cluster # 6674

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Schistosoma mansoni
cluster # 6674 cluster # 6674 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6674#0 length = 898 sequences # 3

consensus_6674#1 length = 757 sequences # 1

consensusID : consensus_6674#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 898
fasta sequence

                              [GCCAANATTTGGCACGAGGGCCTTCAAGAAAATCATTTACTCAATGATGACTGGCTTGCTGAACGTATGAACAATGCTTTAAACGTCTATTCAAACAATTTAAACGGTTTGATGATTCTAGTAGATAAACGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAGCAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACAGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGTCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGACAAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTATCTACTGTAAAAATATATTGTA-TTTCTGC-TTAATCATTTCCTA-ATC-TAAATAAGNTCG]

[+] EMBL CD079677             [GCCAANATTTGGCACGAGGGCCTTCAAGAAAATCATTTACTCAATGATGACTGGCTTGCTGAACGTATGAACAATGCTTTAAACGTCTATTCAAACAATTTAAACGGTTTGATGATTCTAGTAGATAAACGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAGCAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACAGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGTCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCC ATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGAC AATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATG TACTNCCTGATTNATNC TTTTA TTATCTACTG  AAAATATATNGNA TNTCTGC TTAATCATTTCCTA ATC TAAATAAGN   ]
[-] EMBL CD074932             [                                                                                                                                                                                                                         AGTTAGAATCTATACGGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGCCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGACAAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTATCTACTGTAAAAATATATTGTA TT                                     ]
[-] EMBL CD073937             [                                                                                                                                                                                                                                            AACTGTCAATCGTTTGGGATCACGTCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGACAAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTATCTACTGTAAAAATATATTGTATTTTCTGCTTTAATCAGTTCCTATATCTTAAATAAAGTCG]




>consensus_6674#0
GCCAANATTTGGCACGAGGGCCTTCAAGAAAATCATTTACTCAATGATGACTGGCTTGCT
GAACGTATGAACAATGCTTTAAACGTCTATTCAAACAATTTAAACGGTTTGATGATTCTA
GTAGATAAACGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAG
CAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACAGGAAACT
GTCAATCGTTTGGGATCACGTCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAAT
AATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATT
CATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATA
AATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATT
CCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATT
ACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCA
TGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTG
ATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACA
GATGAAGAATTGAATGTATTCCGACAAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCA
TTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTA
TCTACTGTAAAAATATATTGTATTTCTGCTTAATCATTTCCTAATCTAAATAAGNTCG

consensusID : consensus_6674#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 757
fasta sequence

                              [TCGCGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAGCAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACGGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGCCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGANCAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTATCTACTGGAAAATATATTGTAT]

[+] EMBL CD081109             [TCGCGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAGCAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACGGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGCCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGANCAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTATCTACTGGAAAATATATTGTAT]




>consensus_6674#1
TCGCGGCCAANAATTTGGCACGAGGCGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTT
AGCGGATGCATGTGAGCAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGA
ATCTATACGGGAAACTGTCAATCGTTTGGGATCACGCCAGTTAACGGAATCAAACGGGGA
ATCTAAAATAAAAAATAATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGA
CTGTTATGAACCAATTCATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAG
TACCGGTGATGGTATAAATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAA
TAATAATATACGTATTCCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTG
TTTCGACTATGATATTACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGA
AAATATGGATAAATCATGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGG
TGCATTAATGGAATTGATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGC
ACCTTCATGGATTACAGATGAAGAATTGAATGTATTCCGANCAATTATTTCCAATTCATT
TTTACAACCGAATCCATTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCATATGTTACTCCTTGATT
TATTCTTTTTATTTATCTACTGGAAAATATATTGTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6674#0      GCCAANATTTGGCACGAGGGCCTTCAAGAAAATCATTTACTCAATGATGACTGGCTTGCT 60
consensus_6674#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6674#0      GAACGTATGAACAATGCTTTAAACGTCTATTCAAACAATTTAAACGGTTTGATGATTCTA 120
consensus_6674#1      -------------------------------------------TCGCGGCCAANAATTTG 17
                                                                  **     *  * * * 

consensus_6674#0      GTAGATAAACGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAG 180
consensus_6674#1      GCACG-AGGCGAATTAATTCTTTCCGTGGGATTAAAAAAATTTTAGCGGATGCATGTGAG 76
                      * *   *  ***************************************************

consensus_6674#0      CAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACAGGAAACT 240
consensus_6674#1      CAGTCTACTGAATTACATTTCCCGGAATTTGGTTCCCAGTTAGAATCTATACGGGAAACT 136
                      **************************************************** *******

consensus_6674#0      GTCAATCGTTTGGGATCACGTCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAAT 300
consensus_6674#1      GTCAATCGTTTGGGATCACGCCAGTTAACGGAATCAAACGGGGAATCTAAAATAAAAAAT 196
                      ******************** ***************************************

consensus_6674#0      AATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATT 360
consensus_6674#1      AATGATTTGTGTAGTGGAATTTCTACAGTTAAATCAAAATCTGACTGTTATGAACCAATT 256
                      ************************************************************

consensus_6674#0      CATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATA 420
consensus_6674#1      CATGGTGATGTATTAATCACAAAGCATTCTAATTTAATCAGTAGTACCGGTGATGGTATA 316
                      ************************************************************

consensus_6674#0      AATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATT 480
consensus_6674#1      AATGTTGTTTTTCAAGTGGTCATTGATGAAGATTATGAAAGTAATAATAATATACGTATT 376
                      ************************************************************

consensus_6674#0      CCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATT 540
consensus_6674#1      CCATCTTCATTACACAATGCCATATCAGCTGTACTGCGTACTTGTTTCGACTATGATATT 436
                      ************************************************************

consensus_6674#0      ACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCA 600
consensus_6674#1      ACAACTTTATCCTTGCCGTTATTATTGGTTTCATCAGTATCTGAAAATATGGATAAATCA 496
                      ************************************************************

consensus_6674#0      TGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTG 660
consensus_6674#1      TGGAGGGCCAAACGTGTAGAAACAGTACTTAAAGCTGTTAAAGGTGCATTAATGGAATTG 556
                      ************************************************************

consensus_6674#0      ATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACA 720
consensus_6674#1      ATTACTTGGCGTGGTCCCAATTTACGATCTATACAATTTCTCGCACCTTCATGGATTACA 616
                      ************************************************************

consensus_6674#0      GATGAAGAATTGAATGTATTCCGACAAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCA 780
consensus_6674#1      GATGAAGAATTGAATGTATTCCGANCAATTATTTCCAATTCATTTTTACAACCGAATCCA 676
                      ************************  **********************************

consensus_6674#0      TTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCAATATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTA 840
consensus_6674#1      TTAATTGTAGTGTAGTGATTTTCTTCA-TATGTTACTCCTTGATTTATTCTTTTTATTTA 735
                      *************************** ********************************

consensus_6674#0      TCTACTGTAAAAATATATTGTATTTCTGCTTAATCATTTCCTAATCTAAATAAGNTCG 898
consensus_6674#1      TCTACTG-GAAAATATATTGTAT----------------------------------- 757
                      *******  **************