These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6331#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 414 fasta sequence [TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATCACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTAACATAGCATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATTTATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAAACTTGATGAATATACCGTAGATGAATTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC] [+] EMBL CD188992 [TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATCACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTAACATAGCATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATTTATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAAACTTGATGAATATACCGTAGATGAATTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC] consensusID : consensus_6331#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 320 fasta sequence [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA] [+] EMBL CD185245 [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTCTAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA] [+] EMBL CD185578 [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCACGAAGA] [+] EMBL CD133818 [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTTAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6331#0 TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATC 60 consensus_6331#1 ---ACGTAATAAAT-ATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAAT-TTGATGTTATT 55 ** * ** ** * ***** ** ***** * * * * * * ** consensus_6331#0 ACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCT 120 consensus_6331#1 CTA--CGTGGACGTAATTTAC--GATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTT 111 * * * **** *** *** * ** ** * * * ** ** ** * consensus_6331#0 TCTTCTAACATAG--CATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATT 178 consensus_6331#1 TATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCT--AATTTTTCTA----ATGTTTCTGGTA 165 * ** * ** ********* * * *** ********* **** ** * consensus_6331#0 TATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAAT 238 consensus_6331#1 AATCA--GGTAATTGTAATTCAT-----TGATTAATTTTT-----TTTCTTTTAAGATAG 213 ** * ** * *** * ** *** * ***** * ** *** * * consensus_6331#0 ATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATT 298 consensus_6331#1 GATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTT 273 ** * *** *** ** ** * ** *** * ** *** * * ** consensus_6331#0 TACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAA-ACTTGATGAATATACCGTAGATGAA 357 consensus_6331#1 TATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA------------- 320 ** ** * ** * ** ***** *** * * * ***** * consensus_6331#0 TTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC 414 consensus_6331#1 --------------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||