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Schistosoma mansoni
cluster # 6655 cluster # 6655       Sequences # 4       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6655#0 length = 728 sequences # 2  
consensus_6655#1 length = 611 sequences # 1  
consensus_6655#2 length = 203 sequences # 1  

consensusID : consensus_6655#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 728
fasta sequence
                              [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC-AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATATT]

[+] EMBL CD079057             [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATAT ]
[-] EMBL CD073511             [                                                                                                                            GAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATATT]


>consensus_6655#0 CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAG TGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGG TCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG AACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTA ATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCG CTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATG GAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAA AATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAA ATAATATT



consensusID : consensus_6655#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 611
fasta sequence
                              [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT]

[+] EMBL CD080022             [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT]


>consensus_6655#1 GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGA TGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCA AGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGAT GCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGA AAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATC GTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAAT GCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGA ATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAA GAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGA TACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAAT TCAATAAATAT



consensusID : consensus_6655#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 203
fasta sequence
                              [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA]

[+] EMBL CD162207             [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA]


>consensus_6655#2 CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAG TTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGC CCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAA GTAAGTATCTTTATGGATAATGA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6655#0      CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAG 60
consensus_6655#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      TGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGG 120
consensus_6655#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      TCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 180
consensus_6655#1      -------GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 53
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 240
consensus_6655#1      CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 113
consensus_6655#2      ---------CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 51
                                 * * *    ****************************************

consensus_6655#0      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 300
consensus_6655#1      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 173
consensus_6655#2      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 111
                      ************************************************************

consensus_6655#0      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 360
consensus_6655#1      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 233
consensus_6655#2      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 171
                      ************************************************************

consensus_6655#0      AACTTGAAAATAAGTATCTTTATG----------TTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 410
consensus_6655#1      AACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 293
consensus_6655#2      AACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGA---------TAATGA------------------- 203
                      ********* **************           *  * *                   

consensus_6655#0      CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 470
consensus_6655#1      CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 353
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 530
consensus_6655#1      AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 413
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTC 590
consensus_6655#1      AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTC 473
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 650
consensus_6655#1      AGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 533
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      ATCTTGATACAAAAA-CGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTA 709
consensus_6655#1      ATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTA 593
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      GNTTAANTCAAATAATATT 728
consensus_6655#1      GTTTAATTCAATAAATAT- 611
consensus_6655#2      -------------------
                                         




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)