cluster # 6366

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Schistosoma mansoni
cluster # 6366 cluster # 6366 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6366#0 length = 435 sequences # 2

consensus_6366#1 length = 396 sequences # 2

consensusID : consensus_6366#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 435
fasta sequence

                              [TGTCACGCCATGATGGTGCTACGGGTGAGTGGTCATTGGTATGCTTTTGGTGTGGGGTGTTATGATGTTAACAAGTGGATGAAACAGTGAATGCCACTAGATAGTATCTGATATCATGAGGCTATTTAGCTAATATTGTCGTTATTCTTTCCTAGACCGCCTTTTATTCATGGGAATACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGGTAAGCGCTAGTTGTGTAATATGATGAAATTTTGAGCCCTTAATGAACATGATATTTCAATGATAGGCCTGACTATACACTAGTACCAAGATGCAAATATTAATTTTCGTCTTTCTCATTTCAGATCACACGGAATATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTTTGATTGACTCATGA]

[+] EMBL CD126534             [TGTCACGCCATGATGGTGCTACGGGTGAGTGGTCATTGGTATGCTTTTGGTGTGGGGTGTTATGATGTTAACAAGTGGATGAAACAGTGAATGCCACTAGATAGTATCTGATATCATGAGGCTATTTAGCTAATATTGTCGTTATTCTTTCCTAGACCGCCTTTTATTCATGGGAATACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTA                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD170861             [              GGTGCTACGGGTGAGTGGTCATTGGTATGCTTTTGGTGTGGGGTGTTATGATGTTAACAAGTGGATGAAACAGTGAATGCCACTAGATAGTATCTGATATCATGAGGCTATTTAGCTAATATTGTCGTTATTCTTTCCTAGACCGCCTTTTATTCATGGGAATACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGGTAAGCGCTAGTTGTGTAATATGATGAAATTTTGAGCCCTTAATGAACATGATATTTCAATGATAGGCCTGACTATACACTAGTACCAAGATGCAAATATTAATTTTCGTCTTTCTCATTTCAGATCACACGGAATATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTTTGATTGACTCATGA]




>consensus_6366#0
TGTCACGCCATGATGGTGCTACGGGTGAGTGGTCATTGGTATGCTTTTGGTGTGGGGTGT
TATGATGTTAACAAGTGGATGAAACAGTGAATGCCACTAGATAGTATCTGATATCATGAG
GCTATTTAGCTAATATTGTCGTTATTCTTTCCTAGACCGCCTTTTATTCATGGGAATACC
TTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGGTAAGCGCTAGTTGTGTAAT
ATGATGAAATTTTGAGCCCTTAATGAACATGATATTTCAATGATAGGCCTGACTATACAC
TAGTACCAAGATGCAAATATTAATTTTCGTCTTTCTCATTTCAGATCACACGGAATATGG
CGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTT
TTGATTGACTCATGA

consensusID : consensus_6366#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 396
fasta sequence

                              [ACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGATCACACGGAATATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTTTGATTGATAAATGATTATCTTGCTCAACAGGACTGATTGATTTTGGCCATTTCTAAAACTCTATTTCTTTCCTTTTTCAGGTTCCTCGTCTATTGGTAAGTTCGATTAGTTGAGTGCATTCTGTATCCCCGCTTGTTGTACTACCAGCGGTCGCTTGAATGCTAAAGTAATGCGTATCTCGTTGGTCGGCGGGTAGCTGACCTGGTAAACTACGTGACAGCTCCATATATTGCTAATAACATGGTCAATGCAATCATCATTTTGTATCATTGGATT]

[+] EMBL CD185231             [ACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGATCACACGGAATATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTTTGATTGATAAATGATTATCTTGCTCAACAGGACTGATTGATTTTGGCCATTTCTAAAACTCTATTTCTTTCCTTTTTCAGGTTCCTCGTCTATTGGTAAGTTCGATTAGTTGAGTGCATTCTGTATCCCCGCTTGTTGTACTACCAGCGGTCGCTTGAATGCTAAAGTAATGCGTATCTCGTTGGTCGGCGGGTAGCTGACCTGGTAAACTACGTGACAGCTCCATATATTGCTAATAACATGGTCAATGCAATCATCATTTTGTATCATTGGATT]
[+] EMBL CD185332             [ACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGATCACACGGAATATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTTTGATTGATAAATGATTATCTTGCTCAACAGGACTGATTGATTTTGGCCATTTCTAAAACTCTATTTCTTTCCTTTTTCAGGTTCCTCGTCTATTGGTAAGTTCGATTAGTTGAGTGCATTCTGTATCTCCGCTTGTTGTACTACCAGCGGTCGCTTGAATGCTAAAGTAATGCGTATCTCGTTGGTCGGCGGGTAGCTGACCTGGTAAACTACGTGACAGCTCCATATATTGCTAATAACATGGTCAATGCAATCATCATTTTGTATCATTGGATT]




>consensus_6366#1
ACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGATCACACGGAATATGGC
GTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAATGTTTT
TGATTGATAAATGATTATCTTGCTCAACAGGACTGATTGATTTTGGCCATTTCTAAAACT
CTATTTCTTTCCTTTTTCAGGTTCCTCGTCTATTGGTAAGTTCGATTAGTTGAGTGCATT
CTGTATCCCCGCTTGTTGTACTACCAGCGGTCGCTTGAATGCTAAAGTAATGCGTATCTC
GTTGGTCGGCGGGTAGCTGACCTGGTAAACTACGTGACAGCTCCATATATTGCTAATAAC
ATGGTCAATGCAATCATCATTTTGTATCATTGGATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6366#0      TGTCACGCCATGATGGTGCTACGGGTGAGTGGTCATTGGTATGCTTTTGGTGTGGGGTGT 60
consensus_6366#1      ------ACCTTTCAGTCTTTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAATTTGATCACACGGAA 54
                             ** *   *    *    *  *** ** * *  * *   **** *     *   

consensus_6366#0      TATGATGTTAACAAGTGGATGAAACAGTGAATGCCACTAGATAGT-ATCTGATATCATGA 119
consensus_6366#1      TATGGCGTAA--AGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGA 112
                      ****  ** *  *      *       *  * *     ** ** * *  * *  * ****

consensus_6366#0      GGC-TATTTAGCTAATATTGTCGTTATTCTTTCCTAGACCGCCTTTTATTCATGGGAATA 178
consensus_6366#1      AATGTTTTTGATTGATAA-ATGATTATCTTGCTCAACAGGACTGATTGATTTTGGCCATT 171
                          * ***   * ***   *  ****  *   * * *   *   **  *  ***  ** 

consensus_6366#0      CCTTTCAGTCT-TTGACTGCCAGTCGTAAATTCTCTAAAT-TTGGTAAGCGCTAGTTGTG 236
consensus_6366#1      TCTAAAACTCTATTTCTTTCCTTTTTCAGGTTCCTCGTCTATTGGTAAGTTCGATTAGT- 230
                       **   * *** **   * **  *   *  ***      * ********  * * * ** 

consensus_6366#0      TAATATGATGAAATTTTGAGCCCTTAATGAACATGATATTTCAATGATAGGCCTGACTAT 296
consensus_6366#1      -----TGAGTGCATTCTGTATCCCCGCTTGTTGTACTAC--CAGCGGTCG-CTTGA--AT 280
                           ***    *** **   **    *     *  **   **  * * * * ***  **

consensus_6366#0      ACACTAGTACCAAGATGCAAATATTAATTTTCGTCTTTCTCATTTCAGATCACACGGAAT 356
consensus_6366#1      GCTAAAGTA-----ATGCGTAT-------CTCGTTGGTCGGCGGGTAGCTGACCTGGTAA 328
                       *   ****     ****  **        ****   **       ** * **  ** * 

consensus_6366#0      ATGGCGTAAAGACAAGTCTCCTTATTCAAGTGGTGAGTTACTGAATTCAGGTGATGAAAT 416
consensus_6366#1      ACTACGT---GACAG--CTCCATATATTGCTAATAACATGGTCAATGCAA-TCATCATTT 382
                      *   ***   ****   **** ***     *  * *  *  * *** **  * ** *  *

consensus_6366#0      GTTTTTGATTGACTCATGA 435
consensus_6366#1      TGTATCATTGGATT----- 396
                        * *   * ** *