These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6655#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 728 fasta sequence [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC-AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATATT] [+] EMBL CD079057 [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATAT ] [-] EMBL CD073511 [ GAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATATT] consensusID : consensus_6655#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 611 fasta sequence [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT] [+] EMBL CD080022 [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT] consensusID : consensus_6655#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 203 fasta sequence [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA] [+] EMBL CD162207 [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6655#0 CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAG 60 consensus_6655#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 TGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGG 120 consensus_6655#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 TCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 180 consensus_6655#1 -------GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 53 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 240 consensus_6655#1 CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 113 consensus_6655#2 ---------CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 51 * * * **************************************** consensus_6655#0 CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 300 consensus_6655#1 CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 173 consensus_6655#2 CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 111 ************************************************************ consensus_6655#0 ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 360 consensus_6655#1 ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 233 consensus_6655#2 ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 171 ************************************************************ consensus_6655#0 AACTTGAAAATAAGTATCTTTATG----------TTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 410 consensus_6655#1 AACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 293 consensus_6655#2 AACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGA---------TAATGA------------------- 203 ********* ************** * * * consensus_6655#0 CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 470 consensus_6655#1 CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 353 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 530 consensus_6655#1 AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 413 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTC 590 consensus_6655#1 AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTC 473 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 AGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 650 consensus_6655#1 AGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 533 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 ATCTTGATACAAAAA-CGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTA 709 consensus_6655#1 ATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTA 593 consensus_6655#2 ------------------------------------------------------------ consensus_6655#0 GNTTAANTCAAATAATATT 728 consensus_6655#1 GTTTAATTCAATAAATAT- 611 consensus_6655#2 ------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||