cluster # 5690

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Schistosoma mansoni
cluster # 5690 cluster # 5690 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5690#0 length = 906 sequences # 1

consensus_5690#1 length = 795 sequences # 2

consensusID : consensus_5690#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 906
fasta sequence

                              [CTACAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGCTTGATTCATGTTCAACCATCATCTGGAAATAATACGGAATATCCGAAATTCTCAGAAATCGAAAGAATCAATCCAACGATATTACCAACTAACAAATCAGACAATTACATCAGTTGTTGTTTAGATTTAAAACTTTTGCAAATCAATTCCTGTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCATGGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATATTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTTGGTGTCTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTANGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTACCAGTATAAATATCATCTTATGTACAAGAGATANACAAAGTTTGACTTGTTGTGTGCTGTGCTATTGATCAGTTTTAAACAATTTAAAATGTGACTGAGTTTATTTGG]

[+] EMBL CD080861             [CTACAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGCTTGATTCATGTTCAACCATCATCTGGAAATAATACGGAATATCCGAAATTCTCAGAAATCGAAAGAATCAATCCAACGATATTACCAACTAACAAATCAGACAATTACATCAGTTGTTGTTTAGATTTAAAACTTTTGCAAATCAATTCCTGTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCATGGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATATTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTTGGTGTCTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTANGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTACCAGTATAAATATCATCTTATGTACAAGAGATANACAAAGTTTGACTTGTTGTGTGCTGTGCTATTGATCAGTTTTAAACAATTTAAAATGTGACTGAGTTTATTTGG]




>consensus_5690#0
CTACAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGCTTGATTCATGTTCAACCATCATCTGGAAATA
ATACGGAATATCCGAAATTCTCAGAAATCGAAAGAATCAATCCAACGATATTACCAACTA
ACAAATCAGACAATTACATCAGTTGTTGTTTAGATTTAAAACTTTTGCAAATCAATTCCT
GTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCAT
GGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATA
TTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATC
ATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTA
ATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGA
TTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCC
GTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATT
TCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTAT
ATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTTGGTGTCTAAATAAAATT
TCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTANGTGAG
CCTCATAGTTTATCTGTACCAGTATAAATATCATCTTATGTACAAGAGATANACAAAGTT
TGACTTGTTGTGTGCTGTGCTATTGATCAGTTTTAAACAATTTAAAATGTGACTGAGTTT
ATTTGG

consensusID : consensus_5690#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 795
fasta sequence

                              [CAGGCCAGAATTCGGCACGAGGATTCCTGTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCATGGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATATTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTGGTGTCTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTAGGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTAACCAGTATAAATAATCAATCTATATGTACAAAAGAGAATAANAACANATGTTTTGTACTTGTNTGTTGGTGCTGGTGCTCAGTTGATTCAAGTTTTTT-AAACANAATTTTC-AAAAATAGTGTACATGAAAGTTATTA-TTTGTGCATTATA]

[+] EMBL CD079901             [CAGGCCAGAATTCGGCACGAGGATTCCTGTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCATGGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATATTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTGGTGTCTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTAGGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTAACCAGTATAAATAATCAATCTATATGTACAAAAGAGAATAANAACANATGTTTTGTACTTGTNTGTTGGTGCTGGTGCTCAGTTGATTCAAGTTTTTT AAACANAATTTTC AAAAATAGTGTACATGAAAGTTATTA TTTGTGCATTAT ]
[-] EMBL CD074098             [                                                                                                                                                                                                        TGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCATTTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATTTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTGGTGTTTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTTTATTATGCGGTTTAGGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTAACCAGTATAAATAATCAATCTATATGTACAAAAGAGAATAAAAACAAATGTTTTGTACTTGT TGTTGGTGCTGGTGCTCAGTTGATTCAAGTTTTTTAAAACAAAATTTTCAAAAAATAGTGTACATG AAGTTATTATTTTGTGCATTATA]




>consensus_5690#1
CAGGCCAGAATTCGGCACGAGGATTCCTGTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGT
GGGGAATTACATGGATGGATTATACCATGGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGAT
AACAACCAATGTACCAGTGAACCATATATTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATA
TTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATCATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCG
TTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTAATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACT
TTATCTGACACTAACACAATCTCAACGATTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATT
CGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCCGTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCT
CAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATTTCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCT
AATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTATATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGA
TTAATTCTTTGGTGTCTAAATAAAATTTCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAA
TATTTTCTATTATGCGGTTTAGGTGAGCCTCATAGTTTATCTGTAACCAGTATAAATAAT
CAATCTATATGTACAAAAGAGAATAANAACANATGTTTTGTACTTGTNTGTTGGTGCTGG
TGCTCAGTTGATTCAAGTTTTTTAAACANAATTTTCAAAAATAGTGTACATGAAAGTTAT
TATTTGTGCATTATA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5690#0      CTACAGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGCTTGATTCATGTTCAACCATCATCTGGAAATA 60
consensus_5690#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5690#0      ATACGGAATATCCGAAATTCTCAGAAATCGAAAGAATCAATCCAACGATATTACCAACTA 120
consensus_5690#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5690#0      ACAAATCAGACAATTACATCAGTTGTTGTTTAGATTTAAAACTTTTGCAAATCAATTCCT 180
consensus_5690#1      ------------------------------CAGGCC--AGAATTCGGCACGAGGATTCCT 28
                                                     **     * * **  ***     ******

consensus_5690#0      GTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCAT 240
consensus_5690#1      GTCAGATTTCTTTTGCTATTTCGAATTCTCGTGGGGAATTACATGGATGGATTATACCAT 88
                      ************************************************************

consensus_5690#0      GGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATA 300
consensus_5690#1      GGTGTCCTGTGAGAGGTTCTGGTTTTGCTGATAACAACCAATGTACCAGTGAACCATATA 148
                      ************************************************************

consensus_5690#0      TTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATC 360
consensus_5690#1      TTCATCACCAAGACAACGATATTGATGGAATATTTGGTCTTCGTCTAGATTCTGCCTATC 208
                      ************************************************************

consensus_5690#0      ATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTA 420
consensus_5690#1      ATTGGATGTTGAACTGTCAACCAATTCCACCGTTTCATATACAAAACCAATTGGCTTTTA 268
                      ************************************************************

consensus_5690#0      ATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGA 480
consensus_5690#1      ATTGTATAACTTCGCCGATAATAGAGGTTACTTTATCTGACACTAACACAATCTCAACGA 328
                      ************************************************************

consensus_5690#0      TTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCC 540
consensus_5690#1      TTATTGTGGTTGGTGGGGATGATGGTAGTATTCGTATTGCACAGGTTCCCTTGAATATCC 388
                      ************************************************************

consensus_5690#0      GTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATT 600
consensus_5690#1      GTCATTCGTCAAAGTCTGATGTAACATATCCTCAGTGGTCCGCTTCGTGTGTAAGACATT 448
                      ************************************************************

consensus_5690#0      TCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTAT 660
consensus_5690#1      TCAGTAGTGTTGTGAAAATTGCTACATGTCCTAATTTAGAATTGACGAACGAGTTTTTAT 508
                      ************************************************************

consensus_5690#0      ATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTTTGGTGTCTAAATAAAATT 720
consensus_5690#1      ATTATTTCCTAAGTTTGGCTTCAGATCAACGATTAATTCTTT-GGTGTCTAAATAAAATT 567
                      ****************************************** *****************

consensus_5690#0      TCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTANGTGAG 780
consensus_5690#1      TCATCCTGTGATTTCCAGTTAAATCCAATGAAATATTTTCTATTATGCGGTTTAGGTGAG 627
                      ****************************************************** *****

consensus_5690#0      CCTCATAGTTTATCTGTA-CCAGTATAAATATC--ATCT-TATGTACAAGAGATAN--AC 834
consensus_5690#1      CCTCATAGTTTATCTGTAACCAGTATAAATAATCAATCTATATGTACAAAAGAGAATAAN 687
                      ****************** ************    **** ********* *** *   * 

consensus_5690#0      AAAGTTTGACTTGT---TGTGTGCTG-TGCTATTGATCAGTT--TTAAACAATTTAAAAT 888
consensus_5690#1      AACANATGTTTTGTACTTGTNTGTTGGTGCTGGTGCTCAGTTGATTCAAGTTTTTTAAAC 747
                      **    **  ****   *** ** ** ****  ** ******  ** **   *** *** 

consensus_5690#0      GTGACTG--------AGTTTATTTGG---------------------- 906
consensus_5690#1      ANAATTTTCAAAAATAGTGTACATGAAAGTTATTATTTGTGCATTATA 795
                         * *         *** **  **