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Schistosoma mansoni
cluster # 6692 cluster # 6692       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6692#0 length = 1046 sequences # 2  
consensus_6692#1 length = 717 sequences # 2  

consensusID : consensus_6692#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1046
fasta sequence
                              [TATTTATTGATTTGATCTAATAGATTTCATAATAGCACAATGATATTTAAAAAAAGAATAACTGACTAGATGAAAAGTAAAAATACGTTGAAAACCAAACATATAGAACATAGTTCAAGAGAAAAGGGTGAAGTAGTGAACAAAATCAAGAAAAGTCAAAAATAAGAAACAATTCAAAACGAATATATTTAAAGTACTGCAAGGTCAGTTACACTTAACGCAGAACATGGTACATGTGCACAACGGTTCAAGTTCATACAATCTATTAGAACAATAAGATGAAATTGTGAGCGCAGATCCCACAGTAGTAAAGCAAGTGAGAGAACTAGTGGTAATAGAAACTATTTGAAATACGAGATACCATTCAAGAGGAAAATATAAATTAGTGTAGTAAAAACATTGGTAGACTTCCGATCTCAGAGAATAAAATGAGTGAATGAACCTGGACCACTCCAATTGATTTTGAGCTATTTCACTCAGAGTCCCTAATCATTAGTTATGATAATTACGTCGACCACAACTACGTAGTCTGTCTGCACACACACACACAGCTCAGTCTAATAGTCAGTTTCCTTACAGACTGATGTCATGTCTTGATCAAAATTATTTCTTTTGGTGCATCTTGTTTATTTACAAACACAACAAACCTTTTGCAATTTAATGGTCTATTATTATTATTGATATTATTCTTACCTCCATCCATTTTAGATTTAGAAACAAGCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATAACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAATGTAATCAAGATAATTCTAATACAATACAACCAATCACTAATAATAATAATAATAATAATAAGAATAACTTAACAATGACCGTTTCAATGTTTCAATATATGTGCCTACAAAATACAGTGAATTTAGGTCAACTAATGAATTCTTTACAAAAACTTAATAGTCCAGATCTTGTCGCTTTAATTCAACAACAAATTGGAATAATAAAATCAAAAAAAACTATTAATCAATCAAAT]

[+] EMBL CD079903             [TATTTATTGATTTGATCTAATAGATTTCATAATAGCACAATGATATTTAAAAAAAGAATAACTGACTAGATGAAAAGTAAAAATACGTTGAAAACCAAACATATAGAACATAGTTCAAGAGAAAAGGGTGAAGTAGTGAACAAAATCAAGAAAAGTCAAAAATAAGAAACAATTCAAAACGAATATATTTAAAGTACTGCAAGGTCAGTTACACTTAACGCAGAACATGGTACATGTGCACAACGGTTCAAGTTCATACAATCTATTAGAACAATAAGATGAAATTGTGAGCGCAGATCCCACAGTAGTAAAGCAAGTGAGAGAACTAGTGGTAATAGAAACTATTTGAAATACGAGATACCATTCAAGAGGAAAATATAAATTAGTGTAGTAAAAACATTGGTAGACTTCCGATCTCAGAGAATAAAATGAGTGAATGAACCTGGACCACTCCAATTGATTTTGAGCTATTTCACTCAGAGTCCCTAATCATTAGTTATGATAATTACGTCGACCACAACTACGTAGTCTGTCTGCACACACACACACAGCTCAGTCTAATAGTCAGTTTCCTTACAGACTGATGTCATGTCTTGATCAAAATTATTTCTTTTGGTGCATCTTGTTTATTTACAAACACAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CD074100             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     nAATATAAATTAGTGTAGTANAAACATTGGTAGACTTCCGATCTCAGAGAATANAATGAGTGAATGAACCTGGACCACTCCAATTGATTTTGAGCTATTTCACTCAGAGTCCCTAATCATTAGTTATGATAATTACGTCGACCACAACTACGTAGTCTGTCTGCACACACACACACAGCTCAGTNTAATAGTCAGTTTCCTTACAGACTGATGTCATGTCTTGATCAAAATTATTTCTTTTGGTGCATCTTGTTTATTTACAAACACAACAAACCTTTTGCAATTTAATGGTCTATTATTATTATTGATATTATTCTTACCTCCATCCATTTTAGATTTAGAAACAAGCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATAACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAATGTAATCAAGATAATTCTAATACAATACAACCAATCACTAATAATAATAATAATAATAATAAGAATAACTTAACAATGACCGTTTCAATGTTTCAATATATGTGCCTACAAAATACAGTGAATTTAGGTCAACTAATGAATTCTTTACAAAAACTTAATAGTCCAGATCTTGTCGCTTTAATTCAACAACAAATTGGAATAATAAAATCAAAAAAAACTATTAATCAATCAAAT]


>consensus_6692#0 TATTTATTGATTTGATCTAATAGATTTCATAATAGCACAATGATATTTAAAAAAAGAATA ACTGACTAGATGAAAAGTAAAAATACGTTGAAAACCAAACATATAGAACATAGTTCAAGA GAAAAGGGTGAAGTAGTGAACAAAATCAAGAAAAGTCAAAAATAAGAAACAATTCAAAAC GAATATATTTAAAGTACTGCAAGGTCAGTTACACTTAACGCAGAACATGGTACATGTGCA CAACGGTTCAAGTTCATACAATCTATTAGAACAATAAGATGAAATTGTGAGCGCAGATCC CACAGTAGTAAAGCAAGTGAGAGAACTAGTGGTAATAGAAACTATTTGAAATACGAGATA CCATTCAAGAGGAAAATATAAATTAGTGTAGTAAAAACATTGGTAGACTTCCGATCTCAG AGAATAAAATGAGTGAATGAACCTGGACCACTCCAATTGATTTTGAGCTATTTCACTCAG AGTCCCTAATCATTAGTTATGATAATTACGTCGACCACAACTACGTAGTCTGTCTGCACA CACACACACAGCTCAGTCTAATAGTCAGTTTCCTTACAGACTGATGTCATGTCTTGATCA AAATTATTTCTTTTGGTGCATCTTGTTTATTTACAAACACAACAAACCTTTTGCAATTTA ATGGTCTATTATTATTATTGATATTATTCTTACCTCCATCCATTTTAGATTTAGAAACAA GCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATAACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAG CTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAATGTAATCAAGATAATTCTAATACAATAC AACCAATCACTAATAATAATAATAATAATAATAAGAATAACTTAACAATGACCGTTTCAA TGTTTCAATATATGTGCCTACAAAATACAGTGAATTTAGGTCAACTAATGAATTCTTTAC AAAAACTTAATAGTCCAGATCTTGTCGCTTTAATTCAACAACAAATTGGAATAATAAAAT CAAAAAAAACTATTAATCAATCAAAT



consensusID : consensus_6692#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 717
fasta sequence
                              [TATACAAACAGTATTTCGTATTGATGACTATTCAGCATACGATCAAGAATCGGATATATCAGACAATAATAACAAATCCAATCAAATGTTGCCAATTTATTGTTCCATCATGGGTTTAATAATTATTTCATTATTATGTTATGTTGTATACAAATTATGGCGACAAAGAGAAGCGTCAAAAAATGCCAAATTAGCTGATTCGTACAATAGTAACAAAACTGATTTATTAGATAGAACATCTTGTCTGGATAATAATCATTTACAACATCGAAGAATTTCATCAGGTTTCGTAAATAATAATGCTCATTTACCAAATCATTCACCTCAGTCTGCAAATGAACTTAATAACATTGCTGATTCAACACCCGATAACGATATTAACAATCAACTTCAATTTAATGATATTATTTATGGTCATGAAAAAGCACCATTACTTGGAAAATTAGATCATTCGAACAGCTCATTTAATAATTTTGAACAACAACCAATAACAGTGATCCCAATGAATATACTAGGAGTTATTTGTTATCGTTTATCTCAACATGGATGGCAAGAACTGGCTAGTATGCTGGATTTAGAAACAGCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAAAATGTATCAAGATATTCTAATACCATACAACCAATCACTAATA]

[+] EMBL BF936509             [TATACAAACAGTATTTCGTATTGATGACTATTCAGCATACGATCAAGAATCGGATATATCAGACAATAATAACAAATCCAATCAAATGTTGCCAATTTATTGTTCCATCATGGGTTTAATAATTATTTCATTATTATGTTATGTTGTATACAAATTATGGCGACAAAGAGAAGCGTCAAAAAATGCCAAATTAGCTGATTCGTACAATAGTAACAAAACTGATTTATTAGATAGAACATCTTGTCTGGATAATAATCATTTACAACATCGAAGAATTTCATCAGGTTTCGTAAATAATAATGCTCATTTACCAAATCATTCACCTCAGTCTGCAAATGAACTTAATAACATTGCTGATTCAACACCCGATAACGATATTAACAATCAACTTCAATTTAATGATATTATTTATGGTCATGAAAAAGCACCATTACTTGGAAAATTAGATCATTCGAACAGCTCATTTAATAATTTTGAACAACAACCAATAACAGTGATCCCAATGAATATACTAGGAGTTATTTGTTATCGTTTATCTCAACATGGATGGCAAGAACTGGCTAGTATGCTGGATTTAGAAACAGCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAAAATGTATCAAGATATTCTAATACCATACAACCAATCACTAATA]
[+] EMBL BF936785             [             TTTCGTATTGATGACTATTCAGCATACGATCAAGAATCGGATATATCAGACAATAATAACAAATCCAATCAAATGTTGCCAATTTATTGTTCCATCATGGGTTTAATAATTATTTCATTATTATGTTATGTTGTATACAAATTATGGCGACAAAGAGAAGCGTCAAAAAATGCCAAATTAGCTGATTCGTACAATAGTAACAAAACTGATTTATTAGATAGAACATCTTGTCTGGATAATAATCATTTACAACATCGAAGAATTTCATCAGGTTTCGTAAATAATAATGCTCATTTACCAAATCATTCACCTCAGTCTGCAAATGAACTTAATAACATTGCTGATTCAACACCCGATAACGATATTAACAATCAACTTCAATTTAATGATATTATTTATGGTCATGAAAAAGCACCATTACTTGGAAAATTAGATCATTCGAACAGCTCATTTAATAATTTTGAACAACAACCAATAACAGTGATCCCAATGAATATACTAGGAGTTATTTGTTATCGTTTATCTCAACATGGAT GCAAGAACT                                                                                                                                                               ]


>consensus_6692#1 TATACAAACAGTATTTCGTATTGATGACTATTCAGCATACGATCAAGAATCGGATATATC AGACAATAATAACAAATCCAATCAAATGTTGCCAATTTATTGTTCCATCATGGGTTTAAT AATTATTTCATTATTATGTTATGTTGTATACAAATTATGGCGACAAAGAGAAGCGTCAAA AAATGCCAAATTAGCTGATTCGTACAATAGTAACAAAACTGATTTATTAGATAGAACATC TTGTCTGGATAATAATCATTTACAACATCGAAGAATTTCATCAGGTTTCGTAAATAATAA TGCTCATTTACCAAATCATTCACCTCAGTCTGCAAATGAACTTAATAACATTGCTGATTC AACACCCGATAACGATATTAACAATCAACTTCAATTTAATGATATTATTTATGGTCATGA AAAAGCACCATTACTTGGAAAATTAGATCATTCGAACAGCTCATTTAATAATTTTGAACA ACAACCAATAACAGTGATCCCAATGAATATACTAGGAGTTATTTGTTATCGTTTATCTCA ACATGGATGGCAAGAACTGGCTAGTATGCTGGATTTAGAAACAGCAAATTTGATCAATTA CCTTCAGAAATACATCAGACTTATTATCAGCTACTATGGAAGCTCAAACAACTGCTGAAT CTCATTTAAAACAAAATGTATCAAGATATTCTAATACCATACAACCAATCACTAATA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6692#0      TATTTATTGATTTGATCTAATAGATTTCATAATAGCACAATGATATTTAAAAAAAGAATA 60
consensus_6692#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6692#0      ACTGACTAGATGAAAAGTAAAAATACGTTGAAAACCAAACATATAGAACATAGTTCAAGA 120
consensus_6692#1      ---------------------------------------TATACAAACAGTATTTC--GT 19
                                                              *** * *   ** ***  * 

consensus_6692#0      GAAAAGGGTGAAGTAGTGAACAAAATCAAGAAAAGTCAAAAATAAGAAACAATTCAAAAC 180
consensus_6692#1      ATTGATGACTATTCAGCATACG--ATCAAGAA---TCGGATATATCAGACAATA-ATAAC 73
                          * *   *   **   **   ********   **  * ***  * *****  * ***

consensus_6692#0      GAATATATTTAAAGTACTGCAAGGTCAGTTACACTTAACGCAGAACATGGTACATGTGCA 240
consensus_6692#1      AAATCCAATCAAA-TGTTGCCAATTTATTGTTCCATCATGGGTTTAATAAT-TATTTCAT 131
                       ***  * * *** *  *** *  * * *    * * * *      **  *  ** *   

consensus_6692#0      CAACGGTTCAAGTT-CATACAATCTATTAGAACAATAAGATGAAATTGTGAGCGCAGATC 299
consensus_6692#1      TATTATGTTATGTTGTATACAAATTATGGCGACAAAGAGA----------AGCGTCAA-- 179
                       *     * * ***  ******  ***    ****  ***          ****   *  

consensus_6692#0      CCACAGTAGTAAAGCAAGTGAGAGAACTAGTGGTAATAGAAACTATTTGAAATACGAGAT 359
consensus_6692#1      --AAAATGCCAAATTAGCTGATTCGTACAATAGTAACAAAACTGATTTATTAGATAGAAC 237
                        * * *   ***  *  ***       * * **** * **   ****   * *    * 

consensus_6692#0      ACCATTCAAGAGGAAAATATAAATTAGTGTAGTAAAAACATTGGTAGACTTCCGATCTCA 419
consensus_6692#1      ATCTTGTCTGGATAATA-ATCATTTACAACATCGAAGAATTTCATCAGGTTTCG----TA 292
                      * * *    *   ** * ** * ***    *   ** *  **  *    ** **     *

consensus_6692#0      GAGAATAAAATGAGTGAATGAACCTGGACCACTCCAATTGATTTTGAGCTATTTCACTCA 479
consensus_6692#1      AATAATAATGCTCATTTACCAAATCAT-TCACCTCAGTC---TGCAAATGAACTTAATAA 348
                       * *****      *  *  **       ***  ** *    *   *   *  * * * *

consensus_6692#0      GAGTCCCTAATCATTAGTTATGATAATTACGTCGACCA-CAACTACGTAGTCTGTCTGCA 538
consensus_6692#1      CATTGCTGATTCAACACCC--GATAACGATATTAACAATCAACTTC--AATTTAATGATA 404
                       * * *  * ***  *     *****  *  *  ** * ***** *  * * *      *

consensus_6692#0      CACACACACACAGCTCAGTCTAATAGTCAGTTTCCTTACAGACTGATGTCATGTCTTGAT 598
consensus_6692#1      T---TATTTATGGTC--ATGAAAAAGCACCATTACTTGGAAAATTAGATCATTCGAACAG 459
                           *   *  *     *  ** **     ** ***  * * * *  ****      * 

consensus_6692#0      CAAAATTATTTCTTTTGGTGCATCTTGTTTATTTACAAACACAACAAACCTTTTGCAATT 658
consensus_6692#1      CTCATTTAATAATTTTGAACAACAACCAATAACAGTGATCCCAATGAATATACTAGGAGT 519
                      *  * *** *  *****    *       **      * * ***  **  *  *   * *

consensus_6692#0      TAATGGTCTATTATTATTATTGATATTATTCTTA----CCTCCATCCATTTTAGATTTAG 714
consensus_6692#1      TATTTGT-TATCGTTTATCTCAACATGGATGGCAAGAACTGGCTAGTATGCTGGATTTAG 578
                      ** * ** ***  **  * *  * **   *   *    *   *    **  * *******

consensus_6692#0      AAACAAGCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATAACATCAGACTTATTATCAGCTACTA 774
consensus_6692#1      AAACA-GCAAATTTGATCAATTACCTTCAGAAATA-CATCAGACTTATTATCAGCTACTA 636
                      ***** ***************************** ************************

consensus_6692#0      TGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAATGTA-ATCAAGATAATTCTAAT 833
consensus_6692#1      TGGAAGCTCAAACAACTGCTGAATCTCATTTAAAACAAAATGTATCAAGATA-TTCTAAT 695
                      **************************************  *  ********* *******

consensus_6692#0      ACAATACAACCAATCACTAATAATAATAATAATAATAATAAGAATAACTTAACAATGACC 893
consensus_6692#1      ACCATACAACCAATCACTAATA-------------------------------------- 717
                      ** *******************                                      

consensus_6692#0      GTTTCAATGTTTCAATATATGTGCCTACAAAATACAGTGAATTTAGGTCAACTAATGAAT 953
consensus_6692#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6692#0      TCTTTACAAAAACTTAATAGTCCAGATCTTGTCGCTTTAATTCAACAACAAATTGGAATA 1013
consensus_6692#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6692#0      ATAAAATCAAAAAAAACTATTAATCAATCAAAT 1046
consensus_6692#1      ---------------------------------
                                                       




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)