cluster # 6497

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6497 cluster # 6497 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6497#0 length = 694 sequences # 3

consensus_6497#1 length = 458 sequences # 1

consensusID : consensus_6497#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 694
fasta sequence

                              [TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCAATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCAAAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT]

[+] EMBL CD064647             [TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCAATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCAAAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGTGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGCTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCACTGGTCTCCGAAtat                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD088361             [                                                                                                                                                                                   ATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTG        ]
[+] EMBL CD068743             [                                                                                                                                                                                                                                                    GTGTCCGCCGCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGACGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGGTGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT]




>consensus_6497#0
TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCA
ATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCA
AAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGA
TGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGT
TGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGA
GTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAA
GAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCAC
AGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGT
GAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAA
GTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATC
TCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTC
TGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT

consensusID : consensus_6497#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 458
fasta sequence

                              [AAAGGGAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTCCACTGGTCTCCGAATATCACAGCACTCGAACCGGG]

[-] EMBL CD064610             [AAAGGGAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTCCACTGGTCTCCGAATATCACAGCACTCGAACCGGG]




>consensus_6497#1
AAAGGGAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAA
GATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTC
CATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGG
TGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGT
CAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAA
GAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAA
GGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAA
GTCCACTGGTCTCCGAATATCACAGCACTCGAACCGGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6497#0      TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCA 60
consensus_6497#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6497#0      ATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCA 120
consensus_6497#1      ----------------------------------------AAAGGGAGGTAAGAAGTTCC 20
                                                              * * * * ** *  * * * 

consensus_6497#0      AAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGA 180
consensus_6497#1      ATTGGTCTCCT--AAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGA 78
                      *  * *    *  ****   ** **  * ***   *     *******************

consensus_6497#0      TGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGT 240
consensus_6497#1      TGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGT 138
                      ************************************************************

consensus_6497#0      TGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGA 300
consensus_6497#1      TGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGA 198
                      ************************************************************

consensus_6497#0      GTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAA 360
consensus_6497#1      GTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAA 258
                      ************************************************************

consensus_6497#0      GAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCAC 420
consensus_6497#1      GAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCAC 318
                      ************************************************************

consensus_6497#0      AGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGT 480
consensus_6497#1      AGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGT 378
                      ************************************************************

consensus_6497#0      GAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAA 540
consensus_6497#1      GAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGT-CCACTGGTCTCCGAA 437
                      ******************************************** *** ******** **

consensus_6497#0      GTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATC 600
consensus_6497#1      TATCACAGCACTCGAACCGGG--------------------------------------- 458
                        **      *   *    **                                       

consensus_6497#0      TCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTC 660
consensus_6497#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6497#0      TGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT 694
consensus_6497#1      ----------------------------------