cluster # 6182

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Schistosoma mansoni
cluster # 6182 cluster # 6182 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6182#0 length = 527 sequences # 2

consensus_6182#1 length = 446 sequences # 2

consensusID : consensus_6182#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 527
fasta sequence

                              [AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTTTAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGTGTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAAAAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCTTGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAAANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAGCNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT]

[+] EMBL AA958328             [AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTTTAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL SM218                [                                                                                                  AATATATAGTCTTTTAATTGTAGACTTGTGAATGGTTTAATGAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATNATCTGAATTNAGTTTAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGTGTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAAAAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCTTGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAAANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAGCNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT]




>consensus_6182#0
AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTT
TAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTA
GACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTT
TAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGT
GTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAA
AAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCT
TGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAA
ANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAG
CNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT

consensusID : consensus_6182#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 446
fasta sequence

                              [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA]

[+] EMBL CD200655             [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA]
[+] EMBL CD200503             [TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAATTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAAAGTGAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACACAAATCTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCATTAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATAACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA]




>consensus_6182#1
TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATATTGGTCGAAGTTCTAGGAA
TTTACATTTTGGTGCTCGTTATTACCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAAGAA
AGTAAACAGCTCGATATTGGCCCATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCA
ATCCTTTTCAATTATTTATAAGGTGAGTAATTTTGTGCCAAAGCTTATTAAGCTTGAAGT
CCTTCAAACAGCTGAGGCAGTAGTCAAATGTAATTATCTCTCTTATCTTTATACATAAAT
CTTCGTATTTTATTATTATTGGTTAAACATCATTATTAATCTCCCCTATACATGATTCAT
TAACTTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCTCACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTC
CATTTGATCGAATTGTAATTGCACTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6182#0      AAAAACATTGCTATTAGTTAATTATTTAATAGTAAGGCCTGCTCAGTGAAGAAGTTTGTT 60
consensus_6182#1      -------------------TTTTATTTATCAGTTCGACTGCTCTTGTAGATCAAGTTATA 41
                                           *******  ***  * *       **  *  *  ** * 

consensus_6182#0      TAAATAGCCGCGATTATTGATCGTGCTAAGGGTAGCATAATATATAGTCTTTTAATTGTA 120
consensus_6182#1      T---TGGTCGAAGTT----------CTAGGAAT----TTACATTTTGGTGCTCGTTATTA 84
                      *   * * **   **          *** *  *    * * ** * *    *   *  **

consensus_6182#0      GACTTGTGAATGGTTTAATTAGGTGTGATTAAGGTGATAGTCTATTATCTGAATTTAGTT 180
consensus_6182#1      CCTCTCAGAATGGCTAAGTAAAGGTTTGGTAAA--GAAAGTAAACAGCTCGATATTGGCC 142
                          *  ****** * * * * *  *   ***   ** ***  *      **  ** *  

consensus_6182#0      TAGTGGTTAGGAACCCACTGTTACATTATTAGACGGAAAGACCCCACGAGCTTTTGTTGT 240
consensus_6182#1      CATTTAGTACAAACTGGTCATAGTGCCAGTATAAACCAATCCTTTTCAATTATTTATAAG 202
                       * *   **  ***      *      * ** *    **  *    * *   *** *   

consensus_6182#0      GTTAGATTTGNNTGGGGTAAATGTAGATTATTCATTTATTTNTAGATCCTTCATGGATAA 300
consensus_6182#1      GT--GAGTAATTTTGTGCCAAAGC-------TTATTAAGCTTGAAGTCCTTCAAACAGCT 253
                      **  ** *    * * *  ** *        * *** *  *  *  *******   *   

consensus_6182#0      AAGGATAAAGTTACCNGGGGGATAACTGAGTAANGGACAGGGAGAGGGTCCTATTGATCT 360
consensus_6182#1      GAGGCAGTAGTCAAATGTAAT-TATCTCTCTTATCTTTATACATAAATCTTCGT--ATTT 310
                       ***    *** *   *     ** **   * *     *   * *        *  ** *

consensus_6182#0      TGTTTATTACTACCTCGATGGTGGGCTTGGTNGAACCTNCTCGNTGTAGAGGGCTGGAAA 420
consensus_6182#1      TATT-ATTATTGGTTAAACATCATTATT-----AATCTCCCCTATACATGATTCATTAAC 364
                      * ** **** *   *  *        **     ** ** * *  *  *     *   ** 

consensus_6182#0      ANGAAGTCTTGTCCGACTTTCTNCATCTTCAAGAGTGGANTTAAAGACCGGGGTNAGCAG 480
consensus_6182#1      TTCGCATTGATCCCTTCTTATTACGTCT-CACTAATTTTTCACACAATTTAGTATTCCAT 423
                            *     **  ***  * * *** **  * *       *  *    *     ** 

consensus_6182#0      CNGGCCNCCTTATCTATAATGGGTCCCGACCANGACGAAAGGNTTAT 527
consensus_6182#1      TTGATCG----AATTGTAATTGCACTA-------------------- 446
                        *  *     *  * **** *  *