These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6182#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 527 fasta sequence [AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTTTAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGTGTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAAAAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCTTGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAAANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAGCNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT] [+] EMBL AA958328 [AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTTTAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGA ] [+] EMBL SM218 [ AATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATGAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATNATCTGAATTNAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGTGTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAAAAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCTTGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAAANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAGCNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT] consensusID : consensus_6182#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 446 fasta sequence [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA] [+] EMBL CD200655 [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA] [+] EMBL CD200503 [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTGAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACACAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATAACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6182#0 AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTT 60 consensus_6182#1 -------------------TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATA 41 ******* *** * * ** * * ** * consensus_6182#0 TAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTA 120 consensus_6182#1 T---TGGTCGAAGTT----------CTAGGAAT----TTACATTTTGGTGCTCGTTATTA 84 * * * ** ** *** * * * * ** * * * * ** consensus_6182#0 GACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTT 180 consensus_6182#1 CCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAA--GAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCC 142 * ****** * * * * * * *** ** *** * ** ** * consensus_6182#0 TAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGT 240 consensus_6182#1 CATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAG 202 * * ** *** * * ** * ** * * * *** * consensus_6182#0 GTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAA 300 consensus_6182#1 GT--GAGTAATTTTGTGCCAAAGC-------TTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCT 253 ** ** * * * * ** * * *** * * * ******* * consensus_6182#0 AAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCT 360 consensus_6182#1 GAGGCAGTAGTCAAATGTAAT-TATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGT--ATTT 310 *** *** * * ** ** * * * * * * ** * consensus_6182#0 TGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAA 420 consensus_6182#1 TATT-ATTATTGGTTAAACATCATTATT-----AATCTCCCCTATACATGATTCATTAAC 364 * ** **** * * * ** ** ** * * * * * ** consensus_6182#0 ANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAG 480 consensus_6182#1 TTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCT-CACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCAT 423 * ** *** * * *** ** * * * * * ** consensus_6182#0 CNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT 527 consensus_6182#1 TTGATCG----AATTGTAATTGCACTA-------------------- 446 * * * * **** * * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||