These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6509#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 736 fasta sequence [ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGTTTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCACAATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCACTTATATTCAAACTTTAACATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATCCGGTTACTGAACAAAACTATTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGATATGCCCCGATAACAA-AGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGCATATAAT-TTTATCGTATATTTGCTAAATAATT-AACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGT-CAAATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTG-AATACACGATTTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCTGGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTCGCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC] [+] EMBL SMAA25626 [ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGTTTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCACAATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCACTTATATTCAAACTTTAACATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATCCGGTTACTGAACAAAACTATTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGATATGCCCCGATAACAA AGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGCATATAAT TTTATCGTATATTTGCTAAATAATT AACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGT CAAATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTG AATACACGAT ] [-] EMBL CD088084 [ attcatcTGTTATGCCCCAATAACAATGGTGAATGGTAACTTTGGAATCCATTTATGGA CGAATATTATGCATATAATATTTGTTGTATATTTGCTAAATAATTAAACAACTCATATTCATGTTCCTTTCATTGTGAGCTTTATTTTGACCCTTGGACTATTATTGTACGATTTACCATTCCTGAGTTATACCCAGTCTATTAATTACTGCTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGTACAAATGTTATTTTCCATTTTATTGGTACGACGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTATGTTTGAAATACAAGGATTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCTGGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTCGCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC] consensusID : consensus_6509#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 407 fasta sequence [AACAGTAAAATGTGGATACTATTTCACTTTAATTTATTCGTTCATGGTGTTCTTAACGCTTTTCTTAAGGTAGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATCTGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAATTGATATTGACTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAAAAGGATCTAAAACTATGTTTGAACGTGTTATAACTTGTAGTCAAGTAGATGCCTTGTTAACGTATGACGTGATAAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTATGAGCAGTCTAGAGC] [+] EMBL CD060984 [AACAGTAAAATGTGGATACTATTTCACTTTAATTTATTCGTTCATGGTGTTCTTAACGCTTTTCTTAAGGTAGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATCTGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAATTGATATTGACTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAAAAGGATCTAAAACTATGTTTGAACGTGTTATAACTTGTAGTCAAGTAGATGCCTTGTTAACGTATGACGTGATAAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTATGAGCAGTCTAGAGC] [-] EMBL CD060824 [ AATCGTTTTGGTTTTGATTAACCTAAAACTAGCCCACTGTTATTAACAAAAATTGATCTTGCCTCTGTACAAGTTAGAAAGCAAGGATATCACCAAAGAAGGATCTAAAACTATGTTTGAAAGTGTTATTACTTGTAGTCAA ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6509#0 ACATGCAGTTTTAAAACAAATACATCATGTAAGACTGGAATCAGTTTGATACCAGTAAGT 60 consensus_6509#1 --------------------------------------------------AACAGTAAAA 10 * ****** consensus_6509#0 TTATTTTACTACCAACTCTAAATTCACGTTCTACTATTAAGTGTCTTCGTTGTTATTCAC 120 consensus_6509#1 TGTGGATACTATTTCACTTTAATTTA--TTCGTTCAT--GGTGTTCTTAACGCTTTTCTT 66 * ***** * **** * *** ** **** * * * *** consensus_6509#0 AATGGCTAAATCTTTTGTCAATTATTTTTTAATTGACCATTTATTTCAC------TTATA 174 consensus_6509#1 AAGGT---AGTATTTTATCAGATGATTATTAAACAATTATAGATATTGCAGTTTATTATC 123 ** * * * **** *** * ** **** * ** ** * * **** consensus_6509#0 TTCAAACTTTAAC--ATCATTCAAAGTACTAAGAACATAAATCTCATATTAAGGTAAATC 232 consensus_6509#1 TGCATATGTTCATCAATTGTTAATTATTATGAAAACACAAATCTTTT-------TGGTTT 176 * ** * ** * ** ** * * * * **** ****** * * * consensus_6509#0 CGGTTACTGAACAAAACTA-TTAATTTTGTTTGGTTAAACTACATGTGACCGTATTGA-T 290 consensus_6509#1 TGATTAACC--TAAAACTAGCCAACTGTTATTAACAAAAAT-----TGA---TATTGACT 226 * *** ******* ** * * ** *** * *** ****** * consensus_6509#0 ATGCCCCGATAACAAAGTGAATGATAACTTTGGGATCCATTTATGGACCCAATATTATGC 350 consensus_6509#1 CTGTACAAGTTAGAAAGC-AAGGATATCACCAAAA-------AAGGATCTAAAACTATG- 277 ** * * * **** ** **** * * * *** * ** * **** consensus_6509#0 ATATAATTTTATCGTATATTTGCTAAATAATTAACTACTCATATTCATGTTCCTTTCATT 410 consensus_6509#1 -TTTGAACGTGTTATA-ACTTG-TAGTCAAGTAGATGC-CTTGTTAACGTATGACGTGAT 333 * * * * * ** * *** ** ** ** * * * * ** * ** * consensus_6509#0 GTGAGCTTTATTTT--GACCCTTGGACTATTATTGTACAATTTACCATTCCTGAGT-TAT 467 consensus_6509#1 AAGACCGCCAATCAAAGAGCAGCGAATTATCGATTGGAACAGTGACACACGAAACCGTAT 393 ** * * * ** * * * *** * * * ** * * *** consensus_6509#0 ACCCAGTCTATTAATTACTACTCCCCCTATTCACAGCCACATTTGGCTAACTCTTGTCAA 527 consensus_6509#1 GAGCAGTCTAGAGC---------------------------------------------- 407 ******* consensus_6509#0 ATGTTATTTTCTGCTTTATTGGTACGTTGTGGTCAGTCTGTTTGGTATATAAACTCAGTA 587 consensus_6509#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6509#0 TGTTTGAATACACGATTTCATACCGCAGAGGCTGTTATTGGTGTTCTGGCTTACCTGGCT 647 consensus_6509#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6509#0 GGGTTAGGCAGAAGCATGATCGATAAGCACTCTAGACCGCTCGTACGGTTTTCGTGTGTC 707 consensus_6509#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6509#0 GCTGTTCCAATCGATAATTCGCTGATCTC 736 consensus_6509#1 ----------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||