cluster # 5933

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Schistosoma mansoni
cluster # 5933 cluster # 5933 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5933#0 length = 731 sequences # 1

consensus_5933#1 length = 600 sequences # 2

consensusID : consensus_5933#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 731
fasta sequence

                              [CGAGGTCTTAATTTTTCACTGACCGATTAGTGGGTATTTAACCATGTTTCCTAAGATTAATCTCAAGTCATCAACGATTAAGTAAACTTAATCATGAATTAGAAGAGAGACTATTAGATACTATTGAGAAATCTAGTACAGAAATTCAACAATTAACTGAAGAATTGGAATCAACTAAACACTCTTTAAGAACAGCACAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTNTTAACCTAATGTTAATTTTCTGTTTTCTATTCAGTGCAGATAGTTNTATTTCTTTTTACTGGCGTNCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCNAATGCAATNA]

[+] EMBL CD080900             [CGAGGTCTTAATTTTTCACTGACCGATTAGTGGGTATTTAACCATGTTTCCTAAGATTAATCTCAAGTCATCAACGATTAAGTAAACTTAATCATGAATTAGAAGAGAGACTATTAGATACTATTGAGAAATCTAGTACAGAAATTCAACAATTAACTGAAGAATTGGAATCAACTAAACACTCTTTAAGAACAGCACAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTNTTAACCTAATGTTAATTTTCTGTTTTCTATTCAGTGCAGATAGTTNTATTTCTTTTTACTGGCGTNCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCNAATGCAATNA]




>consensus_5933#0
CGAGGTCTTAATTTTTCACTGACCGATTAGTGGGTATTTAACCATGTTTCCTAAGATTAA
TCTCAAGTCATCAACGATTAAGTAAACTTAATCATGAATTAGAAGAGAGACTATTAGATA
CTATTGAGAAATCTAGTACAGAAATTCAACAATTAACTGAAGAATTGGAATCAACTAAAC
ACTCTTTAAGAACAGCACAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTGTCA
AATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCAC
CACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCACATGGTGCA
CATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCA
CCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAAAGT
TCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACA
TCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGC
ATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTNTTAACCTAATGTTAATTTTCTGTTTTCTA
TTCAGTGCAGATAGTTNTATTTCTTTTTACTGGCGTNCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCC
NAATGCAATNA

consensusID : consensus_5933#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 600
fasta sequence

                              [AACAGCACAACAGACATTAAATTCTATCGTAGAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATCTTAGCAACGGAGATTGCTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTTTTAACCTAATGTTAATTTCTGTTTTCTATTTATTCTTTATCTGTGATATTTATATTTACGTATGTTCAGTGCAGATAGTTTTATTTCTTTTTACTGGCGTCCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCAAATGCAATTAA]

[-] EMBL CD074732             [AACAGCACAACAGACATTAAATTCTATCGTAGAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATCTTAGCAACGGAGATTGCTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTTTTAACCTAATGTTAATTTCTGTTTTCTATTTATTCTTTATCTGTGATATTTATATTTACGTATGTTCAGTGCAGATAGTTTTATTTCTTTTTACTGGCGTCCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCAAATGCAATTAA]
[+] EMBL CD113508             [                   AATTCTATCGTAGAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTACTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATCTTAGCAACGGAGATTGCTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCCCAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTTTTAACCTAATGTTAATTTCTGTTNTCTATT                                                                                                          ]




>consensus_5933#1
AACAGCACAACAGACATTAAATTCTATCGTAGAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTG
TATTTCTGCTGTCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACC
AATTGAATCCCCACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATCTTAGCAACGGAGATTG
CTCACATGGTGCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTT
ACCGACATTTCCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGT
ATCACAAAAAAGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAAC
AACAGTAGTCACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGA
TTTGTAGTTCTGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTTTTAACCTAATGTTAAT
TTCTGTTTTCTATTTATTCTTTATCTGTGATATTTATATTTACGTATGTTCAGTGCAGAT
AGTTTTATTTCTTTTTACTGGCGTCCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCAAATGCAATTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5933#0      CGAGGTCTTAATTTTTCACTGACCGATTAGTGGGTATTTAACCATGTTTCCTAAGATTAA 60
consensus_5933#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5933#0      TCTCAAGTCATCAACGATTAAGTAAACTTAATCATGAATTAGAAGAGAGACTATTAGATA 120
consensus_5933#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5933#0      CTATTGAGAAATCTAGTACAGAAATTCAACAATTAACTGAAGAATTGGAATCAACTAAAC 180
consensus_5933#1      -------------------------------------------------AACAGCACAAC 11
                                                                       * ** *  ***

consensus_5933#0      ACTCTTTAAGA---ACAGCACAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTG 237
consensus_5933#1      AGACATTAAATTCTATCGTAGAGGAAAGGGATCGTTGTAAAGAAGATTGTATTTCTGCTG 71
                      *  * ****     *  * * ***************************************

consensus_5933#0      TCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCC 297
consensus_5933#1      TCAAATTGCTTCAGGAAAACCCAAATCAATTCATATCTGAATTGCCACCAATTGAATCCC 131
                      ************************************************************

consensus_5933#0      CACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCACATGGT 357
consensus_5933#1      CACCACCCGATAAAATTCATATATTAACAAATCTTAGCAACGGAGATTGC-TCACATGGT 190
                      ********************************                   *********

consensus_5933#0      GCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTT 417
consensus_5933#1      GCACATAACTCACCGTTCTCCAGTTCTGCTTCTATTTTTTCAACATTTTTACCGACATTT 250
                      ************************************************************

consensus_5933#0      CCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAA 477
consensus_5933#1      CCACCTGTTGGACTTTTTACTGGCATACAGATGGAGAATAATTTGCAAGTATCACAAAAA 310
                      ************************************************************

consensus_5933#0      AGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTC 537
consensus_5933#1      AGTTCTTCGAATAATACCTATGATCGTAACATTAATTCGTTGAATAAAACAACAGTAGTC 370
                      ************************************************************

consensus_5933#0      ACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTC 597
consensus_5933#1      ACATCTGCTGTTAACTGTACATCCTCATGCAAATCTAGTGGTATAATTGATTTGTAGTTC 430
                      ************************************************************

consensus_5933#0      TGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTNTTAACCTAATGTTAATTTTCTGTTTT 657
consensus_5933#1      TGCATGTGTTTTTCTTGAACTAATTTTTTAATTTTTAACCTAATGTTAATTT-CTGTTTT 489
                      ********************************* ****************** *******

consensus_5933#0      CTATT------------------------------------CAGTGCAGATAGTTNTATT 681
consensus_5933#1      CTATTTATTCTTTATCTGTGATATTTATATTTACGTATGTTCAGTGCAGATAGTTTTATT 549
                      *****                                    ************** ****

consensus_5933#0      TCTTTTTACTGGCGTNCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCNAATGCAATNA- 731
consensus_5933#1      TCTTTTTACTGGCGTCCAGTCTCCTTTTTTATGTTTGCCAAATGCAATTAA 600
                      *************** *********************** ******** *