cluster # 6325

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Schistosoma mansoni
cluster # 6325 cluster # 6325 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6325#0 length = 539 sequences # 1

consensus_6325#1 length = 253 sequences # 3

consensusID : consensus_6325#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 539
fasta sequence

                              [GTAACTTAAGCTTTCGTTGGCACTAGTCGAGATCTCATGAGAAGATTGTCCAATGAAGAAAGCATCAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGTACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGAGATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATGCCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGGGGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTANCACTATTAGG]

[+] EMBL CD148674             [GTAACTTAAGCTTTCGTTGGCACTAGTCGAGATCTCATGAGAAGATTGTCCAATGAAGAAAGCATCAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGTACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGAGATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATGCCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGGGGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTANCACTATTAGG]




>consensus_6325#0
GTAACTTAAGCTTTCGTTGGCACTAGTCGAGATCTCATGAGAAGATTGTCCAATGAAGAA
AGCATCAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTTGTCATACGAATT
GTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGAT
GGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATT
TGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGTACATTTAATTGT
GCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGAGATGGTGTTGGC
AAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATGCCCATAGGATTT
TGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGGGGATAGCCTTGG
GGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTANCACTATTAGG

consensusID : consensus_6325#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 253
fasta sequence

                              [CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT]

[+] EMBL CD124860             [CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATT ]
[-] EMBL CD164183             [ CAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTATCTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGCGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT]
[-] EMBL CD164139             [ CAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT]




>consensus_6325#1
CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTA
ACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTT
GTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGT
TCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAA
TGTATTTGCATTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6325#0      ---GTAACTTAAGCTTTCGTTGG-CACTAGTCGAGATCTC----ATGAGAAGATTGTCCA 52
consensus_6325#1      CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTA 60
                         * ** ** ** *****  ** ** *   * * *  *     *******   **   *

consensus_6325#0      ATGAAGAAAGCATC----AACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTT 108
consensus_6325#1      ACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTT 120
                      *       ** **     ****************************** ***********

consensus_6325#0      GTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGT 168
consensus_6325#1      GTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGT 180
                      ************************************************************

consensus_6325#0      TCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAA 228
consensus_6325#1      TCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAA 240
                      ************************************************************

consensus_6325#0      TGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGT 288
consensus_6325#1      TGTATTTGCATTT----------------------------------------------- 253
                      *************                                               

consensus_6325#0      ACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGA 348
consensus_6325#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6325#0      GATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATG 408
consensus_6325#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6325#0      CCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGG 468
consensus_6325#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6325#0      GGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTA 528
consensus_6325#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6325#0      NCACTATTAGG 539
consensus_6325#1      -----------