cluster # 5495

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Schistosoma mansoni
cluster # 5495 cluster # 5495 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5495#0 length = 297 sequences # 1

consensus_5495#1 length = 164 sequences # 2

consensusID : consensus_5495#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 297
fasta sequence

                              [TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTCCGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT]

[+] EMBL CD115455             [TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTCCGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT]




>consensus_5495#0
TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTC
CGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCC
GCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCC
GCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTT
GCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT

consensusID : consensus_5495#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 164
fasta sequence

                              [CACTCCTTGCTGTCCGCCAAAAAAATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCATTTTGCTGTCCGCCACTCCTAG]

[-] EMBL CD088871             [CACTCCTTGCTGTCCGCCAAAAAAATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCATTT                   ]
[-] EMBL CD115407             [                    cactcTGCTTTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCCTAG]




>consensus_5495#1
CACTCCTTGCTGTCCGCCAAAAAAATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTG
TCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTG
TCCGCCACTTTGCTGTCCGCCATTTTGCTGTCCGCCACTCCTAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5495#0      TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTC 60
consensus_5495#1      ----------------------------------------------CACTCCTTGCTGTC 14
                                                                     ** ** *******

consensus_5495#0      CGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCC 120
consensus_5495#1      CGCCAAAAAAA-----------TGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCC 63
                      *****                 ********  * **************************

consensus_5495#0      GCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCC 180
consensus_5495#1      GCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCC 123
                      ********************* *********************************** **

consensus_5495#0      GCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTT 240
consensus_5495#1      GCCACTTTGCTGTCCGCCATTTTG--------CTGTCCGCCACTCCTAG----------- 164
                      ****** ************ * **        ************* *             

consensus_5495#0      GCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT 297
consensus_5495#1      ---------------------------------------------------------