
consensus_5491#1      TCAAACCAGAGACGAAACAGTCGATAGTCGGATTATGAATGGAACTGAGTTCGATGATGC 338
                      * ****  *    * *   ***    **  **  **     ** ** *  *  **  *  

consensus_5491#0      CAATCGTGATATACGTACATTTCATACTCTTCGATACTTATATACAAATTGTAAATAA-- 409
consensus_5491#1      CAGTGAGGATAAAAATCAAATTAATCATCAGGAACAGTTATTACCTAACCCCATTCAAAC 398
                      ** *   **** *  *  * ** **  **    * * ****   * **    *   **  

consensus_5491#0      TAGAAGATCAGTACCATCTTATTTCGAGATTATTCGGAAAATTACAATAAATATAACACT 469
consensus_5491#1      TGAACAAAAGACATCGACCGGAGTTCTTCTTGATCCAAGTATCCTTACAGACGAAGCAAC 458
                      *  *  *     * *  *     *     **  **  *  **    * * *   * **  

consensus_5491#0      TATTCTCAGCATCCATTAGTTGTTGCTCTACGGATGG--TTGTTTCGCTTTCCTGGTATC 527
consensus_5491#1      T--------CAAGCTTTAACTATTGCTGTACTGACGACTTTGGTACGTTATACCACTGAC 510
                      *        **  * ***  * ***** *** ** *   *** * ** * * *   *  *

consensus_5491#0      GAGTCAATGCATTTTTAGAATTAGTCAAATGCTCTG-AATTGTCAGAGTAACTATTGA-- 584
consensus_5491#1      GAG--AACGAGTCAAGAGTACTATATGAATTTTTAGCAGATGCTTCTATGGTTTTTCCTC 568
                      ***  ** *  *    ** * **    ***  *  * *  **      *   * **    

consensus_5491#0      AGATATTAGCTGTTCTTAGC--TCTGGTTGCTTTATGAN--- 621
consensus_5491#1      GAGTATTTCCTGTCATACATAGTTTATTGGATTCAAAAATTA 610
                         ****  ****  *      * *  * * ** *  *