These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_5495#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 297 fasta sequence [TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTCCGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT] [+] EMBL CD115455 [TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTCCGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT] consensusID : consensus_5495#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 164 fasta sequence [CACTCCTTGCTGTCCGCCAAAAAAATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCATTTTGCTGTCCGCCACTCCTAG] [-] EMBL CD088871 [CACTCCTTGCTGTCCGCCAAAAAAATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCATTT ] [-] EMBL CD115407 [ cactcTGCTTTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCCTAG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_5495#0 TCCGCCACTCCGTGTGCCGCTCCCTTGCTGTCCGCCACTCCTAATCGACCCCATGCTGTC 60 consensus_5495#1 ----------------------------------------------CACTCCTTGCTGTC 14 ** ** ******* consensus_5495#0 CGCCACTCGCGCGCTGCTCCCTTGCTGTCCTTCTCTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCC 120 consensus_5495#1 CGCCAAAAAAA-----------TGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCC 63 ***** ******** * ************************** consensus_5495#0 GCCACTCTGCTGTCCGCCACTATGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGCCC 180 consensus_5495#1 GCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCCGCCACTTTGCTGTCC 123 ********************* *********************************** ** consensus_5495#0 GCCACTCTGCTGTCCGCCACTCTGCTGTCGTGCTGTCCGCCACTCGTGTGCCGCTCCCTT 240 consensus_5495#1 GCCACTTTGCTGTCCGCCATTTTG--------CTGTCCGCCACTCCTAG----------- 164 ****** ************ * ** ************* * consensus_5495#0 GCTGTCCGCCACTCTCAGTCCGCCACTCTGCTGTCCGTCACTTTGCTGTCCGCCACT 297 consensus_5495#1 --------------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||