cluster # 6202

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Schistosoma mansoni
cluster # 6202 cluster # 6202 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6202#0 length = 934 sequences # 2

consensus_6202#1 length = 548 sequences # 2

consensusID : consensus_6202#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 934
fasta sequence

                              [TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTAGATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCATATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCAGTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAAGATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACCATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTTTGGCTTTTTTTATTGAAATCATAAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTTACTTTATTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTTGTAACAAACG]

[+] EMBL CD141196             [TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTAGATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCATATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CD145214             [                                                                                                                 ATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATGCCATTAAACATAATTCATTATGATTCTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTAATGCATATACATAGGAAATATGAAAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCAGTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAAGATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACCATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTTTGGCTTTTTTTATTGAAATCATAAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTTACTTTATTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTTGTAACAAACG]




>consensus_6202#0
TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTA
GATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATT
TTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATAT
GCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCAT
ATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCA
GTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAA
GATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCA
TTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAA
CCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTT
TTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTT
TATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCT
GAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGC
TACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACCA
TTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTTT
GGCTTTTTTTATTGAAATCATAAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTTACTTTATTTA
TATGGATAAAAAAGCCAACATTTTGTAACAAACG

consensusID : consensus_6202#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 548
fasta sequence

                              [ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTTTTGC--TTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTATGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA]

[-] EMBL CD145301             [ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTTTTGC  TTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTATGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA]
[-] EMBL CD145371             [                                                     ATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTNTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAACCGTTAAAATAATATTTTTTTGCTTTTTTTTATTGAAATTCATCAAATTGTGTTGCTTAATGCTTTATTCTTTTTACTTTATTTATATTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAacaaacgaa]




>consensus_6202#1
ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTT
TCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTT
CTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAG
CAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCA
TCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAA
ACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATG
TTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATA
ACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTTTTGCTTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGT
GGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTATGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAG
CGCCTGAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6202#0      TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTA 60
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      GATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATT 120
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      TTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATAT 180
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      GCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCAT 240
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      ATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCA 300
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      GTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAA 360
consensus_6202#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6202#0      GATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCA 420
consensus_6202#1      --------------------------------ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCA 28
                                                      *****************  ***** ***

consensus_6202#0      TTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAA 480
consensus_6202#1      TTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAA 88
                      ************************************************ ***********

consensus_6202#0      CCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTT 540
consensus_6202#1      CCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTT 148
                      ******************* * ************************** *** *******

consensus_6202#0      TTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTT 600
consensus_6202#1      TTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTT 208
                      ********************************** ***************** *******

consensus_6202#0      TATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCT 660
consensus_6202#1      TATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCT 268
                      *************************** ********************************

consensus_6202#0      GAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAA-CAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACG 719
consensus_6202#1      GAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACG 328
                      ******************************** **** *** ******************

consensus_6202#0      CTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACC 779
consensus_6202#1      CTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCA 388
                      ************** ***** *********** ***********************  * 

consensus_6202#0      ATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTT 839
consensus_6202#1      ATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTT-AATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTT 447
                      ****************** ********* **************************** **

consensus_6202#0      TGGCTTTTTTTATTGAAATCAT--AAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTT-ACTTTA 896
consensus_6202#1      TTGCTTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTA 507
                      * ********  *  ** ****  ** ** **  * *** ** * *  ****  *** **

consensus_6202#0      TTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTT-GTAACAAACG-- 934
consensus_6202#1      TGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA 548
                      * ****  *** *** ********** * *** *    *