cluster # 6655

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Schistosoma mansoni
cluster # 6655 cluster # 6655 Sequences # 4 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6655#0 length = 728 sequences # 2

consensus_6655#1 length = 611 sequences # 1
consensus_6655#2 length = 203 sequences # 1

consensusID : consensus_6655#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 728
fasta sequence

                              [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC-AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATATT]

[+] EMBL CD079057             [CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAGTGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGGTCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAAATAATAT ]
[-] EMBL CD073511             [                                                                                                                            GAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATATT]




>consensus_6655#0
CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAG
TGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGG
TCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT
CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT
CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA
ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG
AACTTGAAAATAAGTATCTTTATGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTA
ATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCG
CTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATG
GAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTCAGCATAAGAA
AATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATAC
AAAAACGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTAGNTTAANTCAA
ATAATATT

consensusID : consensus_6655#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 611
fasta sequence

                              [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT]

[+] EMBL CD080022             [GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAATTCAATAAATAT]




>consensus_6655#1
GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATATCATGGGA
TGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCA
AGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGAT
GCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGA
AAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTACTGAATC
GTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGTAATGAAT
GCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGATAAGAAGA
ATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTCAGCATAA
GAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGGATCTTGA
TACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTAGTTTAAT
TCAATAAATAT

consensusID : consensus_6655#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 203
fasta sequence

                              [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA]

[+] EMBL CD162207             [CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGATAATGA]




>consensus_6655#2
CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTTCAACTCAAG
TTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATAACGGGATGC
CCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATGAACTTGAAA
GTAAGTATCTTTATGGATAATGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6655#0      CTTACCGTGACGACTACCAGCGGATAACTGGAAGTTCATTAGTCCTGACATAACCGTCAG 60
consensus_6655#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      TGAATATCTGAAATACTTATACTGTATTTGGACTGCCTAATTGCATTTTGAAGAACATGG 120
consensus_6655#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      TCGAGAATGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 180
consensus_6655#1      -------GGAACTAAAAAACCTCAATTTAAATGGAAACCAAAAACGTAGCAATTATATAT 53
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 240
consensus_6655#1      CATGGGATGAATATTTCATGTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 113
consensus_6655#2      ---------CCTCTCTTTGCTCTATAGCACTATTGTCTGCTATGCGCAGTAAAGACCCTT 51
                                 * * *    ****************************************

consensus_6655#0      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 300
consensus_6655#1      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 173
consensus_6655#2      CAACTCAAGTTGGCGCTTGTATAGTTAACCAAGAAAAGAAAATTGTTGGAATAGGATATA 111
                      ************************************************************

consensus_6655#0      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 360
consensus_6655#1      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 233
consensus_6655#2      ACGGGATGCCCAACGGTATTTTAGATGATGATGTCCCTTGGGGAAAAGGATCAGCAAATG 171
                      ************************************************************

consensus_6655#0      AACTTGAAAATAAGTATCTTTATG----------TTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 410
consensus_6655#1      AACTTGAAAATAAGTATCTTTATGGAATTTGTAGTTTGTCATGCAGAGTTGAACGCAGTA 293
consensus_6655#2      AACTTGAAAGTAAGTATCTTTATGGA---------TAATGA------------------- 203
                      ********* **************           *  * *                   

consensus_6655#0      CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 470
consensus_6655#1      CTGAATCGTAATGAAGCTCATTCTGGAGGTTGTACACTATTCACGACCATGTTCCCATGT 353
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 530
consensus_6655#1      AATGAATGCGCTAAAGTGATTATACAGGCTGGGATTAAAGAAGTAGTGTATTATTCGGAT 413
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATANAGCTGATGTC 590
consensus_6655#1      AAGAAGAATGGAACAGAATCTAATCAAGCAGCTAAATATTTATTTAATAAAGCTGATGTC 473
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      AGCATAAGAAAATTCACTCCAACANATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 650
consensus_6655#1      AGCATAAGAAAATTCACTCCAACAAATCGAACTATCAATATTAACCTTGATTAACTGAGG 533
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      ATCTTGATACAAAAA-CGGATAACCTACACCGGACTGGTACTTTNTGNATTCATATTTTA 709
consensus_6655#1      ATCTTGATACAAAAAACGGATAACCTACACCGGACTGTTACTTTTTGTATTCATATTTTA 593
consensus_6655#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6655#0      GNTTAANTCAAATAATATT 728
consensus_6655#1      GTTTAATTCAATAAATAT- 611
consensus_6655#2      -------------------