cluster # 6742

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Schistosoma mansoni
cluster # 6742 cluster # 6742 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6742#0 length = 995 sequences # 2

consensus_6742#1 length = 786 sequences # 2

consensusID : consensus_6742#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 995
fasta sequence

                              [ATAATACAAAAAGAACACCAACAAAAACGTCTGCATCTGTACTTCGTCTAGTGCTTTTACTGTTTTCTTTTATGCCAGTTGATCTCAACTATAATTTATGACACTACAGTAATTATTATTAATTTATCTCTTTCATTTTACTAATTTCACCGTATTGCTGTTTTTATCTCATACATCCTCTCGTTTTTGTAGCTTAGTTTGTCCAGCACATTGTCGTTGTGATGTCTCTTTACTTTTATCTTTGTTGTGAGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGTAATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTTAACGTCGGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAAAAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGTCGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACTGACTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATTAACTTCTTTTAATAAACTAACAGAATANATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCTNTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGGNCTTGNTTTTATGGTTAAGGGCNTNNGATCTATGCCTATATATTGACTGACGTATATAANNTAGCTTATATTTTTATGTCTCTAGTTNNCTCACTATAAAGATAAGTATACAANTTTTCCCCTCTGATACGTCCAGCTTTGTTAATTTTCTTCTCATAATGATGGGTCTTTTATAGCTCGCTCATTCTGATGATGGNTGATCCNGNCACAGTAAAGCTCTGATTACAAGGATAGTTGATCATTCTA]

[-] EMBL CD192185             [ATAATACAAAAAGAACACCAACAAAAACGTCTGCATCTGTACTTCGTCTAGTGCTTTTACTGTTTTCTTTTATGCCAGTTGATCTCAACTATAATTTATGACACTACAGTAATTATTATTAATTTATCTCTTTCATTTTACTAATTTCACCGTATTGCTGTTTTTATCTCATACATCCTCTCGTTTTTGTAGCTTAGTTTGTCCAGCACAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD081196             [                                          TTCGTCTAGTGCTTTTACTGTTTTCTTTTATGCCAGTTGATCTCAACTATAATTTATGACACTACAGTAATTATTATTAATTTATCTCTTTCATTTTACTAATTTCACCGTATTGCTGTTTTTATCTCATACATCCTCTCGTTTTTGTAGCTTAGTTTGTCCAGCACATTGTCGTTGTGATGTCTCTTTACTTTTATCTTTGTTGTGAGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGTAATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTTAACGTCGGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAAAAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGTCGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACTGACTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATTAACTTCTTTTAATAAACTAACAGAATANATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCTNTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGGNCTTGNTTTTATGGTTAAGGGCNTNNGATCTATGCCTATATATTGACTGACGTATATAANNTAGCTTATATTTTTATGTCTCTAGTTNNCTCACTATAAAGATAAGTATACAANTTTTCCCCTCTGATACGTCCAGCTTTGTTAATTTTCTTCTCATAATGATGGGTCTTTTATAGCTCGCTCATTCTGATGATGGNTGATCCNGNCACAGTAAAGCTCTGATTACAAGGATAGTTGATCATTCTA]




>consensus_6742#0
ATAATACAAAAAGAACACCAACAAAAACGTCTGCATCTGTACTTCGTCTAGTGCTTTTAC
TGTTTTCTTTTATGCCAGTTGATCTCAACTATAATTTATGACACTACAGTAATTATTATT
AATTTATCTCTTTCATTTTACTAATTTCACCGTATTGCTGTTTTTATCTCATACATCCTC
TCGTTTTTGTAGCTTAGTTTGTCCAGCACATTGTCGTTGTGATGTCTCTTTACTTTTATC
TTTGTTGTGAGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGT
AATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTTAACGTC
GGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAA
AAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGT
CGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACT
GACTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATT
AACTTCTTTTAATAAACTAACAGAATANATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCT
NTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATAT
CATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGGNCTTGNTTTTATGGTTAAGGGCNTNNGATCT
ATGCCTATATATTGACTGACGTATATAANNTAGCTTATATTTTTATGTCTCTAGTTNNCT
CACTATAAAGATAAGTATACAANTTTTCCCCTCTGATACGTCCAGCTTTGTTAATTTTCT
TCTCATAATGATGGGTCTTTTATAGCTCGCTCATTCTGATGATGGNTGATCCNGNCACAG
TAAAGCTCTGATTACAAGGATAGTTGATCATTCTA

consensusID : consensus_6742#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 786
fasta sequence

                              [AGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGTAATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTAACGTCGGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAAAAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGTCGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACTGACTTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATTAACTTCTTTTAATAAAACTAACAGAATAAATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCTTTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGTCTTTGTTTTTATGTTTAGTGTGCTTGATTCTATTGCCTATATATTGACTGACGTATATAATTAGCTTTATATTTTTATGTCTCTAGTTTCTTCACTATAAAGATAAGTTATACAAATTTTCCCTCTTGTATACGTCCTAGCTTTGTTTATTTTTCTTTCTCCATATATGAATGGTTTCTTTTTATAGCTTCTGCTCCATTCTGATTGTATTGTTTGTATTCCTGTCAAGAGGTAAAAGCTCCTGATATTACAAAGGATTTCGTATGAATACAGTTTCTAATTAGG]

[-] EMBL CD075023             [AGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGTAATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTAACGTCGGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAAAAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGTCGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACTGACTTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATTAACTTCTTTTAATAAAACTAACAGAATAAATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCTTTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGTCTTTGTTTTTATGTTTAGTGTGCTTGATTCTATTGCCTATATATTGACTGACGTATATAATTAGCTTTATATTTTTATGTCTCTAGTTTCTTCACTATAAAGATAAGTTATACAAATTTTCCCTCTTGTATACGTCCTAGCTTTGTTTATTTTTCTTTCTCCATATATGAATGGTTTCTTTTTATAGCTTCTGCTCCATTCTGATTGTATTGTTTGTATTCCTGTCAAGAGGTAAAAGCTCCTGATATTACAAAGGATTTCGTATGAATACAGTTTCTAATTAGG]
[+] EMBL AA801597             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGTCTTTGTTTTTATGTTTAGTGTGCTTGATTCTATTGCCTATATATTGACTGACGTATATAATTAGC TTATA  TTTATGTCTC AGTTc                                                                                                                                                                                                    ]




>consensus_6742#1
AGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGTAATACAGTA
TGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTAACGTCGGCCTAAATA
TTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAAAAAAACAATG
AAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGTCGTTAACTTT
ATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACTGACTTTTAAA
GAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCATTAACTTCTTT
TAATAAAACTAACAGAATAAATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGGCTTTTGTACG
AACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGATATCATAACTC
ATTTCATTAGTTGGAATTTGTCTTTGTTTTTATGTTTAGTGTGCTTGATTCTATTGCCTA
TATATTGACTGACGTATATAATTAGCTTTATATTTTTATGTCTCTAGTTTCTTCACTATA
AAGATAAGTTATACAAATTTTCCCTCTTGTATACGTCCTAGCTTTGTTTATTTTTCTTTC
TCCATATATGAATGGTTTCTTTTTATAGCTTCTGCTCCATTCTGATTGTATTGTTTGTAT
TCCTGTCAAGAGGTAAAAGCTCCTGATATTACAAAGGATTTCGTATGAATACAGTTTCTA
ATTAGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6742#0      ATAATACAAAAAGAACACCAACAAAAACGTCTGCATCTGTACTTCGTCTAGTGCTTTTAC 60
consensus_6742#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6742#0      TGTTTTCTTTTATGCCAGTTGATCTCAACTATAATTTATGACACTACAGTAATTATTATT 120
consensus_6742#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6742#0      AATTTATCTCTTTCATTTTACTAATTTCACCGTATTGCTGTTTTTATCTCATACATCCTC 180
consensus_6742#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6742#0      TCGTTTTTGTAGCTTAGTTTGTCCAGCACATTGTCGTTGTGATGTCTCTTTACTTTTATC 240
consensus_6742#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6742#0      TTTGTTGTGAGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGT 300
consensus_6742#1      ---------AGTGAGAAATACAAATAATGATGATGATTAGTTTCAATTATGAATCTCTGT 51
                               ***************************************************

consensus_6742#0      AATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGTTAACGTC 360
consensus_6742#1      AATACAGTATGTTTTTATTTGTTTTCCTACATGTTCATATCAAACATATTTGT-AACGTC 110
                      ***************************************************** ******

consensus_6742#0      GGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAA 420
consensus_6742#1      GGCCTAAATATTTCAGTTTAGCTTCTTCAATGCAACACTGAACAGTTCAGCATTCAAAAA 170
                      ************************************************************

consensus_6742#0      AAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGT 480
consensus_6742#1      AAAAACAATGAAAGAAGAGTGTACTCATTAAAAAATATGAATGTATTGTTTGTTTCTCGT 230
                      ************************************************************

consensus_6742#0      CGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACT 540
consensus_6742#1      CGTTAACTTTATCTTTCGAATGATTTTCTCATGTGAATAAAATAAGGACAATTGTTGACT 290
                      ************************************************************

consensus_6742#0      GACTTT-AAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCAT 599
consensus_6742#1      GACTTTTAAAGAATAATATTTGTTGTGAACTATTCTGTGTTCAGAATGTCTTGCTTTCAT 350
                      ****** *****************************************************

consensus_6742#0      TAACTTCTTTTAATAAA-CTAACAGAATANATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGG 658
consensus_6742#1      TAACTTCTTTTAATAAAACTAACAGAATAAATTTAAGGAGTCGTGAGACGTTTTACTGGG 410
                      ***************** *********** ******************************

consensus_6742#0      CTNTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGAT 718
consensus_6742#1      CTTTTGTACGAACCATGTATAGAAATCAATCTATTATTTTAAATCGAATAAATGACTGAT 470
                      ** *********************************************************

consensus_6742#0      ATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGGNCTTGNTTTTATGGTTAAGGGCNTNNGAT 778
consensus_6742#1      ATCATAACTCATTTCATTAGTTGGAATTTGTCTTTGTTTTTATGTTTAGTGTGCTTGATT 530
                      ******************************   *** ******* ***  *   *    *

consensus_6742#0      CTAT-GCCTATATATTGACTGACGTATATAANNTAGCTTATATTTTTATGTCTCTAGTTN 837
consensus_6742#1      CTATTGCCTATATATTGACTGACGTATATAATTAGCTTTATATTTTTATGTCTCTAGTTT 590
                      **** **************************      ********************** 

consensus_6742#0      NCTCACTATAAAGATAAGT-ATACAANTTTTCCCCTCTG-ATACGTCC-AGCTTTGTTAA 894
consensus_6742#1      CTTCACTATAAAGATAAGTTATACAAATTTTCCCTCTTGTATACGTCCTAGCTTTGTTTA 650
                        ***************** ****** *******   ** ******** ********* *

consensus_6742#0      TTTTCTTCTC-----ATAATGATGGGTC--TTTTATAGCTC--GCTC-ATTCTGATGATG 944
consensus_6742#1      TTTTTCTTTCTCCATATATGAATGGTTTCTTTTTATAGCTTCTGCTCCATTCTGATTGTA 710
                      ****  * **     ***   **** *   **********   **** ********  * 

consensus_6742#0      GN-----TGATCCNGNCACAGT---AAAGCTCTG---ATTACAAGGATAGTTG-ATCATT 992
consensus_6742#1      TTGTTTGTATTCCTGTCAAGAGGTAAAAGCTCCTGATATTACAAAGGATTTCGTATGAAT 770
                             *  *** * **       *******     ******* *    * * ** * *

consensus_6742#0      CTA------------- 995
consensus_6742#1      ACAGTTTCTAATTAGG 786
                        *