cluster # 6893

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Schistosoma mansoni
cluster # 6893 cluster # 6893 Sequences # 4 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6893#0 length = 665 sequences # 2

consensus_6893#1 length = 569 sequences # 1
consensus_6893#2 length = 567 sequences # 1

consensusID : consensus_6893#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 665
fasta sequence

                              [CCGGACCGACGGCTCACGGAACTTTACATTAAATGCCAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCAACAATCGATGGAGATGCTGATAGATTAATCTATTTTCGACCAATTTTTACGCATTATTCACCATCTTCAGGTGATGATAATAGGTTAAATAATGACGTGAAAGAATTACATCTACCTGGGGCTGTAGCTCAACAAGTTGAACTTCTGGATGGTGATCGTATATCATGTCTTTTTGCTCATTTTCTTGTTAAAGTTCTCAAATCAGTATCTTCCGATCGTAATTTAACTATCGGAGTCATACAGACAGCCTATGCAAATTCTGCGTCTACACGTTATTTAACTGAACATCTTCATGTATCAGTAGTTTGTGTTCCAACTGGAGTAAAACATTTGCATCATGCAGCACAAAGTTTTGATTTTGGGATTTATTTTGAGGCTAATGGACATGGAACTGTATTGTTTTCTAAACATATTTTAAACTTTGCAGAAAATCTAAATGTGAATAATCCACTTCGTACATTTATTGATTTAACTAATACTTCAATTGGTGATGCTATAACTGATATTCTCTTAGTGGAATATACATTAGCCTGGTTAAATTGGTCATTTGTTAATTGGNTCTCAATGTATGCTGATT]

[+] EMBL CD167262             [CCGGACCGACGGCTCACGGAACTTTACATTAAATGCCAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCAACAATCGATGGAGATGCTGATAGATTAATCTATTTTCGACCAATTTTTACGCATTATTCACCATCTTCAGGTGATGATAATAGGTTAAATAATGACGTGAAAGAATTACATCTACCTGGGGCTGTAGCTCAACAAGTTGAACTTCTGGATGGTGATCGTATATCATGTCTTTTTGCTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD079001             [                                                                           AGATAGATGGGCAACAATCGATGGAGATGCTGATAGATTAATCTATTTTCGACCAATTTTTACGCATTATTCACCATCTTCAGGTGATGATAATAGGTTAAATAATGACGTGAAAGAATTACATCTACCTGGGGCTGTAGCTCAACAAGTTGAACTTCTGGATGGTGATCGTATATCATGTCTTTTTGCTCATTTTCTTGTTAAAGTTCTCAAATCAGTATCTTCCGATCGTAATTTAACTATCGGAGTCATACAGACAGCCTATGCAAATTCTGCGTCTACACGTTATTTAACTGAACATCTTCATGTATCAGTAGTTTGTGTTCCAACTGGAGTAAAACATTTGCATCATGCAGCACAAAGTTTTGATTTTGGGATTTATTTTGAGGCTAATGGACATGGAACTGTATTGTTTTCTAAACATATTTTAAACTTTGCAGAAAATCTAAATGTGAATAATCCACTTCGTACATTTATTGATTTAACTAATACTTCAATTGGTGATGCTATAACTGATATTCTCTTAGTGGAATATACATTAGCCTGGTTAAATTGGTCATTTGTTAATTGGNTCTCAATGTATGCTGATT]




>consensus_6893#0
CCGGACCGACGGCTCACGGAACTTTACATTAAATGCCAAGTTAACTCCACCGAATGAACA
GTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCAACAATCGATGGAGATGCTGATAGATTAATCTA
TTTTCGACCAATTTTTACGCATTATTCACCATCTTCAGGTGATGATAATAGGTTAAATAA
TGACGTGAAAGAATTACATCTACCTGGGGCTGTAGCTCAACAAGTTGAACTTCTGGATGG
TGATCGTATATCATGTCTTTTTGCTCATTTTCTTGTTAAAGTTCTCAAATCAGTATCTTC
CGATCGTAATTTAACTATCGGAGTCATACAGACAGCCTATGCAAATTCTGCGTCTACACG
TTATTTAACTGAACATCTTCATGTATCAGTAGTTTGTGTTCCAACTGGAGTAAAACATTT
GCATCATGCAGCACAAAGTTTTGATTTTGGGATTTATTTTGAGGCTAATGGACATGGAAC
TGTATTGTTTTCTAAACATATTTTAAACTTTGCAGAAAATCTAAATGTGAATAATCCACT
TCGTACATTTATTGATTTAACTAATACTTCAATTGGTGATGCTATAACTGATATTCTCTT
AGTGGAATATACATTAGCCTGGTTAAATTGGTCATTTGTTAATTGGNTCTCAATGTATGC
TGATT

consensusID : consensus_6893#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 569
fasta sequence

                              [TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAAGTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCCATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTGCTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATCTAAATGTAGATTGTGCACATGGTGTTGGTTCTAAAGTTTTAGAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTTATATAATACAGAGACAGAGAATAAAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTNTGTTAAAATTACATTAAATGCACCAAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATC]

[+] EMBL CD194882             [TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAAGTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCCATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTGCTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATCTAAATGTAGATTGTGCACATGGTGTTGGTTCTAAAGTTTTAGAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTTATATAATACAGAGACAGAGAATAAAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTNTGTTAAAATTACATTAAATGCACCAAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATC]




>consensus_6893#1
TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATT
GCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAA
GTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCC
ATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAA
TTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTG
CTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATCTAA
ATGTAGATTGTGCACATGGTGTTGGTTCTAAAGTTTTAGAACGTTTTCGTGCATATTTTT
CATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTTATATAATACAGAGACAGAGAATA
AAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTNTGTTAAAATTACATTAAATGCACCAA
AGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATC

consensusID : consensus_6893#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 567
fasta sequence

                              [TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAAGTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCCATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTGCTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATTTAAATAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTTATATAATACAGAGACAGAGAATAAAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTTTGTTAAAATTACATTAAATGCACCAAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCCACAATCGATGGAGA]

[+] EMBL CD194895             [TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAAGTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCCATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTGCTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATTTAAATAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTTATATAATACAGAGACAGAGAATAAAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTTTGTTAAAATTACATTAAATGCACCAAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCCACAATCGATGGAGA]




>consensus_6893#2
TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTCTAAATGGTTATCGGAACATT
GCTGCAACTTCCAAGATGATCAGCTACCCCATGTTGTTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAA
GTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGTGTTAATGTTATGCATGGCATCTGCC
ATGAACTTGGACTGGTGACAACTCCTCAACTTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAA
TTGGTAACCTATGTTCCAACCAACTTGTTGATTTAGAAACTATTTACGTTCATCATTTTG
CTGAACGTTTCACCACCGCGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATTTAA
ATAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCACGTAGATTAATATTACACTT
ATATAATACAGAGACAGAGAATAAAGAGTTACTTAATCAAAATTGTGGGGCTGATTTTGT
TAAAATTACATTAAATGCACCAAAGTTAACTCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCC
AGATAGATGGGCCACAATCGATGGAGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6893#1      -------------TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTC-TAAATG 46
consensus_6893#2      -------------TTGTGGTCAGTTTTATAAATTGCCGCGATGAATCTATCTC-TAAATG 46
consensus_6893#0      CCGGACCGACGGCTCACGGAACTTTACATTAAATGCCAAGTTAACTCCACCGAATGAACA 60
                                   *   **    **  ** ** ****  * * * ** * *   * **  

consensus_6893#1      GT--------TATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAA-GATGAT-CAGCTACCCCATGTTG 96
consensus_6893#2      GT--------TATCGGAACATTGCTGCAACTTCCAA-GATGAT-CAGCTACCCCATGTTG 96
consensus_6893#0      GTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCAACAATCGATGGAGATGCTGATAGATTAATCTA 120
                      **        ****   * *     *****   * * *  *** * * **    *   * 

consensus_6893#1      TTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAA-GTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGT 155
consensus_6893#2      TTTTGGGCTTTGACACTCGTGAAA-GTTCTCCAGCTTTAGCAAATGAAGTTAAACAAGGT 155
consensus_6893#0      TTTTCGACC--AATTTTTACGCATTATTCACCATCTTCAGGTGATGATAATAGGTTAAAT 178
                      **** * *    *   *   * *   *** *** *** **   ****   **    *  *

consensus_6893#1      GTTAATGTTAT-GCATGGCATCTGCCATGAACT-TGGACTGGTGAC---AACTCCTCAAC 210
consensus_6893#2      GTTAATGTTAT-GCATGGCATCTGCCATGAACT-TGGACTGGTGAC---AACTCCTCAAC 210
consensus_6893#0      AATGACGTGAAAGAATTACATCTACCTGGGGCTGTAGCTCAACAAGTTGAACTTCTGGAT 238
                        * * ** *  * **  ***** **  *  ** * *       *    **** **  * 

consensus_6893#1      TTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCC--AACCAACTTGT 268
consensus_6893#2      TTCATTATTTTGTTCAATATATTAATTCAATTGGTAACCTATGTTCC--AACCAACTTGT 268
consensus_6893#0      GGTGATCGTATATCATGTCTTTTTGCTCATTTTCTTGTTAAAGTTCTCAAATCAGTATCT 298
                           *  * * *    * * **   *** **  *     * ****   ** **   * *

consensus_6893#1      T--GATTTAGA---AACTATTTACGTTCATCATTTTGCT-----GAACGTTTCACCACCG 318
consensus_6893#2      T--GATTTAGA---AACTATTTACGTTCATCATTTTGCT-----GAACGTTTCACCACCG 318
consensus_6893#0      TCCGATCGTAATTTAACTATCGGAGTCATACAGACAGCCTATGCAAATTCTGCGTCTACA 358
                      *  ***    *   ******    **    **    **       **   * *  *  * 

consensus_6893#1      CGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATCTAAATGTAGATTGTGCACATG 378
consensus_6893#2      CGTTAGAAAATTTACAAAGTTGTGCTGAGTCAATACATTTAAAT---------------- 362
consensus_6893#0      CGTTATTTAACTGA--ACATCTTCATGTATCAGTAGTTTGTGTTCCAACTGGAGTAAAAC 416
                      *****   ** * *  *  *  *  **  *** **  *     *                

consensus_6893#1      GTGTTGGTTCTAAAGTTTTAGAACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCAC 438
consensus_6893#2      ---------------------AACGTTTTCGTGCATATTTTTCATCTGTCAAAGGTCCAC 401
consensus_6893#0      ATTTGCATCATGCAG---CACAAAGTTTTGATTTTGGGATTTATTTTGAGGCTAATGGAC 473
                                           ** *****  *       ***  * **       *  **

consensus_6893#1      GTAGATTAATATTACACTT---ATATAATACAGAG---ACAGAGAATAAAGAGTTACTTA 492
consensus_6893#2      GTAGATTAATATTACACTT---ATATAATACAGAG---ACAGAGAATAAAGAGTTACTTA 455
consensus_6893#0      ATGGAACTGTATTGTTTTCTAAACATATTTTAAACTTTGCAGAAAATCTAAATGTGAATA 533
                       * **    ****    *    * *** *  * *     **** ***  * *  *   **

consensus_6893#1      ATCAAAATTGTGGG---GCTGATTNTGTTAAAATTACATTAAATG-CACCAAAGTTAAC- 547
consensus_6893#2      ATCAAAATTGTGGG---GCTGATTTTGTTAAAATTACATTAAATG-CACCAAAGTTAAC- 510
consensus_6893#0      ATCCACTTCGTACATTTATTGATTTAACTAATACTTCAATTGGTGATGCTATAACTGATA 593
                      *** *  * **        *****    *** * * ** *   **   * * *  * *  

consensus_6893#1      TCCACCGAATGAACAGTCTATC-------------------------------------- 569
consensus_6893#2      TCCACCGAATGAACAGTCTATCATGTATCCAGATAGATGGGCCACAATCGATGGAGA--- 567
consensus_6893#0      TTCTCTTAGTGGAATATACATTA---GCCTGGTTAAATTGGTCATTTGTTAATTGGNTCT 650
                      * * *  * ** *   *  **                                       

consensus_6893#1      ---------------
consensus_6893#2      ---------------
consensus_6893#0      CAATGTATGCTGATT 665