cluster # 6638

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Schistosoma mansoni
cluster # 6638 cluster # 6638 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6638#0 length = 898 sequences # 3

consensus_6638#1 length = 577 sequences # 1

consensusID : consensus_6638#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 898
fasta sequence

                              [AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTGAAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAACACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTAGCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATGAATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGCAGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAACAATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTAACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG]

[+] EMBL CD078704             [AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTGAAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAACACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTAGCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATGAATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGCAGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAACAATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTAACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCANAATTTATTTAACTCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD160298             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAACGTTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG]
[-] EMBL CD160252             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATCTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG]




>consensus_6638#0
AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTG
AAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAAC
ACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTA
GCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATG
AATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGC
AGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAAC
AATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTA
ACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAAT
ATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCT
ATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGA
GTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGT
CAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTA
TTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATG
GCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCA
TTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG

consensusID : consensus_6638#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 577
fasta sequence

                              [GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTTATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAACATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAGGATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACACCATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA]

[-] EMBL CD073167             [GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTTATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAACATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAGGATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACACCATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA]




>consensus_6638#1
GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTA
ATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAAC
GTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTAT
GGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTT
ATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGC
CTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTTATCT
AACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAACATT
CGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAGGATG
ATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACACCATT
GTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6638#0      AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTG 60
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      AAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAAC 120
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      ACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTA 180
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      GCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATG 240
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      AATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGC 300
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      AGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAAC 360
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      AATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTA 420
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      ACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAAT 480
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      ATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCT 540
consensus_6638#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6638#0      ATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGA 600
consensus_6638#1      ----GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGA 56
                          ********************************************************

consensus_6638#0      GTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGT 660
consensus_6638#1      GTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGT 116
                      ************************************************************

consensus_6638#0      CAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTA 720
consensus_6638#1      CAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTA 176
                      ************************************************************

consensus_6638#0      TTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATG 780
consensus_6638#1      TTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATG 236
                      ************************************************************

consensus_6638#0      GCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCA 840
consensus_6638#1      GCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCA 296
                      ************************************************************

consensus_6638#0      TTGCCTGTCAATCGA-ATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTG--GTTTACGTAAT 897
consensus_6638#1      TTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTT 356
                      ********** *    *         **  * *  ** * ** * **     *** *  *

consensus_6638#0      G----------------------------------------------------------- 898
consensus_6638#1      ATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAA 416
                                                                                  

consensus_6638#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6638#1      CATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAG 476
                                                                                  

consensus_6638#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6638#1      GATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACAC 536
                                                                                  

consensus_6638#0      -----------------------------------------
consensus_6638#1      CATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA 577