cluster # 65

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Schistosoma mansoni
cluster # 65 cluster # 65 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_65#0 length = 647 sequences # 1

consensus_65#1 length = 511 sequences # 1

consensusID : consensus_65#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 647
fasta sequence

                              [TCACCTGAACGTCTAGCTAAAAACCAACCCAGTCCAGGTAATGTATTTCGATCTGGTGGTACACAAGAAACTTTCCATAATAATTGGTTTAAAGTAGATTGTTTAACAATTCCATAGGATTCAAGCCAACCCATATAAATAAATGCTAGATGATCAGCTAAACGAATTAGATCACTAGCTGTAGAAAGAATACCTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTAAGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATCTTCTCAGGATACTCTAAACAGGTATTGTTCAAATTGAGATATTGAAAAAGTCTTAACAGATTAGTATCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCAATACCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTCTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTNTTTGTTNTCATC]

[+] EMBL CD123318             [TCACCTGAACGTCTAGCTAAAAACCAACCCAGTCCAGGTAATGTATTTCGATCTGGTGGTACACAAGAAACTTTCCATAATAATTGGTTTAAAGTAGATTGTTTAACAATTCCATAGGATTCAAGCCAACCCATATAAATAAATGCTAGATGATCAGCTAAACGAATTAGATCACTAGCTGTAGAAAGAATACCTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTAAGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATCTTCTCAGGATACTCTAAACAGGTATTGTTCAAATTGAGATATTGAAAAAGTCTTAACAGATTAGTATCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCAATACCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTCTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTNTTTGTTNTCATC]




>consensus_65#0
TCACCTGAACGTCTAGCTAAAAACCAACCCAGTCCAGGTAATGTATTTCGATCTGGTGGT
ACACAAGAAACTTTCCATAATAATTGGTTTAAAGTAGATTGTTTAACAATTCCATAGGAT
TCAAGCCAACCCATATAAATAAATGCTAGATGATCAGCTAAACGAATTAGATCACTAGCT
GTAGAAAGAATACCTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTA
AGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATCTTCTCAGGA
TACTCTAAACAGGTATTGTTCAAATTGAGATATTGAAAAAGTCTTAACAGATTAGTATCA
AATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTT
GATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATT
TTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCAATACCA
GGTAAATGAACTAATGTATCATTTCTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAA
CGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTNTTTGTTNTCATC

consensusID : consensus_65#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 511
fasta sequence

                              [AAATGCTAGATGATCAGTTAAACGAATTAGATCACTAGCTGTAGAAAGAATACNTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTAAGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATTNTTTTTGGGTTTTCTTTAAGAAATTTAGCGGGTATGTTCAATTAAGATTAAAATATCTACCAGATAGTATCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCTATACCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTTTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTTTTTGTTTTCATCC]

[-] EMBL CD123264             [AAATGCTAGATGATCAGTTAAACGAATTAGATCACTAGCTGTAGAAAGAATACNTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTAAGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATTNTTTTTGGGTTTTCTTTAAGAAATTTAGCGGGTATGTTCAATTAAGATTAAAATATCTACCAGATAGTATCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCTATACCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTTTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTTTTTGTTTTCATCC]




>consensus_65#1
AAATGCTAGATGATCAGTTAAACGAATTAGATCACTAGCTGTAGAAAGAATACNTCCACC
AGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTAAGTATGCCTTTATCTGAACG
ACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATTNTTTTTGGGTTTTCTTTAAGAAATTTAGC
GGGTATGTTCAATTAAGATTAAAATATCTACCAGATAGTATCAAATCTTGCCCATTTCGG
TAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGATTTTGATTCACCTTTAACTGT
TGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAAATTTTCTCAATAACTGCTGA
TAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCTATACCAGGTAAATGAACTAATGT
ATCATTTTTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTAAAACGAACAGTATTCAACAT
TTCTGGATACACTGATTTTTTGTTTTCATCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_65#0      TCACCTGAACGTCTAGCTAAAAACCAACCCAGTCCAGGTAATGTATTTCGATCTGGTGGT 60
consensus_65#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_65#0      ACACAAGAAACTTTCCATAATAATTGGTTTAAAGTAGATTGTTTAACAATTCCATAGGAT 120
consensus_65#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_65#0      TCAAGCCAACCCATATAAATAAATGCTAGATGATCAGCTAAACGAATTAGATCACTAGCT 180
consensus_65#1      --------------------AAATGCTAGATGATCAGTTAAACGAATTAGATCACTAGCT 40
                                        ***************** **********************

consensus_65#0      GTAGAAAGAATACCTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTA 240
consensus_65#1      GTAGAAAGAATACNTCCACCAGCCCATTTATATGAATTATCAATTGTGGGAGTGTTTGTA 100
                    ************* **********************************************

consensus_65#0      AGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATCTTCTCAGGA 300
consensus_65#1      AGTATGCCTTTATCTGAACGACAATACTGAGCAGCTCTTGAAGAAATTATTNTTTTTGGG 160
                    **************************************************  * *  ** 

consensus_65#0      TACTCT---AAACAGGTATTGTTCAAATTGAGATATTGAAAAAGTCTTAACAGATTAGTA 357
consensus_65#1      TTTTCTTTAAGAAATTTAGCGGGTATGTTCAATTAAGATTAAAATATCTACCAGATAGTA 220
                    *  ***   * * *  **  *   *  ** *  **     *** * *  **    *****

consensus_65#0      TCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGAT 417
consensus_65#1      TCAAATCTTGCCCATTTCGGTAAATCATTTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCACAAGATGAT 280
                    ************************************************************

consensus_65#0      TTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAA 477
consensus_65#1      TTTGATTCACCTTTAACTGTTGCTAATGGTTGATCAAATAAGCTACCTTTGTTTAAACAA 340
                    ************************************************************

consensus_65#0      ATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCAATA 537
consensus_65#1      ATTTTCTCAATAACTGCTGATAATAAAGTGAATGCAAATGTACTATATGTGTATTCTATA 400
                    ******************************************************** ***

consensus_65#0      CCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTCTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTA 597
consensus_65#1      CCAGGTAAATGAACTAATGTATCATTTTTAAACATATCACAAGCATTTAATGTATCGTTA 460
                    *************************** ********************************

consensus_65#0      AAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTNTTTGTTNTCATC- 647
consensus_65#1      AAACGAACAGTATTCAACATTTCTGGATACACTGATTTTTTGTTTTCATCC 511
                    ************************************* ****** *****