cluster # 6509

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Schistosoma mansoni
cluster # 6509 cluster # 6509 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6509#0 length = 736 sequences # 2

consensus_6509#1 length = 407 sequences # 2

consensusID : consensus_6509#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 736
fasta sequence

                              [ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGTTTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCACAATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCACTTATATTCAAACTTTAACATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATCCGGTTACTGAACAAAACTATTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGATATGCCCCGATAACAA-AGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGCATATAAT-TTTATCGTATATTTGCTAAATAATT-AACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGT-CAAATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTG-AATACACGATTTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCTGGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTCGCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC]

[+] EMBL SMAA25626            [ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGTTTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCACAATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCACTTATATTCAAACTTTAACATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATCCGGTTACTGAACAAAACTATTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGATATGCCCCGATAACAA AGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGCATATAAT TTTATCGTATATTTGCTAAATAATT AACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGT CAAATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTG AATACACGAT                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD088084             [                                                                                                                                                                                                                                                                                       attcatcTGTTATGCCCCAATAACAATGGTGAATGGTAACTTTGGAATCCATTTATGGA CGAATATTATGCATATAATATTTGTTGTATATTTGCTAAATAATTAAACAACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACGATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTGCTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGTACAAATGTTATTTTCCATTTTATTGGTACGACGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTGAAATACAAGGATTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCTGGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTCGCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC]




>consensus_6509#0
ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGT
TTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCAC
AATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCACTTATATTCAAA
CTTTAACATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATCCGGTTACT
GAACAAAACTATTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGATATGCCCCGAT
AACAAAGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGCATATAATTTT
ATCGTATATTTGCTAAATAATTAACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTA
TTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTA
ATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGTCAAATGTTATTTTCTG
CTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTGAATACAC
GATTTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCTGGGTTAGGCAGAA
GCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTCGCTGTTCCAATCG
ATAATTCGCTGATCTC

consensusID : consensus_6509#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 407
fasta sequence

                              [AACAGTAAAATGTGGATACTATTTCACTTTAATTTATTCGTTCATGGTGTTCTTAACGCTTTTCTTAAGGTAGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATCTGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAATTGATATTGACTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAAAAGGATCTAAAACTATGTTTGAACGTGTTATAACTTGTAGTCAAGTAGATGCCTTGTTAACGTATGACGTGATAAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTATGAGCAGTCTAGAGC]

[+] EMBL CD060984             [AACAGTAAAATGTGGATACTATTTCACTTTAATTTATTCGTTCATGGTGTTCTTAACGCTTTTCTTAAGGTAGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATCTGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAATTGATATTGACTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAAAAGGATCTAAAACTATGTTTGAACGTGTTATAACTTGTAGTCAAGTAGATGCCTTGTTAACGTATGACGTGATAAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTATGAGCAGTCTAGAGC]
[-] EMBL CD060824             [                                                                                                                                                                  AATCGTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCCACTGTTATTAACAAAAATTGATCTTGCCTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAGAAGGATCTAAAACTATGTTTGAAAGTGTTATTACTTGTAGTCAA                                                                                                       ]




>consensus_6509#1
AACAGTAAAATGTGGATACTATTTCACTTTAATTTATTCGTTCATGGTGTTCTTAACGCT
TTTCTTAAGGTAGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATT
ATCTGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTTTGGTTTTGAT
TAACCTAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAATTGATATTGACTCTGTACAAGTTAGA
AAGCAAGGATATCACCAAAAAAGGATCTAAAACTATGTTTGAACGTGTTATAACTTGTAG
TCAAGTAGATGCCTTGTTAACGTATGACGTGATAAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAAT
TATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTATGAGCAGTCTAGAGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6509#0      ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGT 60
consensus_6509#1      --------------------------------------------------AACAGTAAAA 10
                                                                        * ******  

consensus_6509#0      TTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCAC 120
consensus_6509#1      TGTGGATACTATTTCACTTTAATTTA--TTCGTTCAT--GGTGTTCTTAACGCTTTTCTT 66
                      *     *****       * **** *  ***    **   ****  *    * * ***  

consensus_6509#0      AATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCAC------TTATA 174
consensus_6509#1      AAGGT---AGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATC 123
                      ** *    * * **** ***  *  ** ****   *  **  ** *  *      **** 

consensus_6509#0      TTCAAACTTTAAC--ATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATC 232
consensus_6509#1      TGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTT-------TGGTTT 176
                      * ** *  ** *   **  ** *   *  * * **** ******  *       *   * 

consensus_6509#0      CGGTTACTGAACAAAACTA-TTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGA-T 290
consensus_6509#1      TGATTAACC--TAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAAT-----TGA---TATTGACT 226
                       * ***      *******   ** * *  **    *** *     ***   ****** *

consensus_6509#0      ATGCCCCGATAACAAAGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGC 350
consensus_6509#1      CTGTACAAGTTAGAAAGC-AAGGATATCACCAAAA-------AAGGATCTAAAACTATG- 277
                       **  *   * * ****  ** **** *      *       * *** * ** * **** 

consensus_6509#0      ATATAATTTTATCGTATATTTGCTAAATAATTAACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATT 410
consensus_6509#1      -TTTGAACGTGTTATA-ACTTG-TAGTCAAGTAGATGC-CTTGTTAACGTATGACGTGAT 333
                       * * *   * *  ** * *** **   ** **  * * * * ** * **         *

consensus_6509#0      GTGAGCTTTATTTT--GACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGT-TAT 467
consensus_6509#1      AAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTAT 393
                        ** *   * *    ** *   * * ***   *    *   *  **  *   *   ***

consensus_6509#0      ACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGTCAA 527
consensus_6509#1      GAGCAGTCTAGAGC---------------------------------------------- 407
                         *******                                                  

consensus_6509#0      ATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTA 587
consensus_6509#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6509#0      TGTTTGAATACACGATTTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCT 647
consensus_6509#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6509#0      GGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTC 707
consensus_6509#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6509#0      GCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC 736
consensus_6509#1      -----------------------------