cluster # 6720

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6720 cluster # 6720 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6720#0 length = 848 sequences # 3

consensus_6720#1 length = 228 sequences # 1

consensusID : consensus_6720#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 848
fasta sequence

                              [AATTCGGCTCGAGGACACATCGAAAAATACACTTTCATGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAATTGGGGAACAAGAAGCACTATCGATCGATATGGTTTTTGGTGATTGGGTTTCCTGTTGTTGGCGTAATATGTTTTCATGTATTAATCTATTAAGAATATTGAATATGTTAACTAAATGGAAACATTCAAGAATTATGCTTCTTGTAGTTTTTAAATCTGCGCCAATTCTAAAACGTGCACTACGTGTTAGACATGCAATGCTTCAATTATATGTATTAAAATTATTAAAATTACAAAGTCGTTATTTTGGTCGTCAATGGCGTAAAAATAATATGTCAATTATGTCTGCGATTTATCAAAAAGTTCGACATCGTTTAACAGATGATTGGGCTTATGGTAATGATGTTGATGCATTACCATGGCAATTTCAAGTGGAAGAATGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTTAATCAACGTCATTATACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAATGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCTTGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGAATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTTTGATGATTCAAAAGATAGTTTACCCCCTTTTTTTTCTTACAAAAACAAACAAAACAATACCGGTTTATGTTTTGACTTCGAATGAATGATACCATTACTAGTACTAAGTAAACAAATATTCAGTGCAATGTAACGCCTGTTTTTGTTTAATATCTAAATATATA]

[+] EMBL CD080709             [AATTCGGCTCGAGGACACATCGAAAAATACACTTTCATGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAATTGGGGAACAAGAAGCACTATCGATCGATATGGTTTTTGGTGATTGGGTTTCCTGTTGTTGGCGTAATATGTTTTCATGTATTAATCTATTAAGAATATTGAATATGTTAACTAAATGGAAACATTCAAGAATTATGCTTCTTGTAGTTTTTAAATCTGCGCCAATTCTAAAACGTGCACTACGTGTTAGACATGCAATGCTTCAATTATATGTATTAAAATTATTAAAATTACAAAGTCGTTATTTTGGTCGTCAATGGCGTAAAAATAATATGTCAATTATGTCTGCGATTTATCAAAAAGTTCGACATCGTTTAACAGATGATTGGGCTTATGGTAATGATGTTGATGCATTACCATGGCAATTTCAAGTGGAAGAATGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTTAATCAACGTCATTATACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAATGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCTTGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGAATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTNTGATGATTCANAAGATAGTTTACCCC                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD074634             [                                                                                                                                                                                                                                                             CATGCAATGCTTCAATTATATGTATTAAAATTATTAAAATTACAAAGTCGTTATTTTGGTCGTCAATGGCGTAAAAATAATATGTCAATTATGTCTGCGATTTATCAAAAAGTTCGACATCGTTTAACAGATGATTGGGCTTATGGTAATGATGTTGATGCATTACCATGGCAATTTCAAGTGGAAGAATGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTTAATCAACGTCATTATACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAATGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCTTGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGAATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTTTGATGATTCAAAAGATAGTTTACCCCCTTTTTTTTCTTACAAAAACAAACAAAACAATACCGGTTTATGTTTTGACTTCGAATGAATGATACCATTACTAGTACTAAGTAAACAAATATTCAGTGCAATGTAACGCCTGTTTTTGTTTAATATCTAAATATATA]
[-] EMBL BG931540             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTAAATCAACGTCATTACACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAGTGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCTTGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGAATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTTTGATGATTCAAAAGATAGTTTACCCCC TTTTTTTCTTACAAAAACAAACAAAACAATACCGGTTTATGTTTTGAC                                                                                        ]




>consensus_6720#0
AATTCGGCTCGAGGACACATCGAAAAATACACTTTCATGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCT
AATTGGGGAACAAGAAGCACTATCGATCGATATGGTTTTTGGTGATTGGGTTTCCTGTTG
TTGGCGTAATATGTTTTCATGTATTAATCTATTAAGAATATTGAATATGTTAACTAAATG
GAAACATTCAAGAATTATGCTTCTTGTAGTTTTTAAATCTGCGCCAATTCTAAAACGTGC
ACTACGTGTTAGACATGCAATGCTTCAATTATATGTATTAAAATTATTAAAATTACAAAG
TCGTTATTTTGGTCGTCAATGGCGTAAAAATAATATGTCAATTATGTCTGCGATTTATCA
AAAAGTTCGACATCGTTTAACAGATGATTGGGCTTATGGTAATGATGTTGATGCATTACC
ATGGCAATTTCAAGTGGAAGAATGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTTAATCAACG
TCATTATACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAA
TGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCT
TGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGA
ATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTTTGATGATTCAAAAGATAGTTTACCCCCTTTTTTTTC
TTACAAAAACAAACAAAACAATACCGGTTTATGTTTTGACTTCGAATGAATGATACCATT
ACTAGTACTAAGTAAACAAATATTCAGTGCAATGTAACGCCTGTTTTTGTTTAATATCTA
AATATATA

consensusID : consensus_6720#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 228
fasta sequence

                              [GTTAAAGCGATATCAGCTTTGTTTATNACTATTATTGAAACATTTTAAATTGNAATCATATTTATCAATTTGNAATATGTCTCACAATATTTAGTATTTGCTAATTGTATACCATTGATTTNGAAATTTTTCAATCAAGGAAATTACACTTTATATTACATCGGAAAAATACACTTTCATGGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAATTGGGGAACAAGAAGCACTATCG]

[+] EMBL SM881                [GTTAAAGCGATATCAGCTTTGTTTATNACTATTATTGAAACATTTTAAATTGNAATCATATTTATCAATTTGNAATATGTCTCACAATATTTAGTATTTGCTAATTGTATACCATTGATTTNGAAATTTTTCAATCAAGGAAATTACACTTTATATTACATCGGAAAAATACACTTTCATGGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAATTGGGGAACAAGAAGCACTATCG]




>consensus_6720#1
GTTAAAGCGATATCAGCTTTGTTTATNACTATTATTGAAACATTTTAAATTGNAATCATA
TTTATCAATTTGNAATATGTCTCACAATATTTAGTATTTGCTAATTGTATACCATTGATT
TNGAAATTTTTCAATCAAGGAAATTACACTTTATATTACATCGGAAAAATACACTTTCAT
GGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAATTGGGGAACAAGAAGCACTATCG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6720#0      AATTCGGCTCGAGGACACATCGAAAAATACACTTTCATGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCT 60
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      AATTGGGGAACAAGAAGCACTATCGATCGATATGGTTTTTGGTGATTGGGTTTCCTGTTG 120
consensus_6720#1      --------------------GTTAAAGCGATATCAGCTTTGTTTATNA------CTATTA 34
                                            *  * ******    **** * **        ** ** 

consensus_6720#0      TTGGCGTAATATGTTTTCATGTATTAATCTATTAAGAATATTGAATATGTTAACTAAATG 180
consensus_6720#1      TTGA---AACATTTTAAATTGNAATCATAT-TTATCAATTTGNAATATGTCTCACAATAT 90
                      ***    ** ** **    ** * * ** * ***  *** *  *******     **   

consensus_6720#0      GAAACATTCAAGAATTATGCTTCTTGTAGTTTTTAAATCTGCGCCAATTCTAAAACGTGC 240
consensus_6720#1      TTAGTATTTGCTAATTGTATACCAT-TGATTTNGAAATTTT--TCAATCAAGGAAATTAC 147
                        *  ***    **** *    * * *  ***  **** *    ****     **  * *

consensus_6720#0      ACTACGTGTTAGACATGCAATGCTTCAATTATATGTATTAAAATTATTAAAATTACAAAG 300
consensus_6720#1      ACTTTATATTACAT-CGGAAAAATACACTTTCATGGTTTAGAATTTCCAGCTCGTCTAAT 206
                      ***   * *** *   * **   * ** **  ***  *** ****   *      * ** 

consensus_6720#0      TCGTTATTTTGGTCGTCAATGGCGTAAAAATAATATGTCAATTATGTCTGCGATTTATCA 360
consensus_6720#1      TGGGGAACAAGAAGCACTATCG-------------------------------------- 228
                      * *  *    *     * ** *                                      

consensus_6720#0      AAAAGTTCGACATCGTTTAACAGATGATTGGGCTTATGGTAATGATGTTGATGCATTACC 420
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      ATGGCAATTTCAAGTGGAAGAATGTTCATTACGTACTAATGTTGATCAATTTAATCAACG 480
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      TCATTATACTGATCATTGGTTTGATCCTGAATATAAACCAGTTGATAATTGTTTAATGAA 540
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      TGTACTTAGTCAATCTACCGAGTTATCTAATGAATTTAAAGAAAATTATGAAAAATGGCT 600
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      TGAAGAAGAAGTATTCTCTGTACCAATTAATTGGTCACATGTATTAGCTCATTAAAAGGA 660
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      ATGGGTTTCTATTTGTAAACCTTTTGATGATTCAAAAGATAGTTTACCCCCTTTTTTTTC 720
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      TTACAAAAACAAACAAAACAATACCGGTTTATGTTTTGACTTCGAATGAATGATACCATT 780
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      ACTAGTACTAAGTAAACAAATATTCAGTGCAATGTAACGCCTGTTTTTGTTTAATATCTA 840
consensus_6720#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6720#0      AATATATA 848
consensus_6720#1      --------