cluster # 6832

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Schistosoma mansoni
cluster # 6832 cluster # 6832 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6832#0 length = 1153 sequences # 2

consensus_6832#1 length = 725 sequences # 2

consensusID : consensus_6832#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1153
fasta sequence

                              [CANATTCGGCACGAGGTCTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCATAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGTTAGTCTACTCTCAGTTTTCTGTAGATTGATTATTCATAATAAATGGATACTTTGATATTGATTTGAAAAAAAAAGTTGTTCTGATGTGTATCGTTTAAATTCTTGTTATTGTGTTATTGATTTTTGCCATAAATCTAGCAATGAATATACTGGACAATTTCATCTCGCTGTACTAATGGGGTATATGTCAGCTTGAATCAGTATACATATATACCAGGTTCTACGTTGAGATTAATCTACTGACCAACCGGTTATGCTTATTCGGTTGACTCTTCACCTCGTCGATATGTTATTTTGATATAATTCTCACTTGAGATATCTATGGAGATATGTTAATCAGTTGGGTTCAAAAGATATTTTTATGTTATTTTTACCATTTTATTTGGATCATATTTGAATAGTTAGAAATCATAAAGTAAAACATACATGACTTAGTTTGACTTGCTTAAAGTTTTTCTCTCATTTGTCTATGTAGGATTCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTTTAAAACGATTCATGCCCATAATTCTATGTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATCGCTGATTTGAAGTATTTATTATTTTATATCCTCTTGTGCTTCAGTTTTTCCTCCGACGTTTTATCGTTTCATTTGAACACTTTTCAATGTACCTTTTATTTCTGTCGATCTTATAACCATTTTATGCTCTCACTGTAGATAAAACGAGAATTTTTTTAGATTGTTTTTGTAACGTGGTGTCTTCTGTATCTGA]

[+] EMBL CD083127             [CANATTCGGCACGAGGTCTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCATAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGTTAGTCTACTCTCAGTTTTCTGTAGATTGATTATTCATAATAAATGGATACTTTGATATTGATTTGAAAAAAAAAGTTGTTCTGATGTGTATCGTTTAAATTCTTGTTATTGTGTTATTGATTTTTGCCATAAATCTAGCAATGAATATACTGGACAATTTCATCTCGCTGTACTAATGGGGTATATGTCAGCTTGAATCAGTATACATATATACCAGGTTCTACGTTGAGATTAATCTACTGACCAACCGGTTATGCTTATTCGGTTGACTCTTCACCTCGTCGATATGTTATTTTGATATAATTCTCACTTGAGATATCTATGGAGATATGTTAATCAGTTGGGTTCAAAAGATATTTTTATGTTATTTTTACCATTTTATTTGGATCATATTTGAATAGTTAGAAATCATAAAGTAAAACATACATGACTTAGTTTGACTTGCTTAAAGTTTTTCTCTCATTTGTCTATGTAGGATTCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[-] EMBL CD076701             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTTTAAAACGATTCATGCCCATAATTCTATGTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATCGCTGATTTGAAGTATTTATTATTTTATATCCTCTTGTGCTTCAGTTTTTCCTCCGACGTTTTATCGTTTCATTTGAACACTTTTCAATGTACCTTTTATTTCTGTCGATCTTATAACCATTTTATGCTCTCACTGTAGATAAAACGAGAATTTTTTTAGATTGTTTTTGTAACGTGGTGTCTTCTGTATCTGA]




>consensus_6832#0
CANATTCGGCACGAGGTCTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCATAGCATTAAG
TTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGT
TAGTCTACTCTCAGTTTTCTGTAGATTGATTATTCATAATAAATGGATACTTTGATATTG
ATTTGAAAAAAAAAGTTGTTCTGATGTGTATCGTTTAAATTCTTGTTATTGTGTTATTGA
TTTTTGCCATAAATCTAGCAATGAATATACTGGACAATTTCATCTCGCTGTACTAATGGG
GTATATGTCAGCTTGAATCAGTATACATATATACCAGGTTCTACGTTGAGATTAATCTAC
TGACCAACCGGTTATGCTTATTCGGTTGACTCTTCACCTCGTCGATATGTTATTTTGATA
TAATTCTCACTTGAGATATCTATGGAGATATGTTAATCAGTTGGGTTCAAAAGATATTTT
TATGTTATTTTTACCATTTTATTTGGATCATATTTGAATAGTTAGAAATCATAAAGTAAA
ACATACATGACTTAGTTTGACTTGCTTAAAGTTTTTCTCTCATTTGTCTATGTAGGATTC
TCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGA
AATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGA
CGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATT
CTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTTTAAAACGATTCATGCCCATAATTCTATGT
ATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATA
AATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATC
GCTGATTTGAAGTATTTATTATTTTATATCCTCTTGTGCTTCAGTTTTTCCTCCGACGTT
TTATCGTTTCATTTGAACACTTTTCAATGTACCTTTTATTTCTGTCGATCTTATAACCAT
TTTATGCTCTCACTGTAGATAAAACGAGAATTTTTTTAGATTGTTTTTGTAACGTGGTGT
CTTCTGTATCTGA

consensusID : consensus_6832#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 725
fasta sequence

                              [AAATTAACAATAACTCTAGGTACCAGTTCTTCCGATTCTCTGGCATTAACACGTAAACAATTATTACAAACCTTTGGCTTAAGTGTTCCATTGAAGTGTGATTTACGTGGCAATATTGAATCCATGACAGAATTCTTCATATTCTCACGTATTTTTTCTATGGACAAAGATGAACTTAATAAATGTCTCGTAAACTCTGAATCAAATCGCACAATAATAAAATCGCAGTTGAGTAGTTTTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCAAAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGATTCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATNTATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTCTAAAACGATTCATGACCATAATTCTATGTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATCGCTGATTTGAAGTATTTATTA]

[+] EMBL CD196686             [AAATTAACAATAACTCTAGGTACCAGTTCTTCCGATTCTCTGGCATTAACACGTAAACAATTATTACAAACCTTTGGCTTAAGTGTTCCATTGAAGTGTGATTTACGTGGCAATATTGAATCCATGACAGAATTCTTCATATTCTCACGTATTTTTTCTATGGACAAAGATGAACTTAATAAATGTCTCGTAAACTCTGAATCAAATCGCACAATAATAAAATCGCAGTTGAGTAGTTTTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCAAAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGATTCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATNTATATCTTACG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD196689             [                                                                                                                                                                                                                                                                          ATGCAAAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGATTCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTCTAAAACGATTCATGACCATAATTCTATGTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATCGCTGATTTGAAGTATTTATTA]




>consensus_6832#1
AAATTAACAATAACTCTAGGTACCAGTTCTTCCGATTCTCTGGCATTAACACGTAAACAA
TTATTACAAACCTTTGGCTTAAGTGTTCCATTGAAGTGTGATTTACGTGGCAATATTGAA
TCCATGACAGAATTCTTCATATTCTCACGTATTTTTTCTATGGACAAAGATGAACTTAAT
AAATGTCTCGTAAACTCTGAATCAAATCGCACAATAATAAAATCGCAGTTGAGTAGTTTT
GAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCAAAGCATTAAGTTTTATGATTAATCGTTTA
AAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGATTCTCCTGAATGGAATCAG
TTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCATGAAATNTATATCTTACGT
TCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTACGACGTCATCAATAATAAC
TTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGATTCTTCCTCTTTGTTCGA
GTTAGTTATAATTTCTAAAACGATTCATGACCATAATTCTATGTATTTTGCTTGGTTTCT
TTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCATAAATAAAAACTATTCTT
ACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTATCGCTGATTTGAAGTATT
TATTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6832#0      CANATTCGGCACGAGGTCTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCATAGCATTAAG 60
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      TTTTATGATTAATCGTTTAAAATTATTAATTGCTGCATATGGAACCTTACTGTTAGAGGT 120
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      TAGTCTACTCTCAGTTTTCTGTAGATTGATTATTCATAATAAATGGATACTTTGATATTG 180
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      ATTTGAAAAAAAAAGTTGTTCTGATGTGTATCGTTTAAATTCTTGTTATTGTGTTATTGA 240
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      TTTTTGCCATAAATCTAGCAATGAATATACTGGACAATTTCATCTCGCTGTACTAATGGG 300
consensus_6832#1      -----------AAATTAACAATAACTCTAGGTACCAGTTC--TTCCGATTCTCTGGCATT 47
                                 **  ** **** * * **     ** **   *  ** *   **      

consensus_6832#0      GTATATGTCAGCTTGAATCAGTATACATATATACCAGGTTCTACGTTGAGAT-TAATCTA 359
consensus_6832#1      A-ACACGTAAACAATTATTA-CAAACCTTTGGCTTAAGTGTTCCATTGAAGTGTGATTTA 105
                        * * ** * *    ** *  * ** * *     * **  * * ****  * * ** **

consensus_6832#0      CTGACCAACCGGTTATGCTTATTCGGTTGACTCTTCACCTCGTCGATATGTTATTTTGAT 419
consensus_6832#1      CGTGGCAATATTGAATCCATGACAGAATTCTTCATATTCTCACGTATTTTTTCTATGGAC 165
                      *    ***      ** * *    *  *   ** *   ***    ** * ** * * ** 

consensus_6832#0      ATAATTCTCACTTGAGATATCTATGGAGATATGTTAATCAGTTGGGTTCAAAAGATATTT 479
consensus_6832#1      A-AAGATGAACTTAATAAATGTCTCGTAAACTCTGAATCAAATCGCACAATAATAAAATC 224
                      * **     **** * * ** * * *  *  * * *****  * *    * ** * * * 

consensus_6832#0      TTATGTTATTTTTACCATTTTATTTGGATCATATTTGAATAGTTAGAAATCATAAAGTAA 539
consensus_6832#1      GCAGTTGAGTAGTTTTGAGTTTAATAAAGAAATTTCTTCTGAATGCAAAGCATTAAGTTT 284
                        *  * * *  *      **   *  *  *  **    *   *  *** *** ****  

consensus_6832#0      AAC-ATACATGACTTAGTTTGACTTGCTTAAAGTTTTTCTCTCATTTGTCTATGTAGGAT 598
consensus_6832#1      TATGATTAATCGTTTAAAATTA-TTAATTGCTGCATATGGAAC-CTTACTGTTAGAGGAT 342
                       *  **  **   ***   * * **  **   *  * *    *  **     *  *****

consensus_6832#0      TCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCAT 658
consensus_6832#1      TCTCCTGAATGGAATCAGTTAACGTCAACTCAACAAAATTGTGAACTGCTTAAACATCAT 402
                      ************************************************************

consensus_6832#0      GAAATTAATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTAC 718
consensus_6832#1      GAAATNTATATCTTACGTTCTAGTATTGAAAATATTCAATATATCATGGATAATAGTTAC 462
                      *****  *****************************************************

consensus_6832#0      GACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGA 778
consensus_6832#1      GACGTCATCAATAATAACTTGCTAGCTGTTTCTATGAACTGTGATAGTGGAAATGTATGA 522
                      ************************************************************

consensus_6832#0      TTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTTTAAAACGATTCATGCCCATAATTCTAT 838
consensus_6832#1      TTCTTCCTCTTTGTTCGAGTTAGTTATAATTTCTAAAACGATTCATGACCATAATTCTAT 582
                      ******************************** ************** ************

consensus_6832#0      GTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCA 898
consensus_6832#1      GTATTTTGCTTGGTTTCTTTCACATTTTCATAGTAGACAAATTCTGTTTTTTTTTTATCA 642
                      ************************************************************

consensus_6832#0      TAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTA 958
consensus_6832#1      TAAATAAAAACTATTCTTACATTTATTTTACAATGCTTAAGTAGGTCATAACAACCTCTA 702
                      ************************************************************

consensus_6832#0      TCGCTGATTTGAAGTATTTATTATTTTATATCCTCTTGTGCTTCAGTTTTTCCTCCGACG 1018
consensus_6832#1      TCGCTGATTTGAAGTATTTATTA------------------------------------- 725
                      ***********************                                     

consensus_6832#0      TTTTATCGTTTCATTTGAACACTTTTCAATGTACCTTTTATTTCTGTCGATCTTATAACC 1078
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      ATTTTATGCTCTCACTGTAGATAAAACGAGAATTTTTTTAGATTGTTTTTGTAACGTGGT 1138
consensus_6832#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6832#0      GTCTTCTGTATCTGA 1153
consensus_6832#1      ---------------