cluster # 6554

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Schistosoma mansoni
cluster # 6554 cluster # 6554 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6554#0 length = 472 sequences # 2

consensus_6554#1 length = 466 sequences # 2

consensusID : consensus_6554#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 472
fasta sequence

                              [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGACTATGGGATTGCTGATTGGTCCAACGTTGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGTTT]

[+] EMBL CD168348             [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGACTATGGGATTGCTGATTGGTCCAACGTTGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGTTT]
[+] EMBL CD168346             [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAGGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAAGTTGAAAAA                                                                                                                                                         ]




>consensus_6554#0
ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT
GGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGT
TCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCA
ACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACG
TTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTG
CTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTG
GCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGACTATGGGATTGCTGATTGGTCCAACGTTGCTGGCT
ATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGTTT

consensusID : consensus_6554#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 466
fasta sequence

                              [TTGTTTACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTTCGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGATGAAGAAGAGTTCAGTGAAAATTCTAGACCAATGTCTCCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCTTGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCTGCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAACTATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTTTTT]

[+] EMBL CD066798             [TTGTTTACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTTCGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGATGAAGAAGAGTTCAGTGAAAATTCTAGACCAATGTCTCCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGG                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD067322             [                                                                                                                                     CCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCTTGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCTGCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAACTATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTTTTT]




>consensus_6554#1
TTGTTTACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTTCGA
AGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGATGAAGAAGAGTTCAGTGAAAATTC
TAGACCAATGTCTCCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGT
AGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGAT
GTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAG
CAGAATAAAAGGTGATCTTGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCTGCATCTGATTTTTCAAA
CAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAACTATATAAAGGATATTTT
ATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTTTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6554#0      ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT 60
consensus_6554#1      -TTGTTT--ACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTT 57
                       *** **  ** ****     *    *   * * ** **** *   * *  ** *   **

consensus_6554#0      GGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAA---AGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT 117
consensus_6554#1      CGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGAT-GAAGAAGAGTTCAGTGAA- 115
                       *   **  *       ** *   * ** *    **  ** **  * * * *   ***  

consensus_6554#0      GGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGT 177
consensus_6554#1      AATTCTAGACCAATGTCTCC-GGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTT--- 171
                        *** *      ** ** * *** ** **    **   *  *    ***     **   

consensus_6554#0      TCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCA 237
consensus_6554#1      TCAAC-CTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATA--TAATCCC 228
                      *****  **  * *  **   *  **   ** *   **      * *  *   *  * * 

consensus_6554#0      ACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT---GGTTCA 294
consensus_6554#1      TCAATGTATGATGTA--TTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCA 286
                       *  **   * *  *  **        * **    * * ** ****  * *   * ****

consensus_6554#0      ACGTTGCTGGCTACAGGTTGA-AAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAAC 353
consensus_6554#1      A--TTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCT-TGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCT 343
                      *  *** * ** ****    * ***** * **   *  *   *** ****     *    

consensus_6554#0      GTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTG-ACTATGGG-ATTGCTGATTGGTCCAACG 411
consensus_6554#1      GCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAAC 403
                      *   ***  *        *  **  *  *   ** **     ****  **      **  

consensus_6554#0      T-TGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGT 470
consensus_6554#1      TATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTT 463
                      * *       ***  **      *    *** *  *        **   *  * **** *

consensus_6554#0      TT- 472
consensus_6554#1      TTT 466
                      **