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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6768#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 989 fasta sequence
[CGAGGCCATTAATTCGGCACGCGGTATAATAATGATTATCTTGTTCAACATTATAATGATCATAAATTTATTATTAGTGTTAATCACCTTCAAATATCCAAATTACATCAACATATGGATAAATCATCATCCATTCATTTTATACCTAAAAATATACCAAGATCAATTGAAGCCTTAATTCTTCATCCAAATTTTACACAACAACAAAGTTTATCACCAGATATTGGTTTAATTCAATTACAAAGCTCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTGTATAAGTTTCTAATTATGATAAAAGTATAATTGATTACATTTTATTTAGTATAGATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATCCAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATTGGATTGAATCCATTACAGGATACGGAAAAACTG-AACCTTTCGAGTAAACTNTGTATTCATGATTGGGACTACTNGAATCTATTTCAGTAGCTCTACAGTGACGAGAAATATTTATGCAA-TTATCTAANTTACACGA-ATTANAATCGAGTG]
[+] EMBL CD081744 [CGAGGCCATTAATTCGGCACGCGGTATAATAATGATTATCTTGTTCAACATTATAATGATCATAAATTTATTATTAGTGTTAATCACCTTCAAATATCCAAATTACATCAACATATGGATAAATCATCATCCATTCATTTTATACCTAAAAATATACCAAGATCAATTGAAGCCTTAATTCTTCATCCAAATTTTACACAACAACAAAGTTTATCACCAGATATTGGTTTAATTCAATTACAAAGCTCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTGTATAAGTTTCTAATTATGATAAAAGTATAATTGATTACATTTTATTTAGTATAGATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATCCAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATTGGATTGAATCCATTACAGGATACGGAAAAACTG AACCTTTCGAGTAAACTNTGTATTCATGATTGGGACTACTNGAATCTATTTCAGTAGCTCTACAGTGACGAGAAATATTTATGCAA TTATCTAANTTACACGA ATTANAATCGAGT ]
[-] EMBL CD075478 [ ATTTTACACAACAACAAAGTTTATCACCAGATATTGGTTTAATTCAATTACAAAGCTCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTGTATAAGTTTCTAATTATGATAAAAGTATAATTGATTACATTTTATTTAGTATAGATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATCCAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATTGGATTGAATCCATTACAGGATACGG AAAACTGAAACCTTTCGAGTAAACTTTGTATTCATGATTGGGACTACTTGAATCTATTTCAGTAGCTCTACAGTGACGAG AATATTTATGCAATTTATCTAATTTACGCGATATTAAAATCGAaag]
consensusID : consensus_6768#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 573 fasta sequence
[TCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATACAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATGGGATNGCATCCATTACAGGATACGGAAAACTGAAA]
[+] EMBL AI975849 [TCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATACAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATGGGATNGCATCCATTACAGGATACGGAAAACTGAAA]
[+] EMBL AI975103 [TCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAGTTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCAGGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTATTTTCATGTAGCATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAACTAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAGTTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAGATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATTACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAATCCAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTG ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_6768#0 CGAGGCCATTAATTCGGCACGCGGTATAATAATGATTATCTTGTTCAACATTATAATGAT 60
consensus_6768#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6768#0 CATAAATTTATTATTAGTGTTAATCACCTTCAAATATCCAAATTACATCAACATATGGAT 120
consensus_6768#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6768#0 AAATCATCATCCATTCATTTTATACCTAAAAATATACCAAGATCAATTGAAGCCTTAATT 180
consensus_6768#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6768#0 CTTCATCCAAATTTTACACAACAACAAAGTTTATCACCAGATATTGGTTTAATTCAATTA 240
consensus_6768#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6768#0 CAAAGCTCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAG 300
consensus_6768#1 ------TCTATTCTTAATTCAATTAATAATGAAATGTATAATTATGAAGAATTGAAAAAG 54
******************************************************
consensus_6768#0 TTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCA 360
consensus_6768#1 TTTTTATTATTAAATGATAAACTACTTATTAATAATCAACAGTATATATGTATAGTTTCA 114
************************************************************
consensus_6768#0 GGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATTGTATAAGT 420
consensus_6768#1 GGTGTTGGTCATTTAAATTATCGTAATATAATGAATGAAAATTCTAATAATT-------- 166
****************************************************
consensus_6768#0 TTCTAATTATGATAAAAGTATAATTGATTACATTTTATTTAGTATAGATTTTCATGTAGC 480
consensus_6768#1 -----------------------------------------------ATTTTCATGTAGC 179
*************
consensus_6768#0 ATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAAC 540
consensus_6768#1 ATTTGTACATCTTGAATCATGTAGTAAATTATGGAAGAAATTACAGTTAGTAACAGAAAC 239
************************************************************
consensus_6768#0 TAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAG 600
consensus_6768#1 TAAACAAAATCATGGCCAACAACAAGAAGAAAATGAATGGATAACTATTTGTAGACAAAG 299
************************************************************
consensus_6768#0 TTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAG 660
consensus_6768#1 TTTAATTGATAATTCTATTAGTCAAAAATGTCCTTTTAGTTATTTATGCGCTGGTGGAAG 359
************************************************************
consensus_6768#0 ATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATT 720
consensus_6768#1 ATATGTTGATGGTGATACATGTCAAGGAGATAGTGGTGGACCACTTTTATGTATTGAATT 419
************************************************************
consensus_6768#0 ACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAAT 780
consensus_6768#1 ACAATATTATTCGAAATTTATAAAGGAATGGTTCGTTGCTGGTATTGCATCATCAGGAAT 479
************************************************************
consensus_6768#0 CCAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATTG 840
consensus_6768#1 ACAGTGTGGTTTGAATGGGATTCCATCAATCTATACACCAATATATCCCTATTTGAATGG 539
********************************************************* *
consensus_6768#0 GATTGAATCCATTACAGGATACGGAAAAACTGAACCTTTCGAGTAAACTNTGTATTCATG 900
consensus_6768#1 GATNGCATCCATTACAGGATACGGAAAA-CTGAAA------------------------- 573
*** * ********************** *****
consensus_6768#0 ATTGGGACTACTNGAATCTATTTCAGTAGCTCTACAGTGACGAGAAATATTTATGCAATT 960
consensus_6768#1 ------------------------------------------------------------
consensus_6768#0 ATCTAANTTACACGAATTANAATCGAGTG 989
consensus_6768#1 -----------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||