cluster # 5550

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Schistosoma mansoni
cluster # 5550 cluster # 5550 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5550#0 length = 510 sequences # 1

consensus_5550#1 length = 443 sequences # 2

consensusID : consensus_5550#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 510
fasta sequence

                              [TTACAACGATCAAATAAAAACGAATCATTAATATAAATGAGTGATTAGTGACAAAGGCACTTTACAATTCACTTGACCAAATATATGTTAACTCAACACTATATCGTTTATGTAACATGTTGTATGTGGAGTGTCGGCTACCGCAAAACTGGATGAAATTACTGAGGCACATTTTATTCTTGTTTGATGTCATCAACTTGAATTTGTCCATAAGTTACAAAATTTCCTGCGTTTTATCAAGTTAATGATAATCAGTGACTTGGAGGTGTAAATGTTTGGCTTGTAATCAATGAATTTCGAATTTAAATATAATAAAGCCAATTTCAGTTTAATAAAACAACCTAACGCTGTTATTAATTAAATGCAATTAATAGTATTACTACCACTTATCGCTATAACTAAATGAATAAGATTAATAAACAACATACTGTGTAGATTGTGGGTTTTCGATCCATGAACGAAGTGATTCCAAGACAGTGTAAAATACCGACTTCCACATACCTTGTTCAA]

[+] EMBL CD202029             [TTACAACGATCAAATAAAAACGAATCATTAATATAAATGAGTGATTAGTGACAAAGGCACTTTACAATTCACTTGACCAAATATATGTTAACTCAACACTATATCGTTTATGTAACATGTTGTATGTGGAGTGTCGGCTACCGCAAAACTGGATGAAATTACTGAGGCACATTTTATTCTTGTTTGATGTCATCAACTTGAATTTGTCCATAAGTTACAAAATTTCCTGCGTTTTATCAAGTTAATGATAATCAGTGACTTGGAGGTGTAAATGTTTGGCTTGTAATCAATGAATTTCGAATTTAAATATAATAAAGCCAATTTCAGTTTAATAAAACAACCTAACGCTGTTATTAATTAAATGCAATTAATAGTATTACTACCACTTATCGCTATAACTAAATGAATAAGATTAATAAACAACATACTGTGTAGATTGTGGGTTTTCGATCCATGAACGAAGTGATTCCAAGACAGTGTAAAATACCGACTTCCACATACCTTGTTCAA]




>consensus_5550#0
TTACAACGATCAAATAAAAACGAATCATTAATATAAATGAGTGATTAGTGACAAAGGCAC
TTTACAATTCACTTGACCAAATATATGTTAACTCAACACTATATCGTTTATGTAACATGT
TGTATGTGGAGTGTCGGCTACCGCAAAACTGGATGAAATTACTGAGGCACATTTTATTCT
TGTTTGATGTCATCAACTTGAATTTGTCCATAAGTTACAAAATTTCCTGCGTTTTATCAA
GTTAATGATAATCAGTGACTTGGAGGTGTAAATGTTTGGCTTGTAATCAATGAATTTCGA
ATTTAAATATAATAAAGCCAATTTCAGTTTAATAAAACAACCTAACGCTGTTATTAATTA
AATGCAATTAATAGTATTACTACCACTTATCGCTATAACTAAATGAATAAGATTAATAAA
CAACATACTGTGTAGATTGTGGGTTTTCGATCCATGAACGAAGTGATTCCAAGACAGTGT
AAAATACCGACTTCCACATACCTTGTTCAA

consensusID : consensus_5550#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 443
fasta sequence

                              [TGAAGCGACTTCGTGATAGTTTATTTTTACTATTTGAAAGTGTAATAGTTGCAGACTTGGACTTTTGTAATACGGCACATGTTGAACAAGGCATGTGGAAGTCGGTATTTTACACTGTCTTGGAATCACTTCGTTCATGGATCGAAAACCCACAATCTACACAGTTAATCCCTAAAGTAGATAAGAATGAAGAGACTACAAAACTTCTCCAAAGTCAATTAGTTAACCTTATTCAAAAAATTTGTATATCTGAAGTGATTGATTTTGGATCAAATCAATTAGCCTCTCTACTTGAACGTATACAAAGCATACACCACATTCAACTTGGTCCATTATTATCAGATGGTAGACCACCTCCAGAAACGAAATCAAGAACTCGACGATTAGTCTATTTAAGTGCTCAAAAATTAATGTTATTCCTTGGTGATTTAGCTCGTTACAGG]

[+] EMBL CD180787             [TGAAGCGACTTCGTGATAGTTTATTTTTACTATTTGAAAGTGTAATAGTTGCAGACTTGGACTTTTGTAATACGGCACATGTTGAACAAGGCATGTGGAAGTCGGTATTTTACACTGTCTTGGAATCACTTCGTTCATGGATCGAAAACCCACAATCTACACAGTTAATCCCTAAAGTAGATAAGAATGAAGAGACTACAAAACTTCTCCAAAGTCAATTAGTTAACCTTATTCAAAAAATTTGTATATCTGAAGTGATTGATTTTGGATCAAATCAATTAGCCTCTCTACTTGAACGTATACAAAGCATACACCACATTCAACTTGGTCCATTATTATCAGATGGTAGACCACCTCCAGAAACGAAATCAAGAACTCGACGATTAGTCTATTTAAGTGCTCAAAAATTAATGTTATTCCTTGGTGATTTAGCTCGTTACAGG]
[+] EMBL CD193869             [                                                                                   GAACAAGGTATGTGGAAGTCGGTATTTTACACTGTCTTGGAATCACTTCGTTCATGGATCGAAAACCCACAATCTACACAGTTAATTCCTAAGGTAGATAAGAATGAAGAGACTACAAAACTTCTCCAAAGTCAATTAGTTAACCTTATTCAAAAAATTTGTATATCTGAAGTGATTGATTTTGGATCAAATCAATTAGCCTC                                                                                                                                                             ]




>consensus_5550#1
TGAAGCGACTTCGTGATAGTTTATTTTTACTATTTGAAAGTGTAATAGTTGCAGACTTGG
ACTTTTGTAATACGGCACATGTTGAACAAGGCATGTGGAAGTCGGTATTTTACACTGTCT
TGGAATCACTTCGTTCATGGATCGAAAACCCACAATCTACACAGTTAATCCCTAAAGTAG
ATAAGAATGAAGAGACTACAAAACTTCTCCAAAGTCAATTAGTTAACCTTATTCAAAAAA
TTTGTATATCTGAAGTGATTGATTTTGGATCAAATCAATTAGCCTCTCTACTTGAACGTA
TACAAAGCATACACCACATTCAACTTGGTCCATTATTATCAGATGGTAGACCACCTCCAG
AAACGAAATCAAGAACTCGACGATTAGTCTATTTAAGTGCTCAAAAATTAATGTTATTCC
TTGGTGATTTAGCTCGTTACAGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5550#0      TTACAACGATCAAATAAAAACGAATCATTAATATAAATGAGTGATTAGTGACAAAGGCAC 60
consensus_5550#1      -TGAAGCGACTTCGTGATAGTTTATTTTTACTATTTGAAAGT-----GTAATAGTTGCAG 54
                       *  * ***     * * *    **  *** ***     ***     ** * *   *** 

consensus_5550#0      TTTACAATTCACTTGACCAAATATATGTT-AACTCAACACTATATCGTTTATGTAACATG 119
consensus_5550#1      ACTTGGACTTTTGTAATACGGCACATGTTGAACAAGGCATGTGGAAGTCGGTATTTTACA 114
                        *   * *    * *      * ***** ***    **       **   * *   *  

consensus_5550#0      TTGTATGTGGAGTGTCGGCTACCGCAAAACTGGATGAAATTACTGAGGCACATTTTATTC 179
consensus_5550#1      CTGTCT-TGGAAT------CACTTCGTTCATGGATCGAA-----AACCCACAATCTACAC 162
                       *** * **** *       **  *     *****  **      *  **** * **  *

consensus_5550#0      TTGTTTGATGTCATCAACTTGAATTTGTCCATAAGTTACAAAATTTCCTGCGTTTTATCA 239
consensus_5550#1      --AGTTAATCCCTAAAGTAGATAAGAATGAAGAGACTACAAAACTTCTCCAAAGTCAATT 220
                          ** **  *   *      *    *  * *   ******* ***       * *   

consensus_5550#0      AGTTAATGATAATCAGTGACTTGGAGGTGTAAATGTTTGGCTTGTAATCAATGAATTTCG 299
consensus_5550#1      AGTTAACCTTATTCAA-------AAAATTTGTATATCTG------AAGTGATTGATTTTG 267
                      ******   ** ***         *  * *  ** * **      **   **  **** *

consensus_5550#0      AATTTAAATATAATAAAGCCAATTTCAGTTTAATAAAACAACCTAACGCTGTTATTAATT 359
consensus_5550#1      GATC-AAAT-CAATTAGCC---TCTCTACTTGAACGTATA---CAAAGC----ATACACC 315
                       **  ****  *** *  *   * **   ** *    * *    ** **    **  *  

consensus_5550#0      AAATGCAATTAATAGTATTACTACCACTTATCGCTATAACTAAATGAATAAGATTAATAA 419
consensus_5550#1      ACATTCAACTTGGTCCATTATTATCAGATGGTAGACCACCTCCAGAAACGAAATCAA-GA 374
                      * ** *** *      **** ** **  *        * **  *  **  * ** **  *

consensus_5550#0      ACAACATACTGTGTAGATTGTGGGTTTTCGATCCATGAACGAAGTGATTCCAAGACAGTG 479
consensus_5550#1      ACTCGACGATTAGTCTATT-TAAGTGCTCAAAA-ATTAATGTTATTCCTTGGTGATTTAG 432
                      **   *   *  **  *** *  **  ** *   ** ** *   *   *    **    *

consensus_5550#0      TAAAATACCGACTTCCACATACCTTGTTCAA 510
consensus_5550#1      CTCGTTACAGG-------------------- 443
                           *** *