cluster # 6747

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6747 cluster # 6747 Sequences # 4 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6747#0 length = 877 sequences # 2

consensus_6747#1 length = 513 sequences # 1
consensus_6747#2 length = 375 sequences # 1

consensusID : consensus_6747#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 877
fasta sequence

                              [CCCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAGAAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCACGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCATGAACGTGTTCAAGTTATGGCACAGCGTTATCAAAATTTAGAACGTAGACGTCAATTAGAAATGGAAGGTTATCGAACAGATATTAGTGTGTTGCGTAAAAAGTTGAAAGAGGTTGAACGACAACTATTAAAGTTAACTCTTGGTTTAACCGATGGGATCAATTTACCTGAATCACTTAATATTAATGATCATAAAGATATTGATTTGGCGTTATTAAAACAAGTTAAAGCTTCAACAACACGATCTAATCAAATATTGAATGAATTAAAAGGTCTTAAATTAAAAATGTATTCATTAGAAGATGAATTACGTAAAATTTAATAATGCATCCGGTGAAAAGTAAGCCATAATTGGCTAGTAACATTGTCGACACACAATCCATCCATATTTATTATATTTTCTAAATAGACAATTATTATTGTAAATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATTTGGTCAACACANATTTATAACTCTCCCTTCCCCCACCTTCCCCCCTTCCTNC--CTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCANNCNTCCCCANGGTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAAATTTATGACTANGGGNNGTTNNCNGGACNGAATNNCATTCAACATTC]

[+] EMBL CD081301             [CCCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAGAAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCACGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCATGAACGTGTTCAAGTTATGGCACAGCGTTATCAAAATTTAGAACGTAGACGTCAATTAGAAATGGAAGGTTATCGAACAGATATTAGTGTGTTGCGTAAAAAGTTGAAAGAGGTTGAACGACAACTATTAAAGTTAACTCTTGGTTTAACCGATGGGATCAATTTACCTGAATCACTTAATATTAATGATCATAAAGATATTGATTTGGCGTTATTAAAACAAGTTAAAGCTTCAACAACACGATCTAATCAAATATTGAATGAATTAAAAGGTCTTAAATTAAAAATGTATTCATTAGAAGATGAATTACGTAAAATTTAATAATGCATCCGGTGAAAAGTAAGCCATAATTGGCTAGTAACATTGTCGACACACAATCCATCCATATTTATTATATTTTCTAAATAGACAATTATTATTGTAAATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATTTGGTCAACACANATTTATAACTCTCCCTTCCCCCACCTTCCCCCCTTCCTNC  CTCTCTCTCTCTCTATCT                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AA629514             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGTCGACACACAATCCATCCATATTTATTATATTTTCTAAATANACAATTATTATNGTAAATTACGTGATCAANGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATTTGGTCAACACAAATTTATAANTCTCCCTTCCCCCACCTTCCCCCCTTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCANNCNTCCCCANGGTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAAATTTATGACTANGGGNNGTTNNCNGGACNGAATNNCATTCAACATTC]




>consensus_6747#0
CCCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAG
AAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCA
CGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCATGAA
CGTGTTCAAGTTATGGCACAGCGTTATCAAAATTTAGAACGTAGACGTCAATTAGAAATG
GAAGGTTATCGAACAGATATTAGTGTGTTGCGTAAAAAGTTGAAAGAGGTTGAACGACAA
CTATTAAAGTTAACTCTTGGTTTAACCGATGGGATCAATTTACCTGAATCACTTAATATT
AATGATCATAAAGATATTGATTTGGCGTTATTAAAACAAGTTAAAGCTTCAACAACACGA
TCTAATCAAATATTGAATGAATTAAAAGGTCTTAAATTAAAAATGTATTCATTAGAAGAT
GAATTACGTAAAATTTAATAATGCATCCGGTGAAAAGTAAGCCATAATTGGCTAGTAACA
TTGTCGACACACAATCCATCCATATTTATTATATTTTCTAAATAGACAATTATTATTGTA
AATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAAT
CGGTATTTGGTCAACACANATTTATAACTCTCCCTTCCCCCACCTTCCCCCCTTCCTNCC
TCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCANNCNTCC
CCANGGTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAAATTTATGACT
ANGGGNNGTTNNCNGGACNGAATNNCATTCAACATTC

consensusID : consensus_6747#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 513
fasta sequence

                              [ATTATATTTTTTAAATAGACAATTATTATTGTAAATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATNTGGTCAACACNNANNNANAANTNTNCCNTTCCNCCCACCTTCCCCCCTTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCATTCTTCCCCATTTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAATTTATGACTAAAAATTGTTTACTTTACCGAATTTCATTCAACATTCTTGCTGTCCCATTGACAACAAGTAAATTACTGTTAAGCTTTTATTGTTTTCATTTGTTTGTTTCTTTCTTTTTTATAAAAAAGGCTTTTTGTTTTCATTAGTAACTTTTGTATATTTAACAAGAGAATTGATATGACGAATATATATTAATTGTATGTTGTTAGGTTAATGTCAAATGGGTAAAAAAAAATTAATATAAGTTT]

[-] EMBL CD075131             [ATTATATTTTTTAAATAGACAATTATTATTGTAAATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATNTGGTCAACACNNANNNANAANTNTNCCNTTCCNCCCACCTTCCCCCCTTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCATTCTTCCCCATTTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAATTTATGACTAAAAATTGTTTACTTTACCGAATTTCATTCAACATTCTTGCTGTCCCATTGACAACAAGTAAATTACTGTTAAGCTTTTATTGTTTTCATTTGTTTGTTTCTTTCTTTTTTATAAAAAAGGCTTTTTGTTTTCATTAGTAACTTTTGTATATTTAACAAGAGAATTGATATGACGAATATATATTAATTGTATGTTGTTAGGTTAATGTCAAATGGGTAAAAAAAAATTAATATAAGTTT]




>consensus_6747#1
ATTATATTTTTTAAATAGACAATTATTATTGTAAATTACGTGATCATTGGTTCCCACTAT
AATATTTGTGTTAATATAAATTGCTTTTTTAATCGGTATNTGGTCAACACNNANNNANAA
NTNTNCCNTTCCNCCCACCTTCCCCCCTTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCT
TATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTCATTCTTCCCCATTTATGCGTATTTCTTTATTTT
ATCAATTGTGATTTGATTGCATAATTTATGACTAAAAATTGTTTACTTTACCGAATTTCA
TTCAACATTCTTGCTGTCCCATTGACAACAAGTAAATTACTGTTAAGCTTTTATTGTTTT
CATTTGTTTGTTTCTTTCTTTTTTATAAAAAAGGCTTTTTGTTTTCATTAGTAACTTTTG
TATATTTAACAAGAGAATTGATATGACGAATATATATTAATTGTATGTTGTTAGGTTAAT
GTCAAATGGGTAAAAAAAAATTAATATAAGTTT

consensusID : consensus_6747#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 375
fasta sequence

                              [TTAAGTCAAATCAGTGTTAAAAAATTGAATTCTAGTGTTACTCCATCAACGCTATCTACTTTAAAAACTGGTGAACGTGATACTTGTTATTCACCTCGAGACAAAATAAACAATACTCTAAGAACTATTAATACTACTAATATATTTAATAATACTCAAAATTTAGAAACTCATGCATGGATTGAATTTAATCAACAAAAACAAATTCAATTAGAGAAAACAATTGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAGAAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCACGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCAT]

[+] EMBL AW017208             [TTAAGTCAAATCAGTGTTAAAAAATTGAATTCTAGTGTTACTCCATCAACGCTATCTACTTTAAAAACTGGTGAACGTGATACTTGTTATTCACCTCGAGACAAAATAAACAATACTCTAAGAACTATTAATACTACTAATATATTTAATAATACTCAAAATTTAGAAACTCATGCATGGATTGAATTTAATCAACAAAAACAAATTCAATTAGAGAAAACAATTGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAGAAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCACGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCAT]




>consensus_6747#2
TTAAGTCAAATCAGTGTTAAAAAATTGAATTCTAGTGTTACTCCATCAACGCTATCTACT
TTAAAAACTGGTGAACGTGATACTTGTTATTCACCTCGAGACAAAATAAACAATACTCTA
AGAACTATTAATACTACTAATATATTTAATAATACTCAAAATTTAGAAACTCATGCATGG
ATTGAATTTAATCAACAAAAACAAATTCAATTAGAGAAAACAATTGATAATTTAGAACAT
CAATTAGATCAATTACAGAAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAA
GAGGAATTAGTTCGTGCACGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAA
GCACATAAACTTCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6747#0      CCCCCGAGGCCAANAATTCGGCACGAGGATAATTTAGAACATCAATTAGATCAATTACAG 60
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      AAATTATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCA 120
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      CGTGAAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCATGAA 180
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      CGTGTTCAAGTTATGGCACAGCGTTATCAAAATTTAGAACGTAGACGTCAATTAGAAATG 240
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      GAAGGTTATCGAACAGATATTAGTGTGTTGCGTAAAAAGTTGAAAGAGGTTGAACGACAA 300
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      CTATTAAAGTTAACTCTTGGTTTAACCGATGGGATCAATTTACCTGAATCACTTAATATT 360
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      AATGATCATAAAGATATTGATTTGGCGTTATTAAAACAAGTTAAAGCTTCAACAACACGA 420
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      TCTAATCAAATATTGAATGAATTAAAAGGTCTTAAATTAAAAATGTATTCATTAGAAGAT 480
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      GAATTACGTAAAATTTAATAATGCATCCGGTGAAAAGTAAGCCATAATTGGCTAGTAACA 540
consensus_6747#1      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      TTGTCGACACACAATCCATCCATATTTATTATATTTTCTAAATAGACAATTATT--ATTG 598
consensus_6747#1      ---------------------------ATTATATTTTTTAAATAGACAATTATT--ATTG 31
consensus_6747#2      ----------------------------TTAAGTCAAATCAGTGTTAAAAAATTGAATTC 32
                                                  ***  *    * * *    **  ***  *** 

consensus_6747#0      TAA-ATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAA--TTGCTTTT 655
consensus_6747#1      TAA-ATTACGTGATCATTGGTTCCCACTATAATATTTGTGTTAATATAAA--TTGCTTTT 88
consensus_6747#2      TAGTGTTACTCCATCAACGCTATCTACTTTAAAAACTG-GTGAACGTGATACTTGTTATT 91
                      **   ****   ****  * *  * *** *** *  ** ** **  * *   *** * **

consensus_6747#0      TTAATCGGTATTTGGTCAACACANATTTATAACTCTCCCTT--CCCCCACCT-TCCCCCC 712
consensus_6747#1      TTAATCGGTATNTGGTCAACACNNANNNANAANTNTNCCNTTCCNCCCACCT-TCCCCCC 147
consensus_6747#2      CACCTCGAGACAAAATAAACAATACTCTAAGAACTATTAATACTACTAATATATTTAATA 151
                          ***  *     * ****       *  *        *    *  *  * *      

consensus_6747#0      TTCCTNCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTC 772
consensus_6747#1      TTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTTATTGTTGTCATTACTATTTCCCTGTC 207
consensus_6747#2      ATACTCAAAATTTAGAAACTCATGCATGGATTGAATT-TAATCAACAAAAACAA------ 204
                       * **     * *        **   *   *   *** *  ***  *  *          

consensus_6747#0      ANNCNTCCCCANGGTATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAAAT 832
consensus_6747#1      ATTCTTCCCCATT-TATGCGTATTTCTTTATTTTATCAATTGTGATTTGATTGCATAA-T 265
consensus_6747#2      ATTCAATTAGAGAAAACAATTGATAATTTAGAACATCAATT--AGATCAATTACAGAAAT 262
                      *  *      *    *    *  *  ****    *******     *  *** ** ** *

consensus_6747#0      TTATGACTANGGGNNGT--TNNCNGGACNGAATNNCATTCAACATTC------------- 877
consensus_6747#1      TTATGACTAAAAATTGT--TTACTTTACCGAATTTCATTCAACATTCTTGCTGTCCCATT 323
consensus_6747#2      TATCAGATATGTATAGAGATCAAGTTATTCAATTAGAAGAGGAATTAGTTCGTGCACGTG 322
                      *      **      *   *      *   ***   *      ***              

consensus_6747#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#1      GACAACAAGTAAATTACTGTTAAGCTTTTATTGTTTTCATTTGTTTGTTTCTTTCTTTTT 383
consensus_6747#2      AAGAAGGTGTCATGTCAAAGGATGTATTTAAAGATCAAGCACATAAACTTCAT------- 375
                                                                                  

consensus_6747#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#1      TATAAAAAAGGCTTTTTGTTTTCATTAGTAACTTTTGTATATTTAACAAGAGAATTGATA 443
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6747#1      TGACGAATATATATTAATTGTATGTTGTTAGGTTAATGTCAAATGGGTAAAAAAAAATTA 503
consensus_6747#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6747#0      ----------
consensus_6747#1      ATATAAGTTT 513
consensus_6747#2      ----------