cluster # 6007

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Schistosoma mansoni
cluster # 6007 cluster # 6007 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6007#0 length = 961 sequences # 2

consensus_6007#1 length = 657 sequences # 1

consensusID : consensus_6007#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 961
fasta sequence

                              [TTCAAAAGAGCACANATTTTACCCCAAGTTTTTATTTCCCACTTGGAAAGACCTTAAATGTCATTGGTTCGTTTCCTCTTTTAGTACACTATTTTGTGACATTTCCTAAGAACATTTTTGCGCTGCATATATACTCATGAGTTGTGTGCTTGTTCTTTCGTGCTTCCGACTGCTTGTGGAATATGCATTTCCCTCGGCTAAATCTGGCCTTCTCCCTCTAGTTATTAGAGCAGGAGCTCAGTGAAATAGCTTAACTTGTCTTGTTGTGTTGCTGACTTTCGTTTCGTTCTCCGGTCTTAGATGATATCTTAATCTCTCCAAACGTAGTACTCATCTCTTGATCTCAATGTTTAGTGTTAGTTTTACGCCACGACAATTTAATCCGAAATATTTAGTCACTGACCAATCATAGATTGGATTATTAATAACAGGCATTATTCAAAAGCCAATTACTGTCACCAGCTGACCTTTACATGATCAGCCTTTTACCGCATTTACTGACAAAATAGCTGTGTAATGATTGTTATGAACTGTAACCATTGCATCTATTTCACTCTTCAATGCATTACTCTTTAGTAGTATGTTAAGTTTGGACTTTT-ATTGACATTATCAAGATACTCACTACTTTATAGTTGACTTGAAGTATTTTTAAATATAAATGC-AATAATGTGACAATTCTTCTACTATCATAGTTTTGCTCTCCTTTTTGTTATTAACTTTAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCAACAATAAAACAT]

[+] EMBL CD081128             [TTCAAAAGAGCACANATTTTACCCCAAGTTTTTATTTCCCACTTGGAAAGACCTTAAATGTCATTGGTTCGTTTCCTCTTTTAGTACACTATTTTGTGACATTTCCTAAGAACATTTTTGCGCTGCATATATACTCATGAGTTGTGTGCTTGTTCTTTCGTGCTTCCGACTGCTTGTGGAATATGCATTTCCCTCGGCTAAATCTGGCCTTCTCCCTCTAGTTATTAGAGCAGGAGCTCAGTGAAATAGCTTAACTTGTCTTGTTGTGTTGCTGACTTTCGTTTCGTTCTCCGGTCTTAGATGATATCTTAATCTCTCCAAACGTAGTACTCATCTCTTGATCTCAATGTTTAGTGTTAGTTTTACGCCACGACAATTTAATCCGAAATATTTAGTCACTGACCAATCATAGATTGGATTATTAATAACAGGCATTATTCAAAAGCCAATTACTGTCACCAGCTGACCTTTACATGATCAGCCTTTTACCGCATTTACTGACAAAATAGCTGTGTAATGATTGTTATGAACTGTAACCATTGCATCTATTTCACTCTTCAATGCATTACTCTTTAGTAGTATGTTAAGTTTGGACTTTT ATTGACATTATCAAGATACTCACTACTTTATAGTTGACTTGAAGTATTTTTAAATATAAATGC AATAATGTGACAATTC                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD074951             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAGTACTCATCTCTTGATCTCAATGTTTAGTGTTAGTTTTACGCCACGACAATTTAATCCGAAATATTTAGTCACTGACCAATCATAGATTGGATTATTAATAACAGGCATTATTCAAAAGCCAATTACTGTCACCAGCTGACCTTTACATGATCAGCCTTTTACCGCATTTACTGACAAAATAGCTGTGTAATGATTGTTATGAACTGTAACCATTGCATCTATTTCACTCTTCAATGCATTACTCTTTAGTAGTATGTTAAGTTTGGACTTTTAATTGACATTATCAAGATACTCACTACTTTATAGTTGACTTGAAGTATTTTTAAATAT AATGCAAATAATGTGACAATTCTTCTACTATCATAGTTTTGCTCTCCTTTTTGTTATTAACTTTAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCAACAATAAAACAT]




>consensus_6007#0
TTCAAAAGAGCACANATTTTACCCCAAGTTTTTATTTCCCACTTGGAAAGACCTTAAATG
TCATTGGTTCGTTTCCTCTTTTAGTACACTATTTTGTGACATTTCCTAAGAACATTTTTG
CGCTGCATATATACTCATGAGTTGTGTGCTTGTTCTTTCGTGCTTCCGACTGCTTGTGGA
ATATGCATTTCCCTCGGCTAAATCTGGCCTTCTCCCTCTAGTTATTAGAGCAGGAGCTCA
GTGAAATAGCTTAACTTGTCTTGTTGTGTTGCTGACTTTCGTTTCGTTCTCCGGTCTTAG
ATGATATCTTAATCTCTCCAAACGTAGTACTCATCTCTTGATCTCAATGTTTAGTGTTAG
TTTTACGCCACGACAATTTAATCCGAAATATTTAGTCACTGACCAATCATAGATTGGATT
ATTAATAACAGGCATTATTCAAAAGCCAATTACTGTCACCAGCTGACCTTTACATGATCA
GCCTTTTACCGCATTTACTGACAAAATAGCTGTGTAATGATTGTTATGAACTGTAACCAT
TGCATCTATTTCACTCTTCAATGCATTACTCTTTAGTAGTATGTTAAGTTTGGACTTTTA
TTGACATTATCAAGATACTCACTACTTTATAGTTGACTTGAAGTATTTTTAAATATAAAT
GCAATAATGTGACAATTCTTCTACTATCATAGTTTTGCTCTCCTTTTTGTTATTAACTTT
AGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAG
AGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTG
GTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTC
AAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCAACAATAAAACA
T

consensusID : consensus_6007#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 657
fasta sequence

                              [GCATCCGATAAGTCATTCAGTTCTATCTGCTTGTATCGCAGAAATCGTTGCTTGTATTATAAGAGTACCCTGTGAAGTGGTGAAACAGAGAACGCAAAATCAGCCTGTTCATGGTGTTTCAACTGTGTTTCTACAGACTTTACGTAATGAGGGAATTCGTGGATTTTACAGAGGATATGTCAGCACATTATCACGAGAAATCCCATTTTCACTCATTCAGTATCCCATATGGGAAAAATTAAAGTATATGACTATTGAATGGAACAGAAACTCGATTGGAACCGATGACATTACAGACCCAACAGCGTCCCAATTAAGGGCTTGGCAGTCAGCTATGTGTGGGTGCTTAGCTGGCACAATAGCTGGCGCTGTAACTACACCTTTAGATGTGGCCAAAACTCGAATAATGTTGGCTGAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCCTCAATAAAACAT]

[-] EMBL CD077323             [GCATCCGATAAGTCATTCAGTTCTATCTGCTTGTATCGCAGAAATCGTTGCTTGTATTATAAGAGTACCCTGTGAAGTGGTGAAACAGAGAACGCAAAATCAGCCTGTTCATGGTGTTTCAACTGTGTTTCTACAGACTTTACGTAATGAGGGAATTCGTGGATTTTACAGAGGATATGTCAGCACATTATCACGAGAAATCCCATTTTCACTCATTCAGTATCCCATATGGGAAAAATTAAAGTATATGACTATTGAATGGAACAGAAACTCGATTGGAACCGATGACATTACAGACCCAACAGCGTCCCAATTAAGGGCTTGGCAGTCAGCTATGTGTGGGTGCTTAGCTGGCACAATAGCTGGCGCTGTAACTACACCTTTAGATGTGGCCAAAACTCGAATAATGTTGGCTGAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCCTCAATAAAACAT]




>consensus_6007#1
GCATCCGATAAGTCATTCAGTTCTATCTGCTTGTATCGCAGAAATCGTTGCTTGTATTAT
AAGAGTACCCTGTGAAGTGGTGAAACAGAGAACGCAAAATCAGCCTGTTCATGGTGTTTC
AACTGTGTTTCTACAGACTTTACGTAATGAGGGAATTCGTGGATTTTACAGAGGATATGT
CAGCACATTATCACGAGAAATCCCATTTTCACTCATTCAGTATCCCATATGGGAAAAATT
AAAGTATATGACTATTGAATGGAACAGAAACTCGATTGGAACCGATGACATTACAGACCC
AACAGCGTCCCAATTAAGGGCTTGGCAGTCAGCTATGTGTGGGTGCTTAGCTGGCACAAT
AGCTGGCGCTGTAACTACACCTTTAGATGTGGCCAAAACTCGAATAATGTTGGCTGAGCC
CAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATATTTCAAGAGAG
TGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTATCTGTTGGTGG
AGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAATTGTTCAAAA
TTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCCTCAATAAAACAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6007#0      TTCAAAAGAGCACANATTTTACCCCAAGTTTTTATTTCCCACTTGGAAAGACCTTAAATG 60
consensus_6007#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6007#0      TCATTGGTTCGTTTCCTCTTTTAGTACACTATTTTGTGACATTTCCTAAGAACATTTTTG 120
consensus_6007#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6007#0      CGCTGCATATATACTCATGAGTTGTGTGCTTGTTCTTTCGTGCTTCCGACTGCTTGTGGA 180
consensus_6007#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6007#0      ATATGCATTTCCCTCGGCTAAATCTGGCCTTCTCCCTCTAGTTATTAGAGCAGGAGCTCA 240
consensus_6007#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6007#0      GTGAAATAGCTTAACTTGTCTTGTTGTGTTGCTGACTTTCGTTTCGTTCTCCGGTCTTAG 300
consensus_6007#1      ---------------------------------------------------GCATCCGAT 9
                                                                            **  * 

consensus_6007#0      ATGATATCTTAATCTCTCCAAACGTAGTACTCATCTCTTGATCTCAATGTTTAGTGTTAG 360
consensus_6007#1      AAGTCATTCAGTTCTATCTGCTTGTATCGCAGAAATCGTTGCTTGTATTATAAGAGTACC 69
                      * *  **     *** **     ***   *  *  ** *    *  **  * ** **   

consensus_6007#0      TTTTACGCCACGACAATTTAATCCGAAATATTTAGTCACTGACCAATCATAGATTGGATT 420
consensus_6007#1      CTGTGAAGTGGTGAAACAGAGAACGCAAAATCAGCCTGTTCATGGTGTTTCAACTGTGTT 129
                       * *          **   *   ** ** **        * *       *  * **  **

consensus_6007#0      ATTAATAACAGGCATTATTCAA-AAGCCAATTACTGTCACCAGCTGACCTTTACATGATC 479
consensus_6007#1      TCT----ACAGACTTTACGTAATGAGGGAATTCGTGGATTTTACAGAGG---ATATG-TC 181
                        *    **** * ***   **  **  ****  **       * **     * *** **

consensus_6007#0      AGCCTTTTACCGCATTTACTGACAAAATAGCTGTGTAATGATTGTTATGAACTGTAACCA 539
consensus_6007#1      AGCACATTATCACGAGAAATCCCATTTTCACT---CATTCAGTATCCCATATGGGAAAAA 238
                      ***   *** * *    * *  **   *  **    * * * * *     *  * **  *

consensus_6007#0      TTGCATCTATTTCACTCTTCAATGCATTACT--CTTTAGTAGTAT-GTTAAGTTTGGACT 596
consensus_6007#1      TTA-AAGTATATGACTATTGAATGGAACAGAAACTCGATTGGAACCGATGACATTACAGA 297
                      **  *  *** * *** ** **** *  *    **  * * * *  * * *  **  *  

consensus_6007#0      TTTATTGACATTATCAAGATACTCACTACTTTATAGTTGACTTGAAGTATTTTTAAATAT 656
consensus_6007#1      CCCA---ACAGCGTCCCAAT--TAAGGGCTTGGCAGTCAGCTATGTGTGGGTGCTTAGCT 352
                         *   ***   **   **  * *   ***   ***   **    **   *    *  *

consensus_6007#0      AAATGCAATAATGTGACAATTCTTCTACTATCATAGTTTTGCTCTCCTTTTTGTTATTAA 716
consensus_6007#1      GG-CACAATAGC-TGGCGCTGTAACTACACCTTTAGATGTGGCCAAAACTCGAATAATGT 410
                           *****   ** *  *    ****     *** * **  *     *    ** *  

consensus_6007#0      C--TTTAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATAT 774
consensus_6007#1      TGGCTGAGCCCAATTCTAATTTTGCATCTGGTCATATAATATACGCCATGCGAACAATAT 470
                          * ******************************************************

consensus_6007#0      TTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTAT 834
consensus_6007#1      TTCAAGAGAGTGGAATTTATGGGCTTTTCTCAGGTTTAATACCTCGGATCACATTACTAT 530
                      ************************************************************

consensus_6007#0      CTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAA 894
consensus_6007#1      CTGTTGGTGGAGCTATATTTCTTGGCATTTATGATATTTCTACCAGATTCTGGACTTTAA 590
                      ************************************************************

consensus_6007#0      TTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCAACAAT 954
consensus_6007#1      TTGTTCAAAATTCTAAAGATTAATGTAACCACATACTTGACATAGTTTATTTTCCTCAAT 650
                      ******************************************************  ****

consensus_6007#0      AAAACAT 961
consensus_6007#1      AAAACAT 657
                      *******